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- PDB-6qtm: Crystal structure of the Sir4 H-BRCT domain in complex with Ty5 p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qtm
タイトルCrystal structure of the Sir4 H-BRCT domain in complex with Ty5 pS1095 peptide
要素
  • Regulatory protein SIR4
  • Ribonuclease H
キーワードNUCLEAR PROTEIN / Heterochromatin
機能・相同性
機能・相同性情報


transposition / establishment of protein-containing complex localization to telomere / telomere tethering at nuclear periphery / chromatin silencing complex / silent mating-type cassette heterochromatin formation / positive regulation of heterochromatin formation / subtelomeric heterochromatin formation / heterochromatin formation / nucleosome binding / DNA integration ...transposition / establishment of protein-containing complex localization to telomere / telomere tethering at nuclear periphery / chromatin silencing complex / silent mating-type cassette heterochromatin formation / positive regulation of heterochromatin formation / subtelomeric heterochromatin formation / heterochromatin formation / nucleosome binding / DNA integration / double-strand break repair via nonhomologous end joining / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / double-stranded DNA binding / chromosome, telomeric region / molecular adaptor activity / DNA-directed DNA polymerase activity / RNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GAG-pre-integrase domain / Protein of unknown function DUF5314 / GAG-pre-integrase domain / Ty5 Gag N-terminal region / Sir4, SID domain / Sir4 SID domain / Reverse transcriptase, RNA-dependent DNA polymerase / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Integrase core domain / Integrase, catalytic core ...GAG-pre-integrase domain / Protein of unknown function DUF5314 / GAG-pre-integrase domain / Ty5 Gag N-terminal region / Sir4, SID domain / Sir4 SID domain / Reverse transcriptase, RNA-dependent DNA polymerase / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Integrase catalytic domain-containing protein / Regulatory protein SIR4
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
Saccharomyces paradoxus (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Gut, H. / Deshpande, I. / Keusch, J.J. / Challa, K. / Iesmantavicius, V. / Gasser, S.M.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2019
タイトル: The Sir4 H-BRCT domain interacts with phospho-proteins to sequester and repress yeast heterochromatin.
著者: Deshpande, I. / Keusch, J.J. / Challa, K. / Iesmantavicius, V. / Gasser, S.M. / Gut, H.
履歴
登録2019年2月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年10月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32021年8月11日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: database_2 / entity ...database_2 / entity / entity_name_com / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_mod_residue / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Regulatory protein SIR4
B: Regulatory protein SIR4
C: Regulatory protein SIR4
D: Ribonuclease H
E: Ribonuclease H
F: Ribonuclease H
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,23512
ポリマ－50,6596
非ポリマー5766
水1267
1
A: Regulatory protein SIR4
F: Ribonuclease H
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0784
ポリマ－16,8862
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1180 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area7540 Å2
手法PISA
2
B: Regulatory protein SIR4
E: Ribonuclease H
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9823
ポリマ－16,8862
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1110 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area7160 Å2
手法PISA
3
C: Regulatory protein SIR4
D: Ribonuclease H
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1745
ポリマ－16,8862
非ポリマー2883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1380 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area7190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.930, 58.930, 270.460
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Regulatory protein SIR4 / Silent information regulator 4


分子量: 15059.491 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Fragment, residues 961-1085
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
遺伝子: SIR4, ASD1, STE9, UTH2, YDR227W, YD9934.12 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: P11978
#2: タンパク質・ペプチド Ribonuclease H


分子量: 1826.763 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces paradoxus (酵母) / 参照: UniProt: O42838, ribonuclease H
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 2.0 M ammonium sulfate 0.2 M sodium potassium tartrate 0.1 M tri-sodium citrate pH 5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 10009 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 81.97 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rsym value: 0.181 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 3→3.08 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / CC1/2: 0.62 / % possible all: 95.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.5精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→49.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8691 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8367 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.43
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2564 751 7.5 %RANDOM
Rwork0.2013 ---
obs0.2055 10009 96.86 %-
原子変位パラメータBiso mean: 91.88 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--23.8518 Å20 Å20 Å2
2---23.8518 Å20 Å2
3---47.7036 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.663 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3→49.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2949 0 30 7 2986
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013056HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.164112HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1103SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes94HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes408HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3056HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.26
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.3
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion395SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies1HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3428SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3→3.35 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.264 204 7.49 %
Rwork0.2485 2520 -
all0.2497 2724 -
obs--96.86 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.71950.2721-1.7533.0219-0.13667.17590.20220.19040.320.17750.0467-0.1301-0.8231-0.0325-0.24880.1639-0.038-0.00480.0682-0.03270.01727.244636.16861.1474
21.94610.5701-0.04423.26840.61957.5714-0.06830.3161-0.29120.07990.0770.03740.5578-0.0527-0.00870.0999-0.0246-0.01750.2973-0.10690.10921.772119.272-20.3347
31.2209-0.4044-0.26232.0190.53727.3288-0.1228-0.13550.3327-0.15120.130.0715-0.6178-0.6683-0.00720.15180.1225-0.10610.3748-0.03720.2213-3.044934.7587-43.3792
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|970 - A|1084 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|970 - B|1084 }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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