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- PDB-6qu6: Adenovirus Serotype 26 (Ad26) in complex with sialic acid, pH4.0 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qu6
タイトルAdenovirus Serotype 26 (Ad26) in complex with sialic acid, pH4.0
要素Fiber
キーワードVIRAL PROTEIN / Adenovirus / Adenovirus 26 / Ad26 / HAdV-D26 / Ad26K / HAdV-D26K / human adenovirus / human adenovirus 26 / mastadenovirus / Sialic Acid / NANA / SIA / N-Acetylneuraminic acid / neuraminic acid / species D / adenovirus species D / AdD / HAdV-D / protein IV / pIV / fiber-knob / fiber / head domain / knob domain / fiber protein / fibre protein / fibre-knob / knob / head
機能・相同性
機能・相同性情報


adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / viral capsid / cell adhesion / symbiont entry into host cell / host cell nucleus
類似検索 - 分子機能
Adenovirus pIV-related, attachment domain / Adenovirus Type 5 Fiber Protein (Receptor Binding Domain) / Adenoviral fibre protein, knob / Adenoviral fibre protein (knob domain) / Adenoviral fibre protein, repeat/shaft region / Adenoviral fibre protein (repeat/shaft region) / Adenovirus fibre protein / Attachment protein shaft domain superfamily / Adenovirus pIV-like, attachment domain / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / N-acetyl-alpha-neuraminic acid / N-acetyl-beta-neuraminic acid / Fiber
類似検索 - 構成要素
生物種Human adenovirus 26 (ヒトアデノウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.03 Å
データ登録者Baker, A.T. / Mundy, R.M. / Parker, A.L. / Rizkallah, P.J.
引用
ジャーナル: Sci Adv / 年: 2019
タイトル: Human adenovirus type 26 uses sialic acid-bearing glycans as a primary cell entry receptor.
著者: Baker, A.T. / Mundy, R.M. / Davies, J.A. / Rizkallah, P.J. / Parker, A.L.
#1: ジャーナル: To Be Published
タイトル: HAdV-D26K uses sialic acid as a receptor
著者: Baker, A.T. / Rizkallah, P.J.
履歴
登録2019年2月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author
Item: _chem_comp.type / _citation.journal_volume ..._chem_comp.type / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fiber
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9757
ポリマ－24,0301
非ポリマー9456
水3,135174
1
A: Fiber
ヘテロ分子

A: Fiber
ヘテロ分子

A: Fiber
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology, Biological assembly is a homo-trimeric complex, in solution. It is generated by crystallographic 3-fold symmetry around the body-diagonal, in this entry, from the one monomer in the asymmetric unit
  • 74.9 kDa, 3 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,92421
ポリマ－72,0903
非ポリマー2,83518
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555z+1/2,-x+1/2,-y1
crystal symmetry operation12_554-y+1/2,-z,x-1/21
Buried area10170 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area22240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.731, 85.731, 85.731
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-668-

HOH

21A-671-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Fiber


分子量: 24029.842 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: In complex with sialic acid: biologically important ligand
由来: (組換発現) Human adenovirus 26 (ヒトアデノウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SG13009 / 参照: UniProt: A4ZKM1

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糖 , 2種, 2分子

#2: 糖 ChemComp-SIA / N-acetyl-alpha-neuraminic acid / N-acetylneuraminic acid / sialic acid / alpha-sialic acid / O-SIALIC ACID / N-アセチル-α-ノイラミン酸


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 309.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C11H19NO9
識別子タイププログラム
DNeup5AcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-neuraminic acidCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-Neup5AcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
Neu5AcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 糖 ChemComp-SLB / N-acetyl-beta-neuraminic acid / N-acetylneuraminic acid / sialic acid / O-sialic acid / 5-N-ACETYL-BETA-D-NEURAMINIC ACID / BETA-SIALIC ACID / N-アセチル-β-ノイラミン酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 309.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C11H19NO9
識別子タイププログラム
DNeup5AcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-neuraminic acidCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-Neup5AcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
Neu5AcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 178分子

#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.71 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: 0.1 M MIB [Malonic acid, Imidazole, Boric acid], 25 % w/v PEG 1500.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.91587 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.03→49.5 Å / Num. obs: 103975 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 14.9 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rrim(I) all: 0.055 / Net I/σ(I): 0.219
反射 シェル解像度: 1.03→1.06 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
xia2データ削減
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6FJN

6fjn


解像度: 1.03→49.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.977 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.022 / ESU R Free: 0.022 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.14792 4907 4.9 %RANDOM
Rwork0.13632 ---
obs0.13689 96027 97.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 17.636 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.03→49.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1504 0 62 174 1740
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0131810
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0360.0171590
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7541.682490
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.3961.5883749
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4415232
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.53524.44481
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.3515304
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.418155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.2258
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.022062
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.010.02354
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4692.212877
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.472.203876
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.361126
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.3591127
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.387933
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.385934
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.11365
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.6771927
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.6761927
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr7.23931725
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.03→1.057 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.31 270 -
Rwork0.322 5449 -
obs--75.76 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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