PDB-6qvo: Crystal structure of human MTH1 in complex with N6-methyl-dAMP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6qvo

タイトル

Crystal structure of human MTH1 in complex with N6-methyl-dAMP

要素

7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase

キーワード

HYDROLASE / ----

機能・相同性

機能・相同性情報

2-hydroxy-ATP hydrolase activity / 2-hydroxy-dATP hydrolase activity / N6-methyl-(d)ATP hydrolase activity / O6-methyl-dGTP hydrolase activity / 2-hydroxy-dATP diphosphatase / dATP diphosphatase activity / ATP diphosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydrodeoxyguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / hydrolase activity, acting on acid anhydrides, in phosphorus-containing anhydrides / 8-oxo-7,8-dihydroguanosine triphosphate pyrophosphatase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Scaletti, E. / Vallin, K.S. / Brautigam, L. / Sarno, A. / Warpman Berglund, U. / Helleday, T. / Stenmark, P. / Jemth, A.S.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: MutT homologue 1 (MTH1) removes N6-methyl-dATP from the dNTP pool.
著者: Scaletti, E.R. / Vallin, K.S. / Brautigam, L. / Sarno, A. / Warpman Berglund, U. / Helleday, T. / Stenmark, P. / Jemth, A.S.

履歴

登録	2019年3月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年3月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年9月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6qvo.cif.gz	141.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6qvo.ent.gz	109.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6qvo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6qvo_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6qvo_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	6qvo_validation.xml.gz	24.7 KB	表示
CIF形式データ	6qvo_validation.cif.gz	32.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qv/6qvo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qv/6qvo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6jvq-1 5ngr-1 6jvi-2 6glp-2 5otm-1 5mze-3 6jvj-1 5mzf-3 6jvq-2 6f20-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (6) #201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: 7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase

B: 7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase

C: 7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase

D: 7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase

ヘテロ分子

92.2 kDa, 4 ポリマー
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1

A: 7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
23.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: 7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
23.1 kDa, 1 ポリマー
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3

C: 7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
23.1 kDa, 1 ポリマー
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4

D: 7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
22.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	35.478, 67.111, 117.678
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.74, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLU	GLU	A	A	3 - 152	44 - 193
2	1	GLU	GLU	B	B	3 - 152	44 - 193
1	2	THR	THR	A	A	3 - 155	44 - 196
2	2	THR	THR	C	C	3 - 155	44 - 196
1	3	VAL	VAL	A	A	3 - 153	44 - 194
2	3	VAL	VAL	D	D	3 - 153	44 - 194
1	4	GLU	GLU	B	B	3 - 152	44 - 193
2	4	GLU	GLU	C	C	3 - 152	44 - 193
1	5	GLU	GLU	B	B	3 - 152	44 - 193
2	5	GLU	GLU	D	D	3 - 152	44 - 193
1	6	VAL	VAL	C	C	3 - 153	44 - 194
2	6	VAL	VAL	D	D	3 - 153	44 - 194

NCSアンサンブル:

ID
6
1
2
3
4
5

#1: タンパク質	7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase / 2-hydroxy-dATP diphosphatase / 8-oxo-dGTPase / Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 1 / Nudix motif 1 分子量: 22543.566 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUDT1, MTH1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P36639, 8-oxo-dGTP diphosphatase, 2-hydroxy-dATP diphosphatase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-6MA / N6-METHYL-DEOXY-ADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE タイプ: DNA linking / 分子量: 345.248 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₆N₅O₆P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 0.1 M sodium acetate pH 3.5, 26 % PEG3350, 0.2 M LiSO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 1.07 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.07 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.45→58.6 Å / Num. obs: 20436 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / Net I/σ(I): 3.2
反射シェル	解像度: 2.45→2.55 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.45→58.6 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.914 / SU B: 20.439 / SU ML: 0.411 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.366 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2855	971	4.8 %	RANDOM
R_work	0.23765	-	-	-
obs	0.23999	19444	99.96 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 56.268 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	9.64 Å²	0 Å²	0.89 Å²
2-	-	-2.34 Å²	0 Å²
3-	-	-	-7.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.45→58.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4929	0	128	87	5144

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.019	5193
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	4649
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.281	1.98	7040
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.84	3	10790
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.048	5	610
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.667	24.353	255
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.474	15	856
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.39	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	734
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	5726
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1114
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.508	5.669	2449
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.508	5.668	2448
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.292	8.495	3056
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.292	8.497	3057
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.22	5.843	2744
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.22	5.843	2745
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.814	8.682	3985
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.946	61.256	5383
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.946	61.253	5384
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	9304	0.05
1	2	B	9304	0.05
2	1	A	9522	0.04
2	2	C	9522	0.04
3	1	A	9262	0.05
3	2	D	9262	0.05
4	1	B	9406	0.05
4	2	C	9406	0.05
5	1	B	9286	0.05
5	2	D	9286	0.05
6	1	C	9358	0.04
6	2	D	9358	0.04

LS精密化シェル

解像度: 2.45→2.514 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.379	67	-
R_work	0.389	1449	-
obs	-	-	99.93 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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