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- PDB-6qug: GHK tagged MBP-Nup98(1-29) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qug
タイトルGHK tagged MBP-Nup98(1-29)
要素Maltodextrin-binding protein,Nucleoporin, putative
キーワードTRANSPORT PROTEIN / MBP fusion Nup98
機能・相同性
機能・相同性情報


telomere tethering at nuclear periphery / nuclear pore cytoplasmic filaments / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / structural constituent of nuclear pore / nuclear localization sequence binding / RNA export from nucleus / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity ...telomere tethering at nuclear periphery / nuclear pore cytoplasmic filaments / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / structural constituent of nuclear pore / nuclear localization sequence binding / RNA export from nucleus / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / mRNA transport / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / protein import into nucleus / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / DNA damage response / RNA binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Nucleoporin FG repeat / Nucleoporin FG repeat region / Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96-like, autopeptidase S59 domain / Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96-like, autopeptidase S59 domain superfamily / Nucleoporin peptidase S59-like / Nup98-96 autopeptidase S59 / NUP C-terminal domain profile. / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. ...Nucleoporin FG repeat / Nucleoporin FG repeat region / Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96-like, autopeptidase S59 domain / Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96-like, autopeptidase S59 domain superfamily / Nucleoporin peptidase S59-like / Nup98-96 autopeptidase S59 / NUP C-terminal domain profile. / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / PHOSPHATE ION / Maltodextrin-binding protein / Nucleoporin, putative / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Tetrahymena thermophila (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Huyton, T. / Gorlich, D.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2020
タイトル: The copper(II)-binding tripeptide GHK, a valuable crystallization and phasing tag for macromolecular crystallography.
著者: Mehr, A. / Henneberg, F. / Chari, A. / Gorlich, D. / Huyton, T.
履歴
登録2019年2月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.02020年12月9日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / citation / citation_author / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_planes / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_symm_contact / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_restr_ncs / refine_ls_shell / reflns / reflns_shell / software / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id / _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_refine_tls.L[1][1] / _pdbx_refine_tls.L[1][2] / _pdbx_refine_tls.L[1][3] / _pdbx_refine_tls.L[2][2] / _pdbx_refine_tls.L[2][3] / _pdbx_refine_tls.L[3][3] / _pdbx_refine_tls.S[1][1] / _pdbx_refine_tls.S[1][2] / _pdbx_refine_tls.S[1][3] / _pdbx_refine_tls.S[2][1] / _pdbx_refine_tls.S[2][2] / _pdbx_refine_tls.S[2][3] / _pdbx_refine_tls.S[3][1] / _pdbx_refine_tls.S[3][2] / _pdbx_refine_tls.S[3][3] / _pdbx_refine_tls.T[1][1] / _pdbx_refine_tls.T[1][2] / _pdbx_refine_tls.T[1][3] / _pdbx_refine_tls.T[2][2] / _pdbx_refine_tls.T[2][3] / _pdbx_refine_tls.T[3][3] / _pdbx_refine_tls.origin_x / _pdbx_refine_tls.origin_y / _pdbx_refine_tls.origin_z / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 / _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id / _refine.B_iso_max / _refine.B_iso_mean / _refine.B_iso_min / _refine.aniso_B[1][1] / _refine.aniso_B[1][3] / _refine.aniso_B[2][2] / _refine.aniso_B[3][3] / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free / _refine.details / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_d_res_low / _refine.overall_SU_B / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_ls_sigma_F / _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free / _refine.pdbx_stereochemistry_target_values / _refine.solvent_model_details / _refine_hist.cycle_id / _refine_hist.d_res_low / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_ligand / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_solvent / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _refine_hist.pdbx_number_residues_total / _refine_ls_restr_ncs.pdbx_number / _refine_ls_restr_ncs.rms_dev_position / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _refine_ls_shell.number_reflns_all / _reflns.d_resolution_low / _reflns.pdbx_CC_half / _reflns.pdbx_Rpim_I_all / _reflns_shell.number_unique_obs / _reflns_shell.pdbx_CC_half / _reflns_shell.pdbx_Rpim_I_all / _software.version / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_seq_id / _struct_sheet_order.range_id_1 / _struct_sheet_order.range_id_2 / _struct_sheet_order.sense / _struct_sheet_order.sheet_id
解説: Atomic clashes / 詳細: re-refined at reviewers request / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 3.12020年12月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 3.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Maltodextrin-binding protein,Nucleoporin, putative
B: Maltodextrin-binding protein,Nucleoporin, putative
C: Maltodextrin-binding protein,Nucleoporin, putative
D: Maltodextrin-binding protein,Nucleoporin, putative
E: Maltodextrin-binding protein,Nucleoporin, putative
F: Maltodextrin-binding protein,Nucleoporin, putative
G: Maltodextrin-binding protein,Nucleoporin, putative
H: Maltodextrin-binding protein,Nucleoporin, putative
I: Maltodextrin-binding protein,Nucleoporin, putative
J: Maltodextrin-binding protein,Nucleoporin, putative
K: Maltodextrin-binding protein,Nucleoporin, putative
L: Maltodextrin-binding protein,Nucleoporin, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)525,74843
ポリマ－520,21012
非ポリマー5,53831
水4,900272
1
A: Maltodextrin-binding protein,Nucleoporin, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7573
ポリマ－43,3511
非ポリマー4062
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Maltodextrin-binding protein,Nucleoporin, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7573
ポリマ－43,3511
非ポリマー4062
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Maltodextrin-binding protein,Nucleoporin, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8534
ポリマ－43,3511
非ポリマー5023
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Maltodextrin-binding protein,Nucleoporin, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9475
ポリマ－43,3511
非ポリマー5964
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Maltodextrin-binding protein,Nucleoporin, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7573
ポリマ－43,3511
非ポリマー4062
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Maltodextrin-binding protein,Nucleoporin, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7573
ポリマ－43,3511
非ポリマー4062
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Maltodextrin-binding protein,Nucleoporin, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7573
ポリマ－43,3511
非ポリマー4062
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Maltodextrin-binding protein,Nucleoporin, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7573
ポリマ－43,3511
非ポリマー4062
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
I: Maltodextrin-binding protein,Nucleoporin, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8524
ポリマ－43,3511
非ポリマー5013
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
10
J: Maltodextrin-binding protein,Nucleoporin, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8524
ポリマ－43,3511
非ポリマー5013
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
11
K: Maltodextrin-binding protein,Nucleoporin, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8534
ポリマ－43,3511
非ポリマー5023
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
12
L: Maltodextrin-binding protein,Nucleoporin, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8534
ポリマ－43,3511
非ポリマー5023
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)82.910, 286.780, 110.780
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.010, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24E
15A
25F
16A
26G
17A
27H
18A
28I
19A
29J
110A
210K
111A
211L
112B
212C
113B
213D
114B
214E
115B
215F
116B
216G
117B
217H
118B
218I
119B
219J
120B
220K
121B
221L
122C
222D
123C
223E
124C
224F
125C
225G
126C
226H
127C
227I
128C
228J
129C
229K
130C
230L
131D
231E
132D
232F
133D
233G
134D
234H
135D
235I
136D
236J
137D
237K
138D
238L
139E
239F
140E
240G
141E
241H
142E
242I
143E
243J
144E
244K
145E
245L
146F
246G
147F
247H
148F
248I
149F
249J
150F
250K
151F
251L
152G
252H
153G
253I
154G
254J
155G
255K
156G
256L
157H
257I
158H
258J
159H
259K
160H
260L
161I
261J
162I
262K
163I
263L
164J
264K
165J
265L
166K
266L

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: _

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA-2 - 3701 - 373
21BB-2 - 3701 - 373
12AA-2 - 3701 - 373
22CC-2 - 3701 - 373
13AA-2 - 3701 - 373
23DD-2 - 3701 - 373
14AA-2 - 3701 - 373
24EE-2 - 3701 - 373
15AA-2 - 3701 - 373
25FF-2 - 3701 - 373
16AA-2 - 3701 - 373
26GG-2 - 3701 - 373
17AA-2 - 3701 - 373
27HH-2 - 3701 - 373
18AA-2 - 3681 - 371
28II-2 - 3681 - 371
19AA-2 - 3701 - 373
29JJ-2 - 3701 - 373
110AA-2 - 3701 - 373
210KK-2 - 3701 - 373
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211LL-2 - 3681 - 371
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116BB-2 - 3701 - 373
216GG-2 - 3701 - 373
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217HH-2 - 3701 - 373
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119BB-2 - 3701 - 373
219JJ-2 - 3701 - 373
120BB-2 - 3701 - 373
220KK-2 - 3701 - 373
121BB-2 - 3681 - 371
221LL-2 - 3681 - 371
122CC-2 - 3701 - 373
222DD-2 - 3701 - 373
123CC-2 - 3701 - 373
223EE-2 - 3701 - 373
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224FF-2 - 3701 - 373
125CC-2 - 3701 - 373
225GG-2 - 3701 - 373
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226HH-2 - 3701 - 373
127CC-2 - 3681 - 371
227II-2 - 3681 - 371
128CC-2 - 3701 - 373
228JJ-2 - 3701 - 373
129CC-2 - 3701 - 373
229KK-2 - 3701 - 373
130CC-2 - 3681 - 371
230LL-2 - 3681 - 371
131DD-2 - 3701 - 373
231EE-2 - 3701 - 373
132DD-2 - 3701 - 373
232FF-2 - 3701 - 373
133DD-2 - 3701 - 373
233GG-2 - 3701 - 373
134DD-2 - 3701 - 373
234HH-2 - 3701 - 373
135DD-2 - 3681 - 371
235II-2 - 3681 - 371
136DD-2 - 3701 - 373
236JJ-2 - 3701 - 373
137DD-2 - 3701 - 373
237KK-2 - 3701 - 373
138DD-2 - 3681 - 371
238LL-2 - 3681 - 371
139EE-2 - 3701 - 373
239FF-2 - 3701 - 373
140EE-2 - 3701 - 373
240GG-2 - 3701 - 373
141EE-2 - 3701 - 373
241HH-2 - 3701 - 373
142EE-2 - 3681 - 371
242II-2 - 3681 - 371
143EE-2 - 3701 - 373
243JJ-2 - 3701 - 373
144EE-2 - 3701 - 373
244KK-2 - 3701 - 373
145EE-2 - 3681 - 371
245LL-2 - 3681 - 371
146FF-2 - 3701 - 373
246GG-2 - 3701 - 373
147FF-2 - 3701 - 373
247HH-2 - 3701 - 373
148FF-2 - 3681 - 371
248II-2 - 3681 - 371
149FF-2 - 3701 - 373
249JJ-2 - 3701 - 373
150FF-2 - 3701 - 373
250KK-2 - 3701 - 373
151FF-2 - 3681 - 371
251LL-2 - 3681 - 371
152GG-2 - 3701 - 373
252HH-2 - 3701 - 373
153GG-2 - 3681 - 371
253II-2 - 3681 - 371
154GG-2 - 3701 - 373
254JJ-2 - 3701 - 373
155GG-2 - 3701 - 373
255KK-2 - 3701 - 373
156GG-2 - 3681 - 371
256LL-2 - 3681 - 371
157HH-2 - 3681 - 371
257II-2 - 3681 - 371
158HH-2 - 3701 - 373
258JJ-2 - 3701 - 373
159HH-2 - 3701 - 373
259KK-2 - 3701 - 373
160HH-2 - 3681 - 371
260LL-2 - 3681 - 371
161II-2 - 3681 - 371
261JJ-2 - 3681 - 371
162II-2 - 3681 - 371
262KK-2 - 3681 - 371
163II-2 - 3691 - 372
263LL-2 - 3691 - 372
164JJ-2 - 3701 - 373
264KK-2 - 3701 - 373
165JJ-2 - 3681 - 371
265LL-2 - 3681 - 371
166KK-2 - 3681 - 371
266LL-2 - 3681 - 371

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
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20
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24
25
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27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 24分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質
Maltodextrin-binding protein,Nucleoporin, putative


分子量: 43350.859 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌), (組換発現) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
遺伝子: malE, NCTC8450_00456, NCTC9775_03059, TTHERM_00071070
株: SB210 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A376KDN7, UniProt: I7MHJ5, UniProt: P0AEX9*PLUS
#2: 多糖
alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 291分子

#3: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 272 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: PEG550, PEG20,000, MOPS, HEPES, sodium Phosphate, sodium nitrate, ammonium sulphate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.3776 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.3776 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→49.19 Å / Num. obs: 141017 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.8 % / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.048 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / Num. unique obs: 14015 / CC1/2: 0.657 / Rpim(I) all: 0.4109

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0253精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
CRANK2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.7→49.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 26.475 / SU ML: 0.247 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.317 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2264 7064 5 %RANDOM
Rwork0.2073 ---
obs0.2083 133953 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 152.68 Å2 / Biso mean: 61.653 Å2 / Biso min: 31.04 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.56 Å2-0 Å2-2.63 Å2
2--3.89 Å2-0 Å2
3---0.85 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→49.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数34298 0 323 272 34893
Biso mean--53.37 49.33 -
残基数----4474
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01335501
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01732863
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.341.65148220
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2881.58776632
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.80454462
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.0625.1941548
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.776155724
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.1741560
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.24726
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0239490
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.026819
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A118110.08
12B118110.08
21A118580.08
22C118580.08
31A118920.07
32D118920.07
41A119230.07
42E119230.07
51A119510.07
52F119510.07
61A119450.06
62G119450.06
71A119420.07
72H119420.07
81A118040.07
82I118040.07
91A119430.07
92J119430.07
101A118780.07
102K118780.07
111A118880.07
112L118880.07
121B118420.08
122C118420.08
131B119080.07
132D119080.07
141B117890.09
142E117890.09
151B117980.08
152F117980.08
161B118400.08
162G118400.08
171B118490.08
172H118490.08
181B118610.08
182I118610.08
191B118730.08
192J118730.08
201B118350.08
202K118350.08
211B118250.08
212L118250.08
221C119040.07
222D119040.07
231C118150.08
232E118150.08
241C118540.07
242F118540.07
251C119450.07
252G119450.07
261C118590.07
262H118590.07
271C118520.07
272I118520.07
281C119190.07
282J119190.07
291C119050.07
292K119050.07
301C118300.08
302L118300.08
311D119070.07
312E119070.07
321D118570.07
322F118570.07
331D118830.07
332G118830.07
341D118830.07
342H118830.07
351D118020.08
352I118020.08
361D119800.07
362J119800.07
371D119410.06
372K119410.06
381D118670.06
382L118670.06
391E119480.07
392F119480.07
401E119510.07
402G119510.07
411E119550.07
412H119550.07
421E117440.08
422I117440.08
431E119040.07
432J119040.07
441E118780.07
442K118780.07
451E118200.07
452L118200.07
461F119880.06
462G119880.06
471F119150.07
472H119150.07
481F118400.07
482I118400.07
491F119100.07
492J119100.07
501F118630.07
502K118630.07
511F119030.06
512L119030.06
521G119780.07
522H119780.07
531G118840.07
532I118840.07
541G119530.07
542J119530.07
551G119400.07
552K119400.07
561G118930.07
562L118930.07
571H118010.07
572I118010.07
581H119840.07
582J119840.07
591H119190.07
592K119190.07
601H118300.07
602L118300.07
611I118780.06
612J118780.06
621I118590.07
622K118590.07
631I118580.07
632L118580.07
641J119300.07
642K119300.07
651J118340.07
652L118340.07
661K119140.06
662L119140.06
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.35 551 -
Rwork0.32 9920 -
all-10471 -
obs--99.91 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2029-0.103-0.08910.643-0.65640.94060.0230.0041-0.0373-0.044-0.02660.08380.03650.0310.00360.52250.00740.08740.0123-0.02030.12944.95138.46249.531
20.15060.47770.27492.26720.96421.24570.0231-0.011-0.11-0.38320.1825-0.4242-0.4028-0.2844-0.20560.73310.01450.08690.1762-0.01510.098941.69547.34424.534
30.6988-0.47740.51780.64950.08931.06590.02040.1358-0.2068-0.03990.13810.182-0.08080.3625-0.15850.3668-0.00950.12040.24250.02280.1341-11.875122.28674.165
40.81450.48161.00391.16270.59991.5817-0.2144-0.17590.148-0.4087-0.076-0.0227-0.1499-0.17080.29030.6270.02580.14210.0467-0.02780.10330.27184.15152.215
51.8696-0.1123-0.68270.41830.67691.5617-0.1373-0.0659-0.76080.0529-0.1315-0.0403-0.1087-0.20340.26880.35-0.00870.11020.04790.03420.5045-11.95792.362116.957
61.1583-0.30440.35750.3824-0.52530.74640.00670.0065-0.22340.02020.00640.05360.0018-0.0206-0.01320.5170.02470.06130.0132-0.03250.148635.037161.26143.332
70.5414-0.4955-0.40860.72850.67890.97610.0599-0.06480.0846-0.1892-0.0143-0.1598-0.1741-0.0324-0.04560.51190.03950.21510.03120.00510.1630.86157.68799.469
80.3752-0.04250.33250.6522-0.44520.9335-0.0743-0.13830.2151-0.0997-0.00140.03180.0506-0.0440.07570.35780.02390.10890.0658-0.09640.261746.332138.32116.958
90.85710.68390.17141.3815-0.17190.26720.1834-0.0052-0.02020.2201-0.03110.112-0.12-0.0078-0.15220.5202-0.06660.17520.03830.00020.116129.65251.99193.32
100.1845-0.3498-0.12761.22070.43980.7595-0.0644-0.01550.07080.15960.0788-0.00630.1430.1255-0.01440.46770.0140.1270.1129-0.06070.14664.05129.25532.157
110.6992-0.2846-0.01740.2655-0.32961.25450.08070.0168-0.1135-0.0472-0.04920.0059-0.10330.0996-0.03150.39640.01430.13020.0947-0.08070.192125.15111.7100.427
120.3034-0.0544-0.07140.5999-0.24671.26240.1147-0.06560.1228-0.0742-0.0238-0.06330.0830.1032-0.09090.4383-0.02530.20860.0299-0.0540.1781-15.9664.72767.278
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-2 - 16
2X-RAY DIFFRACTION1A17 - 72
3X-RAY DIFFRACTION1A73 - 118
4X-RAY DIFFRACTION1A119 - 245
5X-RAY DIFFRACTION1A246 - 282
6X-RAY DIFFRACTION1A283 - 351
7X-RAY DIFFRACTION1A352 - 370
8X-RAY DIFFRACTION1A401
9X-RAY DIFFRACTION2B-2 - 16
10X-RAY DIFFRACTION2B17 - 72
11X-RAY DIFFRACTION2B73 - 118
12X-RAY DIFFRACTION2B119 - 245
13X-RAY DIFFRACTION2B246 - 282
14X-RAY DIFFRACTION2B283 - 351
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95X-RAY DIFFRACTION12L352 - 370
96X-RAY DIFFRACTION12L401

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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