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- PDB-6qq4: Odorant-binding protein dmelOBP28a from Drosophila melanogaster -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qq4
タイトルOdorant-binding protein dmelOBP28a from Drosophila melanogaster
要素General odorant-binding protein 28a
キーワードTRANSPORT PROTEIN / odorant-binding protein / pheromone-binding protein / drosophila melanogaster / olfaction / gustation / taste / transport / carrier / perireceptor events / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


pheromone binding / sensory perception of chemical stimulus / odorant binding / sensory perception of smell / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Insect pheromone/odorant binding protein domains. / Pheromone/general odorant binding protein / PBP/GOBP family / Pheromone/general odorant binding protein superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONIC ACID / General odorant-binding protein 28a
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.998 Å
データ登録者Gonzalez, D. / Neiers, F. / Gotthard, G. / Briand, L.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
BURGUNDY COUNCIL フランス
引用ジャーナル: Cell.Mol.Life Sci. / 年: 2020
タイトル: The Drosophila odorant-binding protein 28a is involved in the detection of the floral odour ss-ionone.
著者: Gonzalez, D. / Rihani, K. / Neiers, F. / Poirier, N. / Fraichard, S. / Gotthard, G. / Chertemps, T. / Maibeche, M. / Ferveur, J.F. / Briand, L.
履歴
登録2019年2月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月24日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: General odorant-binding protein 28a
B: General odorant-binding protein 28a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1244
ポリマ－25,7812
非ポリマー3422
水3,027168
1
A: General odorant-binding protein 28a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1292
ポリマ－12,8911
非ポリマー2381
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: General odorant-binding protein 28a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9952
ポリマ－12,8911
非ポリマー1041
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)34.500, 83.200, 45.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 General odorant-binding protein 28a / Odorant-binding protein 28a / Pheromone-binding protein-related protein 5 / PBPRP-5


分子量: 12890.670 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Obp28a, Pbprp5, CG6641 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P54195
#2: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID / マロン酸


分子量: 104.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 2.5 M sodium malonate, 0.1 M HEPES, 0.5% Jeffamine / PH範囲: 7-8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.998→45.039 Å / Num. all: 55842 / Num. obs: 16958 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.29 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.06494 / Rrim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 13.68
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 3.46 % / Mean I/σ(I) obs: 1.99 / Num. unique all: 4435 / Num. unique obs: 1282 / CC1/2: 0.754 / Rrim(I) all: 0.854 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
Cootモデル構築
XDSデータ削減
PHASER位相決定
MrBUMP位相決定
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ORG

1org


解像度: 1.998→45.039 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.17
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2361 848 5.01 %
Rwork0.1901 --
obs0.1924 16935 97.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.998→45.039 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1755 0 23 168 1946
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071809
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0822421
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.76679
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038275
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004318
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.998-2.12320.30361400.25152672X-RAY DIFFRACTION98
2.1232-2.28710.30371410.23872667X-RAY DIFFRACTION98
2.2871-2.51730.26961410.21142698X-RAY DIFFRACTION99
2.5173-2.88150.28811410.21112661X-RAY DIFFRACTION97
2.8815-3.63010.20551390.18832644X-RAY DIFFRACTION97
3.6301-45.050.21081460.16372745X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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