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基本情報
| 登録情報 | データベース: PDB / ID: 6quj | ||||||||||||
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| タイトル | GHK tagged GFP variant | ||||||||||||
要素 | Green fluorescent protein | ||||||||||||
キーワード | FLUORESCENT PROTEIN / GFP | ||||||||||||
| 機能・相同性 | Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / COPPER (II) ION / Green fluorescent protein 機能・相同性情報 | ||||||||||||
| 生物種 | ![]() | ||||||||||||
| 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.68 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Huyton, T. / Gorlich, D. | ||||||||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2020タイトル: The copper(II)-binding tripeptide GHK, a valuable crystallization and phasing tag for macromolecular crystallography. 著者: Mehr, A. / Henneberg, F. / Chari, A. / Gorlich, D. / Huyton, T. | ||||||||||||
| 履歴 |
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構造の表示
| 構造ビューア | 分子: Molmil Jmol/JSmol |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
| PDBx/mmCIF形式 | 6quj.cif.gz | 218.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
|---|---|---|---|---|
| PDB形式 | pdb6quj.ent.gz | 172.4 KB | 表示 | PDB形式 |
| PDBx/mmJSON形式 | 6quj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
| その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
| アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qu/6quj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qu/6quj | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
| 登録構造単位 | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| 単位格子 |
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| 非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
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要素
| #1: タンパク質 | 分子量: 26333.348 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: GFP / 発現宿主: ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
| 実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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試料調製
| 結晶 | マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.06 % |
|---|---|
| 結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1M Mes pH 6.5, 1.2M Ammonium Sulphate, 8% Glycerol |
-データ収集
| 回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| 放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.34 Å |
| 検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月18日 |
| 放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
| 放射波長 | 波長: 1.34 Å / 相対比: 1 |
| 反射 | 解像度: 1.68→74.48 Å / Num. obs: 68491 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 36.1 % / Biso Wilson estimate: 24 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.0599 / Rpim(I) all: 0.009 / Net I/av σ(I): 37.6 / Net I/σ(I): 28.5 |
| 反射 シェル | 解像度: 1.68→1.71 Å / Rmerge(I) obs: 2.359 / Num. unique obs: 68359 / CC1/2: 0.622 / Rpim(I) all: 0.471 |
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解析
| ソフトウェア |
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| 精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.68→50.077 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 4.854 / SU ML: 0.066 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.11 / ESU R Free: 0.094 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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| 溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 原子変位パラメータ | Biso max: 125.64 Å2 / Biso mean: 40.711 Å2 / Biso min: 25.2 Å2
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| 精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.68→50.077 Å
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| 拘束条件 |
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| Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / 数: 7563 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.07 Å / Weight position: 0.05
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| LS精密化 シェル | 解像度: 1.68→1.723 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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