PDB-6qqn: Tubulin-TH588 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6qqn

タイトル

Tubulin-TH588 complex

要素

Stathmin-4
Tubulin alpha-1B chain
Tubulin beta-2B chain
Tubulin-Tyrosine Ligase

キーワード

CELL CYCLE / TUBULIN FOLD / CYTOSKELETON / MICROTUBULE

機能・相同性

機能・相同性情報

tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / microtubule-based process / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / spindle microtubule / protein modification process / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

Gallus gallus (ニワトリ)

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.301 Å

データ登録者

Patterson, J.C. / Joughin, B.A. / Prota, A.E. / Muehlethaler, T. / Jonas, O.H. / Whitman, M.A. / Varmeh, S. / Chen, S. / Balk, S.P. / Steinmetz, M.O. ...

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R01-GM104047	米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)	R01-ES015339	米国

引用

ジャーナル: Cell Syst / 年: 2019
タイトル: VISAGE Reveals a Targetable Mitotic Spindle Vulnerability in Cancer Cells.
著者: Patterson, J.C. / Joughin, B.A. / Prota, A.E. / Muhlethaler, T. / Jonas, O.H. / Whitman, M.A. / Varmeh, S. / Chen, S. / Balk, S.P. / Steinmetz, M.O. / Lauffenburger, D.A. / Yaffe, M.B.

履歴

登録	2019年2月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年7月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年8月7日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2022年3月30日	Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support ...database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_struct_conn_angle / refine / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine.pdbx_diffrn_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.3	2024年1月24日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6qqn.cif.gz	892.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6qqn.ent.gz	735.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6qqn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6qqn_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6qqn_full_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示
XML形式データ	6qqn_validation.xml.gz	49.9 KB	表示
CIF形式データ	6qqn_validation.cif.gz	72.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/6qqn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/6qqn	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5lxtS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6lsn-d 6ses-d 6fjf-d 6jcj-d 5gon-d 5xlz-d 5jqg-d 6d88-d 5yl4-d 4i50-d 5cb4-d 6fii-d 4o2a-d 7dae-d 5zxh-d 7dad-d 6bry-d 4o4i-d 5xlt-d 6o5m-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (28) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (19) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (19) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#175 - 2014年7月
微小管 (Microtubules)
類似性 (28)
#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
類似性 (19)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (19)
#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Tubulin alpha-1B chain

B: Tubulin beta-2B chain

C: Tubulin alpha-1B chain

D: Tubulin beta-2B chain

E: Stathmin-4

F: Tubulin-Tyrosine Ligase

ヘテロ分子

265 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.832, 156.186, 179.432
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

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タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質	Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain 分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質	Tubulin beta-2B chain 分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質	Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3 分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043
#4: タンパク質	Tubulin-Tyrosine Ligase 分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43

-
非ポリマー , 9種, 276分子

#5: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#9: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#10: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#11: 化合物	ChemComp-2GE / N~4~-cyclopropyl-6-(2,3-dichlorophenyl)pyrimidine-2,4-diamine / TH-588 分子量: 295.167 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₂Cl₂N₄
#12: 化合物	ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP 分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#13: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 259 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.76 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.7 詳細: 1% PEG 4K, 8% glycerol, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 0.1 M MES/Imidazole pH 6.7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00002 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00002 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→47.5 Å / Num. obs: 249775 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.6 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.197 / R_pim(I) all: 0.057 / R_rim(I) all: 0.205 / Net I/σ(I): 11.3
反射シェル	解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 13.7 % / R_merge(I) obs: 4.103 / Num. unique obs: 9434 / CC_1/2: 0.22 / R_pim(I) all: 1.218 / R_rim(I) all: 4.261 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 5lxt

5lxt

解像度: 2.301→47.484 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.18 / 位相誤差: 28.37 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2442	12447	4.98 %
R_work	0.196	-	-
obs	0.1983	249777	99.94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.301→47.484 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17061	0	195	259	17515

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	17664
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.519	23945
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.644	10552
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	2610
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	3097

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3013-2.3275	0.3836	404	0.3803	7729	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3275-2.3548	0.3729	419	0.3712	7957	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3548-2.3836	0.4118	418	0.3565	7915	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3836-2.4137	0.3302	420	0.3371	7900	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4137-2.4455	0.3811	416	0.3283	7903	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4455-2.479	0.336	414	0.3214	7956	X-RAY DIFFRACTION	100
2.479-2.5144	0.3621	409	0.3265	7877	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5144-2.5519	0.3414	417	0.3216	7887	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5519-2.5918	0.3476	424	0.305	7996	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5918-2.6343	0.3416	411	0.2956	7840	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6343-2.6797	0.3431	410	0.306	7981	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6797-2.7284	0.3275	418	0.2978	7896	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7284-2.7809	0.3209	418	0.2838	7884	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7809-2.8377	0.3114	421	0.2644	7962	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8377-2.8994	0.3237	417	0.2536	7894	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8994-2.9668	0.303	419	0.2461	7935	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9668-3.041	0.2792	418	0.23	7881	X-RAY DIFFRACTION	100
3.041-3.1232	0.2491	415	0.2172	7957	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1232-3.2151	0.2849	412	0.2295	7881	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2151-3.3188	0.278	418	0.2122	7920	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3188-3.4374	0.2302	414	0.1967	7920	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4374-3.575	0.2338	413	0.1864	7930	X-RAY DIFFRACTION	100
3.575-3.7376	0.2491	409	0.1745	7901	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7376-3.9346	0.2364	417	0.1608	7917	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9346-4.181	0.1772	414	0.1502	7932	X-RAY DIFFRACTION	100
4.181-4.5036	0.1794	419	0.1363	7942	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5036-4.9563	0.1905	410	0.1348	7907	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9563-5.6725	0.2235	414	0.1595	7903	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6725-7.1429	0.2286	410	0.1756	7931	X-RAY DIFFRACTION	100
7.1429-47.494	0.1876	409	0.1528	7896	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6934	-0.3542	-0.6599	3.5176	1.1353	3.0398	-0.013	0.084	0.2635	-0.6871	0.3462	-0.3956	-0.9034	0.4465	-0.3095	0.698	-0.162	0.1365	0.5883	-0.1826	0.5894	32.0303	88.5467	50.9995
2	1.6113	0.0347	-0.6633	3.2267	1.2663	3.6122	0.0179	-0.0538	0.14	0.2369	0.0836	0.1243	-0.1567	0.0613	-0.0974	0.4954	0.0138	0.0234	0.4572	-0.1047	0.5324	20.3951	80.7512	65.112
3	2.7599	0.3652	0.9381	3.3751	1.1868	2.5244	0.0525	-0.1644	-0.017	0.6631	0.0142	0.4209	-0.1216	0.0678	-0.0622	0.8276	0.0434	0.1431	0.6141	-0.1416	0.6015	17.2202	88.7182	76.7271
4	1.0161	-0.0846	0	2.5627	1.4377	2.6708	-0.0073	-0.0559	-0.0736	0.558	0.272	-0.223	0.5579	0.4214	-0.2891	0.5316	0.1034	-0.0289	0.507	-0.1246	0.5387	28.2537	64.3614	63.5357
5	3.293	-0.714	-0.2775	3.6113	0.4201	2.6839	0.1549	0.1006	0.7792	-0.3232	-0.131	0.1855	-0.875	-0.2462	0.0266	0.7537	0.0695	0.0483	0.5585	-0.0315	0.7928	15.4923	71.8729	22.4109
6	1.9121	-0.756	-0.2831	3.8196	1.818	2.4496	0.084	0.3987	0.2032	-0.761	-0.0164	-0.1735	-0.6749	0.1521	-0.0519	0.6441	-0.0227	0.0382	0.6025	-0.0302	0.5196	24.6902	58.2941	13.5197
7	0.6853	-0.7571	0.248	2.7004	1.4055	2.9317	0.0315	-0.216	-0.0508	0.0761	-0.0847	-0.0583	-0.0358	-0.1199	0.0386	0.3713	0.0176	0.0512	0.4979	-0.1206	0.4805	21.3162	51.8208	27.0188
8	1.2399	-0.229	-0.0994	1.0796	0.3277	4.0387	-0.068	0.1287	0.0669	0.1026	-0.0619	0.3629	-0.1668	-0.7874	0.1234	0.5013	0.0748	0.0541	0.6928	-0.1833	0.6647	8.3271	58.2829	36.611
9	1.9656	-0.6857	1.3206	1.1649	-0.3105	2.253	-0.4777	-0.5236	0.1716	0.4711	0.3215	0.1833	-0.4989	-1.2529	0.1456	0.7633	0.1338	0.0558	0.8054	-0.1445	0.6475	6.3718	62.3059	47.1026
10	0.3925	0.3462	0.0887	2.854	1.9905	3.6728	0.0128	-0.1746	-0.1338	0.6157	0.0148	0.0748	0.5681	0.1503	-0.0433	0.5052	-0.0231	-0.028	0.4961	-0.037	0.4884	21.675	38.9288	32.2647
11	1.7616	-0.9964	-0.4408	3.1871	-0.3231	2.4845	-0.039	0.1041	0.4414	-0.2061	0.0799	0.0953	-0.5183	0.0615	-0.0326	0.4781	-0.1084	-0.0171	0.5547	0.0149	0.5539	14.5183	42.0761	-12.8469
12	1.632	-0.303	-0.2006	3.4624	0.5797	2.3212	-0.0653	0.4121	0.0941	-0.5188	0.1786	-0.1589	-0.2392	0.1193	-0.0905	0.4323	-0.1085	0.0887	0.5802	-0.0214	0.4741	24.504	30.3508	-18.5295
13	0.5235	-0.3806	-0.0386	1.6009	0.0215	1.7758	-0.1049	0.0093	-0.151	-0.0287	0.1102	0.074	0.1188	0.0309	0.0052	0.3888	-0.0209	0.0342	0.4862	-0.0493	0.4954	17.2118	23.3471	-5.4582
14	1.5248	-0.9967	1.2149	1.6869	1.0406	3.5138	0.018	-0.2538	0.2157	-0.0056	-0.1321	0.1994	-0.0185	-0.6451	0.0635	0.3679	-0.0384	0.0428	0.5274	-0.048	0.514	4.4304	30.41	2.5113
15	3.6889	-1.7053	1.4122	2.9838	0.3	2.256	-0.1237	-0.2946	0.0819	0.4739	-0.1024	0.4725	-0.1316	-0.4552	0.2004	0.4783	-0.0575	0.0508	0.5368	-0.0879	0.6151	-0.5721	35.0456	12.3547
16	2.6457	-0.3534	1.9991	1.404	-0.1696	3.5662	-0.0631	-0.1932	0.1332	-0.1783	0.0576	0.2722	0.07	-0.2998	-0.0346	0.4799	-0.0523	0.0685	0.5295	-0.0835	0.5786	2.5592	33.711	6.2458
17	1.1767	-0.0589	-0.1413	1.4357	0.8688	2.1412	-0.1357	0.0045	-0.1099	0.326	0.1526	-0.138	0.498	0.2247	-0.0361	0.4704	-0.0178	-0.0097	0.4402	-0.0407	0.4957	20.41	12.844	2.6073
18	4.3063	-1.2401	0.1327	2.875	0.132	3.0952	-0.2513	0.4713	0.4649	-0.4454	0.3224	0.0723	-0.1203	-0.118	-0.0667	0.71	-0.1868	0.025	0.8759	-0.017	0.5145	15.7496	12.1074	-41.7528
19	1.6676	-0.4552	-0.3143	2.5109	-1.2337	1.737	0.0387	0.873	-0.0774	-0.765	0.1365	-0.2427	0.3854	0.4251	-0.1571	0.9515	-0.1267	0.1916	1.2127	-0.2938	0.649	29.6117	0.3354	-46.6947
20	2.4177	-0.0953	-0.2139	0.9031	-1.2178	2.4583	-0.1245	0.3122	-0.3832	-0.4073	0.1705	-0.229	0.6233	-0.0242	-0.057	0.7392	-0.0834	0.0792	0.6709	-0.2339	0.5398	21.0638	-5.6835	-34.4839
21	1.9467	0.6762	0.9709	1.8585	-0.1638	4.0351	-0.0761	0.6023	0.0541	-0.2267	0.1334	0.0495	0.1073	-0.1097	-0.0486	0.5088	-0.0886	0.0892	0.6931	-0.1499	0.5298	18.3389	6.0368	-23.1844
22	2.8839	-0.3363	0.5977	2.4604	0.9123	2.6346	-0.1704	0.5097	-0.1876	-0.0549	0.0336	0.2573	0.3359	-0.4942	0.1352	0.6446	-0.1615	0.0346	0.6911	-0.0728	0.5139	4.3642	-0.2464	-20.604
23	1.7999	0.3267	-1.174	0.4574	-0.5342	1.7429	-0.3196	0.5812	-0.9213	-0.267	0.0027	-0.1092	0.7528	0.0958	0.3268	0.9733	-0.0984	0.1188	0.7081	-0.3626	0.8593	24.7292	-17.2574	-29.7763
24	3.4951	-0.1423	-1.7487	1.9085	0.1203	4.5206	-0.317	-0.0633	0.0396	0.5758	0.3289	-0.2805	1.3673	0.6723	0.0087	1.0346	0.0979	0.0269	0.7463	-0.1725	0.828	27.5535	-14.1854	-17.6236
25	4.6163	-1.7181	2.2306	6.0551	-0.327	3.4587	-0.6711	-0.1057	0.3465	0.9398	0.4595	-0.9412	-0.5489	0.4216	0.1907	1.1632	-0.0657	0.1068	0.7961	-0.2473	0.7392	24.5754	96.9492	82.6178
26	3.8638	0.5823	-4.4262	1.3513	0.3365	7.2614	0.0237	0.1023	-0.0068	0.8583	0.579	-0.7745	-0.0245	0.3657	-0.5086	1.4605	0.1775	-0.1375	1.0646	-0.1659	1.1026	34.4214	78.4621	80.3511
27	0.5412	-0.3166	-0.5357	0.4739	0.6429	1.2771	-0.1941	-0.0673	-0.0214	0.413	0.6003	-0.3328	0.6401	0.9149	-0.5612	0.6093	0.0618	0.0404	0.8675	-0.2015	0.7916	43.0303	28.3544	4.9534
28	3.2435	-0.0545	-2.6898	1.4439	-0.1816	3.8482	-0.4149	0.0822	-0.5794	0.013	0.2314	-0.0998	1.0758	0.1467	0.1254	0.9283	-0.009	0.1028	0.5352	-0.022	0.7173	7.6551	56.9239	77.927
29	2.8646	0.0271	-0.9572	1.4946	-0.2787	3.2772	-0.2998	-0.7957	-0.7888	0.4116	-0.1033	-0.5932	0.8795	1.0475	0.406	1.2657	0.1996	0.0391	1.1209	0.2864	1.0825	8.7793	52.115	103.683
30	3.0516	-0.0391	-3.0076	1.2379	-0.5193	4.6689	-0.4082	0.1423	-0.4881	0.2327	0.2648	0.0929	0.9485	-0.331	0.0925	1.0241	0.0401	0.108	0.6074	0.0233	0.7551	-3.7552	56.4098	90.7022

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 160 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 161 through 311 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 312 through 372 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 373 through 437 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 1 through 64 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 65 through 128 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 129 through 214 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 215 through 324 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 325 through 373 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 374 through 438 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 1 through 72 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 73 through 128 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 129 through 223 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 224 through 311 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 312 through 338 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 339 through 372 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 373 through 440 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 1 through 64 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 65 through 127 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 128 through 238 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 239 through 268 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 269 through 372 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 373 through 414 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 415 through 441 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'E' and (resid 6 through 23 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'E' and (resid 24 through 46 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'E' and (resid 47 through 141 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'F' and (resid 1 through 96 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'F' and (resid 97 through 257 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'F' and (resid 258 through 380 )

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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