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万見
- PDB-6qpj: Human CLOCK PAS-A domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qpj
タイトルHuman CLOCK PAS-A domain
要素Circadian locomoter output cycles protein kaput
キーワードCIRCADIAN CLOCK PROTEIN / Circadian / CLOCK / PAS
機能・相同性
機能・相同性情報


photoperiodism / CLOCK-BMAL transcription complex / regulation of hair cycle / negative regulation of glucocorticoid receptor signaling pathway / regulation of type B pancreatic cell development / chromatoid body / positive regulation of circadian rhythm / response to redox state / protein acetylation / E-box binding ...photoperiodism / CLOCK-BMAL transcription complex / regulation of hair cycle / negative regulation of glucocorticoid receptor signaling pathway / regulation of type B pancreatic cell development / chromatoid body / positive regulation of circadian rhythm / response to redox state / protein acetylation / E-box binding / regulation of insulin secretion / histone acetyltransferase activity / histone acetyltransferase / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / DNA damage checkpoint signaling / cellular response to ionizing radiation / circadian regulation of gene expression / Heme signaling / regulation of circadian rhythm / PPARA activates gene expression / chromatin DNA binding / positive regulation of inflammatory response / circadian rhythm / sequence-specific double-stranded DNA binding / Circadian Clock / chromosome / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / HATs acetylate histones / spermatogenesis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / sequence-specific DNA binding / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / intracellular membrane-bounded organelle / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / signal transduction / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Nuclear translocator / Helix-loop-helix DNA-binding domain / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / PAS domain / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain ...: / Nuclear translocator / Helix-loop-helix DNA-binding domain / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / PAS domain / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Beta-Lactamase / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Circadian locomoter output cycles protein kaput
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2.315 Å
データ登録者Kwon, H. / Freeman, S.L. / Moody, P.C.E. / Raven, E.L. / Basran, J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/L006626/1 英国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Heme binding to human CLOCK affects interactions with the E-box.
著者: Freeman, S.L. / Kwon, H. / Portolano, N. / Parkin, G. / Venkatraman Girija, U. / Basran, J. / Fielding, A.J. / Fairall, L. / Svistunenko, D.A. / Moody, P.C.E. / Schwabe, J.W.R. / Kyriacou, C.P. / Raven, E.L.
履歴
登録2019年2月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年10月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine.pdbx_diffrn_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Circadian locomoter output cycles protein kaput


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3151
ポリマ－18,3151
非ポリマー00
水1,29772
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area8140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.990, 45.360, 75.675
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.46, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MI121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-344-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Circadian locomoter output cycles protein kaput / hCLOCK / Class E basic helix-loop-helix protein 8 / bHLHe8


分子量: 18314.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CLOCK, BHLHE8, KIAA0334 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O15516, histone acetyltransferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.82 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20 mM MES pH 6.5 0.1M Magnesium sulfate 20 % PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2017年8月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→25 Å / Num. obs: 6784 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.4 % / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 2.3→2.4 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.315→25.063 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 14.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2425 296 4.36 %
Rwork0.1796 --
obs0.1826 6783 98.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.315→25.063 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1061 0 0 72 1133
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091083
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0011466
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.345653
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054170
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006186
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.315-2.9160.3241400.17313154X-RAY DIFFRACTION97
2.916-25.06440.21291560.18223333X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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