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万見
- PDB-6qvm: Undecaheme cytochrome from S-layer of Carboxydothermus ferrireducens -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qvm
タイトルUndecaheme cytochrome from S-layer of Carboxydothermus ferrireducens
要素Multiheme cytochrome cf
キーワードOXIDOREDUCTASE / multiheme cytochrome / s-layer binding domain / O-glycosylation / extremophile / cytochrome c / cytochrome f
機能・相同性HEME C / PHOSPHATE ION
機能・相同性情報
生物種Carboxydothermus ferrireducens DSM 11255 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Osipov, E.M. / Dergousova, N.I. / Boyko, K.M. / Tikhonova, T.V. / Gavrilov, S.F. / Popov, V.O.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号国
Russian Science Foundation14-24-00172 ロシア
引用ジャーナル: Structure / 年: 2023
タイトル: Extracellular Fe(III) reductase structure reveals a modular organization enabling S-layer insertion and electron transfer to insoluble substrates
著者: Tikhonova, T.V. / Osipov, E.M. / Dergousova, N.I. / Boyko, K.M. / Elizarov, I.M. / Gavrilov, S.N. / Khrenova, M.G. / Robb, F.T. / Solovieva, A.Y. / Bonch-Osmolovskaya, E.A. / Popov, V.O.
履歴
登録2019年3月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年2月8日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / citation_author / database_2 / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Multiheme cytochrome cf
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,75020
ポリマ－74,0291
非ポリマー8,72119
水4,630257
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15010 Å2
ΔGint-219 kcal/mol
Surface area32050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.679, 193.980, 170.779
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1050-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Multiheme cytochrome cf


分子量: 74028.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Carboxydothermus ferrireducens DSM 11255 (バクテリア)
Plasmid details: Grown on magnetite

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糖 , 2種, 3分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpNAcb1-3DGalpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2112h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GalpNAc]{[(3+1)][b-D-GalpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose-(1-3)-2- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 627.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpNAcb1-3DGalpNAcb1-3DGalpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a2112h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1-1/a3-b1_b3-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GalpNAc]{[(3+1)][b-D-GalpNAc]{[(3+1)][b-D-GalpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 6種, 273分子

#4: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#5: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 257 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.69 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 8 % PEG 8000, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: liquid nitrogen / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.90000, 1.73950
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月6日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.91
21.73951
反射解像度: 2.5→97 Å / Num. obs: 45039 / % possible obs: 99.82 % / 冗長度: 12 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 12.7 % / Rmerge(I) obs: 0.886 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique obs: 4370 / CC1/2: 0.889 / Rpim(I) all: 0.256 / Rrim(I) all: 0.923 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13精密化
XDSデータ削減
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→66.433 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.18 / 位相誤差: 21.46
詳細: Maximum-likelihood refinement with Hendrikson-Lattman coefficients
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2104 4286 4.98 %RANDOM
Rwork0.1776 ---
obs0.1792 44941 99.8 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→66.433 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4948 0 597 257 5802
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0135801
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9797988
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.9673154
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046790
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005977
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.52840.37421170.27232740X-RAY DIFFRACTION100
2.5284-2.55820.28051290.2552745X-RAY DIFFRACTION100
2.5582-2.58940.28251430.23892746X-RAY DIFFRACTION100
2.5894-2.62220.31111290.23422744X-RAY DIFFRACTION100
2.6222-2.65670.26951400.23492695X-RAY DIFFRACTION100
2.6567-2.69310.29821360.22752737X-RAY DIFFRACTION99
2.6931-2.73150.25441490.22332681X-RAY DIFFRACTION100
2.7315-2.77230.25621500.22142742X-RAY DIFFRACTION100
2.7723-2.81560.26421730.20742730X-RAY DIFFRACTION100
2.8156-2.86180.21571490.20862712X-RAY DIFFRACTION100
2.8618-2.91110.2041820.20772672X-RAY DIFFRACTION100
2.9111-2.96410.2471630.20522689X-RAY DIFFRACTION100
2.9641-3.02110.2371730.19962722X-RAY DIFFRACTION100
3.0211-3.08280.23561450.19462745X-RAY DIFFRACTION100
3.0828-3.14980.23221460.18792693X-RAY DIFFRACTION100
3.1498-3.22310.22151150.19822776X-RAY DIFFRACTION100
3.2231-3.30370.20811620.18972678X-RAY DIFFRACTION100
3.3037-3.3930.23181290.19022772X-RAY DIFFRACTION99
3.393-3.49280.19611510.19222708X-RAY DIFFRACTION100
3.4928-3.60550.24751490.19672746X-RAY DIFFRACTION100
3.6055-3.73440.24031110.18822755X-RAY DIFFRACTION100
3.7344-3.88390.22511540.17092716X-RAY DIFFRACTION100
3.8839-4.06060.22271100.15222741X-RAY DIFFRACTION100
4.0606-4.27470.15621330.14512741X-RAY DIFFRACTION100
4.2747-4.54250.18411450.13822735X-RAY DIFFRACTION100
4.5425-4.89310.14071650.13512695X-RAY DIFFRACTION100
4.8931-5.38530.2031410.14082732X-RAY DIFFRACTION100
5.3853-6.16410.17771440.15182729X-RAY DIFFRACTION100
6.1641-7.76420.16171050.14592759X-RAY DIFFRACTION99
7.7642-66.4560.16141480.1632710X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1439-0.0435-0.05410.15050.09140.3530.0498-0.0234-0.02790.1766-0.10860.0589-0.532-0.0621-0.03930.49970.0901-0.00530.1624-0.03390.235428.625886.730760.6258
20.0413-0.0140.06350.0450.01690.0220.13620.0925-0.1072-0.2707-0.0041-0.32030.1053-0.164300.499-0.09310.04630.3153-0.10330.481822.195511.653264.2691
30.0323-0.0026-0.01730.02820.01260.0169-0.04690.0762-0.02160.09090.11880.05740.054-0.114300.1984-0.02590.04560.2880.0050.193310.217838.577978.0418
40.1612-0.03840.23750.3063-0.25930.45310.01850.0457-0.00950.0996-0.049-0.0023-0.07770.07190.00280.1083-0.0231-0.0070.1771-0.00720.132940.207756.461562.4933
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 414 through 658 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 71 through 191 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 1 through 70 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 192 through 413 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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