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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6quj | ||||||||||||
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タイトル | GHK tagged GFP variant | ||||||||||||
![]() | Green fluorescent protein | ||||||||||||
![]() | FLUORESCENT PROTEIN / GFP | ||||||||||||
機能・相同性 | Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / COPPER (II) ION / Green fluorescent protein![]() | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Huyton, T. / Gorlich, D. | ||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: The copper(II)-binding tripeptide GHK, a valuable crystallization and phasing tag for macromolecular crystallography. 著者: Mehr, A. / Henneberg, F. / Chari, A. / Gorlich, D. / Huyton, T. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 214.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 172.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26333.348 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: GFP / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.06 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1M Mes pH 6.5, 1.2M Ammonium Sulphate, 8% Glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.34 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.68→74.48 Å / Num. obs: 68491 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 36.1 % / Biso Wilson estimate: 24 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.0599 / Rpim(I) all: 0.009 / Net I/av σ(I): 37.6 / Net I/σ(I): 28.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.68→1.71 Å / Rmerge(I) obs: 2.359 / Num. unique obs: 68359 / CC1/2: 0.622 / Rpim(I) all: 0.471 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 125.64 Å2 / Biso mean: 40.711 Å2 / Biso min: 25.2 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.68→50.077 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / 数: 7563 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.07 Å / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.68→1.723 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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