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- PDB-6qrd: Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qrd
タイトルCrystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from Mycobacterium abscessus in complex with inhibitor
要素tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / TrmD / tRNA methyltransferase / SPOUT methyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA N1-guanine methylation / tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase / tRNA (guanine(37)-N1)-methyltransferase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
tRNA(m1g37)methyltransferase, domain 2 / Trp Operon Repressor; Chain A / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, bacteria / tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase, C-terminal domain superfamily / tRNA methyltransferase TRMD/TRM10-type domain / tRNA (Guanine-1)-methyltransferase / SPOUT methyltransferase, trefoil knot domain / Alpha/beta knot / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, N-terminal / Alpha/beta knot methyltransferases ...tRNA(m1g37)methyltransferase, domain 2 / Trp Operon Repressor; Chain A / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, bacteria / tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase, C-terminal domain superfamily / tRNA methyltransferase TRMD/TRM10-type domain / tRNA (Guanine-1)-methyltransferase / SPOUT methyltransferase, trefoil knot domain / Alpha/beta knot / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, N-terminal / Alpha/beta knot methyltransferases / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-JEH / tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium abscessus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Thomas, S.E. / Whitehouse, A.J. / Coyne, A.G. / Abell, C. / Mendes, V. / Blundell, T.L.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Other privateCystic Fibrosis Trust Registered Charity No. (England and Wales) 1079049, Registered Charity No. (Scotland) SC040196 英国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Development of Inhibitors againstMycobacterium abscessustRNA (m1G37) Methyltransferase (TrmD) Using Fragment-Based Approaches.
著者: Whitehouse, A.J. / Thomas, S.E. / Brown, K.P. / Fanourakis, A. / Chan, D.S. / Libardo, M.D.J. / Mendes, V. / Boshoff, H.I.M. / Floto, R.A. / Abell, C. / Blundell, T.L. / Coyne, A.G.
履歴
登録2019年2月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase
B: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,0657
ポリマ－52,8692
非ポリマー1,1955
水4,792266
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7330 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area18580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.532, 76.876, 86.787
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase / M1G-methyltransferase / tRNA [GM37] methyltransferase


分子量: 26434.670 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium abscessus (バクテリア)
遺伝子: trmD, MAB_3226c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: B1MDI3, tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-JEH / 5-azanyl-3-[1-[[4-[(4-propan-2-ylpiperazin-1-yl)methyl]phenyl]methyl]indol-6-yl]-1~{H}-pyrazole-4-carbonitrile


分子量: 453.582 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H31N7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.69 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.08M Sodium cacodylate pH 6.5 -7.0, 1-2 M Ammonium sulphate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9159 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9159 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→53.51 Å / Num. obs: 51077 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.9 % / Biso Wilson estimate: 28.29 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Rpim(I) all: 0.014 / Rrim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 27.2 / Num. measured all: 454004
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 99.9

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all
1.75-1.848.80.37573400.9560.1320.398
5.53-53.517.90.02717810.9990.010.029

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRPacking: 1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.32データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6NVR

6nvr


解像度: 1.75→53.51 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.14
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2062 2540 4.98 %
Rwork0.1687 --
obs0.1706 51011 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 109.08 Å2 / Biso mean: 34.6196 Å2 / Biso min: 18.39 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.75→53.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3160 0 83 266 3509
Biso mean--45.11 43.27 -
残基数----414
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073395
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1094661
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041511
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006590
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.6271222
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 18 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.7491-1.78280.24221330.190926432776
1.7828-1.81920.20091260.169326742800
1.8192-1.85870.21781290.1726522781
1.8587-1.90190.19631350.164826712806
1.9019-1.94950.20851540.164426382792
1.9495-2.00220.22691330.162426652798
2.0022-2.06110.18841440.17326772821
2.0611-2.12770.20731550.173526602815
2.1277-2.20370.23711400.175426612801
2.2037-2.2920.2041470.171726762823
2.292-2.39630.22811330.171926852818
2.3963-2.52260.2011490.178526772826
2.5226-2.68060.24661260.179927112837
2.6806-2.88760.24481550.186326922847
2.8876-3.17820.23481650.188626782843
3.1782-3.6380.22261340.168827552889
3.638-4.58310.15971370.146727612898
4.5831-53.53660.18551450.163128953040
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.23190.0294-0.07510.1613-0.1450.12390.0324-0.51790.02870.6338-0.18680.0553-0.1797-0.2765-0.00140.3567-0.0006-0.02830.33310.02750.237-32.0592-13.102122.5159
21.1522-0.180.40080.3485-0.45190.72020.105-0.1035-0.09430.21340.105-0.0360.1962-0.185200.2072-0.01270.00970.24410.01650.2579-36.4966-18.678414.1852
31.15910.0230.24670.0392-0.05410.8167-0.022-0.02240.00230.01750.06710.0026-0.0638-0.0383-00.20990.0144-0.0030.2-0.0110.2225-28.1213-10.093211.1629
40.00280.00510.00520.176-0.06010.01240.4745-0.4270.47750.0261-0.36840.07-0.45040.01270.02760.44980.06430.07640.3424-0.08880.3479-14.3863-0.699525.3162
50.12090.0903-0.05470.12510.07560.13370.04390.0246-0.21310.34910.1922-0.27440.05190.1676-0.00020.3250.0423-0.04790.2885-0.03470.30492.3406-4.939241.0477
60.2752-0.12490.18620.133-0.03410.12520.00940.0485-0.0624-0.19270.0632-0.1089-0.16490.1440.00010.2582-0.04410.04740.323-0.05110.24832.6796-2.079324.1992
70.26810.0822-0.08920.2115-0.21360.1971-0.0548-0.2705-0.30620.21750.04190.40990.27-0.32360.00020.348-0.00270.03510.36280.02850.3147-18.6143-22.526534.2693
80.14450.05890.06180.09160.11890.1183-0.1012-0.13280.1677-0.07070.06150.42690.17950.0754-0.00020.30570.0387-0.01050.2597-0.0070.2792-9.5734-5.087442.5228
90.75550.29030.2250.45410.21990.53820.0252-0.0463-0.09490.170.0492-0.11810.12870.0479-0.00010.28630.0464-0.0350.2336-0.00810.2489-7.9867-20.123229.6449
100.007-0.0104-0.03220.11250.09730.0860.00790.1134-0.00910.22230.2213-0.17210.0250.42010.00210.31030.1006-0.06240.2802-0.04320.2878-0.4902-18.466432.9105
110.6305-0.11550.03960.2416-0.31690.3894-0.0294-0.0724-0.05560.05270.0446-0.09690.027-0.0202-0.00010.22020.007-0.00020.2256-0.00570.259-16.3926-19.080817.5136
120.16560.05660.13320.11180.12020.13240.06460.3379-0.3445-0.20760.06880.204-0.1615-0.0640.00240.2899-0.0227-0.02560.3429-0.0680.2887-33.8275-22.2817-6.8318
130.232-0.04450.43070.0479-0.00270.6898-0.04960.5328-0.2489-0.31690.0873-0.2382-0.29020.0045-0.01540.2181-0.03060.05470.5565-0.10130.3487-18.489-19.4269-5.7548
140.08350.0050.0460.0117-0.00380.02420.149-0.36270.28540.0062-0.1912-0.33660.0119-0.401300.28140.01630.05240.3268-0.05580.3918-8.3032-9.47531.818
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 19 )A0 - 19
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 20 through 62 )A20 - 62
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 63 through 155 )A63 - 155
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 156 through 181 )A156 - 181
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 182 through 203 )A182 - 203
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 204 through 227 )A204 - 227
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 0 through 40 )B0 - 40
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 41 through 62 )B41 - 62
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 63 through 115 )B63 - 115
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 116 through 131 )B116 - 131
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 132 through 183 )B132 - 183
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 184 through 203 )B184 - 203
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 204 through 222 )B204 - 222
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 223 through 232 )B223 - 232

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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