PDB-3d89: Crystal Structure of a Soluble Rieske Ferredoxin from Mus musculus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3d89

タイトル

Crystal Structure of a Soluble Rieske Ferredoxin from Mus musculus

要素

Rieske domain-containing protein

キーワード

ELECTRON TRANSPORT / CASP Target / Rieske ferredoxin / [2Fe-2S] cluster / Protein Structure Initiative / PSI / Center for Eukaryotic Structural Genomics / CESG / Iron / Iron-sulfur / Metal-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

2 iron, 2 sulfur cluster binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.071 Å

データ登録者

Levin, E.J. / McCoy, J.G. / Elsen, N.L. / Seder, K.D. / Bingman, C.A. / Wesenberg, G.E. / Fox, B.G. / Phillips Jr., G.N. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2008
タイトル: X-ray structure of a soluble Rieske-type ferredoxin from Mus musculus.
著者: Levin, E.J. / Elsen, N.L. / Seder, K.D. / McCoy, J.G. / Fox, B.G. / Phillips, G.N.

履歴

登録	2008年5月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年7月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb3d89.ent.gz	30.9 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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CIF形式データ	3d89_validation.cif.gz	10.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d8/3d89 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d8/3d89	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	6qpj-d 2mh9-d 4p2j-2 2xvs-d 2kvr-d 6hyn-d 6pbs-12 1kl8-d 5g4z-d 2c34-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: GO.35879

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リンク

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#137 - 2011年5月
シトクロムbc1 (Cytochrome bc1)
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シトクロムc (Cytochrome c)
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キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase)
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#144 - 2011年12月
複合体I (Complex I)
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ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
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クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
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シトクロムp450 (Cytochrome p450)
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#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Rieske domain-containing protein

ヘテロ分子

18.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.413, 52.413, 108.808
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

詳細

authors state that Gel-filtration data has shown that in solution the protein is a monomer and the PISA calculated asymmetric dimer is elieved to be an artifact of the lattice packing.

#1: タンパク質	Rieske domain-containing protein 分子量: 17951.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Rfesd / プラスミド: PVP 16 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8K2P6
#2: 化合物	ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER 分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₂S₂
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THIS STRUCTURE WAS SUBMITTED AS CASP8 ID T0391.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.5 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: Protein Solution (~15 mg/ml native protein, 0.025 M NaCl, 0.005 M MOPS pH 7.0) mixed in a 1:1 ratio with Well Solution ( 25% MEPEG 5K, 0.12 M Trisodium citrate, 0.10 M MES ph 6.0) ...詳細: Protein Solution (~15 mg/ml native protein, 0.025 M NaCl, 0.005 M MOPS pH 7.0) mixed in a 1:1 ratio with Well Solution ( 25% MEPEG 5K, 0.12 M Trisodium citrate, 0.10 M MES ph 6.0) Cryoprotected with 15% ethylene glycol; Mercury derivative crystal soaked overnight in in mother liquor containing 0.002 M thimersol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

結晶

マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.5 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: Protein Solution (~15 mg/ml native protein, 0.025 M NaCl, 0.005 M MOPS pH 7.0) mixed in a 1:1 ratio with Well Solution ( 25% MEPEG 5K, 0.12 M Trisodium citrate, 0.10 M MES ph 6.0) ...

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	23-ID-B	1	0.96419
シンクロトロン	APS	22-BM	2	1

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
MARMOSAIC 300 mm CCD	1	CCD	2007年7月6日	Adjustable focus K-B pair Si plus Pt, Rh coatings
MARMOSAIC 225 mm CCD	2	CCD	2007年6月11日	Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Double crystal cryo-cooled Si(111)	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	Rosenbaum-Rock monochromator high-resolution double-crystal Si (111) sagittal focusing, water cooled	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.96419	1
2	1	1

反射

解像度: 2.07→50 Å / Num. obs: 9806 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 12.7 % / R_merge(I) obs: 0.057 / Χ²: 0.907 / Net I/σ(I): 18.354

反射シェル

Diffraction-ID: 1,2

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.07-2.14	7.1	0.621	1.845	900	0.766	95.5
2.14-2.23	10.2	0.528		962	0.87	99.9
2.23-2.33	12.9	0.43		959	0.694	100
2.33-2.45	14	0.293		960	0.96	100
2.45-2.61	14.2	0.223		969	0.944	100
2.61-2.81	14.2	0.142		978	0.873	100
2.81-3.09	14.1	0.093		984	0.974	100
3.09-3.54	14	0.062		988	1.018	100
3.54-4.46	13.6	0.053		1007	0.99	100
4.46-50	12.3	0.038		1099	0.869	98.7

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing MAD set

R cullis centric: 0 / 最高解像度: 1.69 Å / 最低解像度: 30.66 Å / Power centric: 0

ID	R cullis acentric	Power acentric	Reflection acentric	Reflection centric
ISO_1	0	0	14606	2908
ANO_1	0.833	1.077	14306	0

Phasing MAD set shell

R cullis centric: 0 / Power centric: 0

ID	解像度 (Å)	R cullis acentric	Power acentric	Reflection acentric	Reflection centric
ISO_1	7.35-30.66	0	0	124	139
ISO_1	5.27-7.35	0	0	265	139
ISO_1	4.33-5.27	0	0	358	153
ISO_1	3.76-4.33	0	0	436	142
ISO_1	3.37-3.76	0	0	506	151
ISO_1	3.08-3.37	0	0	560	153
ISO_1	2.85-3.08	0	0	625	149
ISO_1	2.67-2.85	0	0	673	145
ISO_1	2.51-2.67	0	0	715	147
ISO_1	2.39-2.51	0	0	768	156
ISO_1	2.28-2.39	0	0	807	152
ISO_1	2.18-2.28	0	0	837	150
ISO_1	2.09-2.18	0	0	899	149
ISO_1	2.02-2.09	0	0	915	150
ISO_1	1.95-2.02	0	0	959	149
ISO_1	1.89-1.95	0	0	1001	149
ISO_1	1.83-1.89	0	0	1034	154
ISO_1	1.78-1.83	0	0	1045	139
ISO_1	1.73-1.78	0	0	1032	128
ISO_1	1.69-1.73	0	0	1047	114
ANO_1	7.35-30.66	0.799	0.796	124	0
ANO_1	5.27-7.35	0.697	1.414	265	0
ANO_1	4.33-5.27	0.847	1.213	358	0
ANO_1	3.76-4.33	0.859	1.395	436	0
ANO_1	3.37-3.76	0.787	1.477	506	0
ANO_1	3.08-3.37	0.81	1.434	560	0
ANO_1	2.85-3.08	0.753	1.455	625	0
ANO_1	2.67-2.85	0.745	1.443	673	0
ANO_1	2.51-2.67	0.771	1.253	715	0
ANO_1	2.39-2.51	0.782	1.231	768	0
ANO_1	2.28-2.39	0.812	1.133	807	0
ANO_1	2.18-2.28	0.826	1.02	837	0
ANO_1	2.09-2.18	0.86	0.928	899	0
ANO_1	2.02-2.09	0.867	0.861	915	0
ANO_1	1.95-2.02	0.876	0.752	959	0
ANO_1	1.89-1.95	0.908	0.672	1001	0
ANO_1	1.83-1.89	0.934	0.647	1026	0
ANO_1	1.78-1.83	0.942	0.584	1010	0
ANO_1	1.73-1.78	0.966	0.568	959	0
ANO_1	1.69-1.73	0.981	0.545	863	0

Phasing MAD set site

ID	Cartn x (Å)	Cartn y (Å)	Cartn z (Å)	Atom type symbol	B iso	Occupancy
1	-0.109	5.609	70.253	HG	19.29	0.67
2	6.484	39.077	101.378	HG	36.57	0.49
3	3.121	39.894	0.465	HG	19.96	0.42
4	4.74	32.391	35.752	HG	23.65	0.22
5	8.21	12.001	49.89	HG	29.62	0.28

Phasing dm

手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 17514

Phasing dm shell

解像度 (Å)	Delta phi final	FOM	反射
5.83-100	71.9	0.755	504
4.58-5.83	64.4	0.91	501
3.97-4.58	63.1	0.904	502
3.59-3.97	64.3	0.898	512
3.31-3.59	67.6	0.891	510
3.1-3.31	67.9	0.893	506
2.94-3.1	65.7	0.868	524
2.8-2.94	61.4	0.864	542
2.68-2.8	58.7	0.839	563
2.57-2.68	58.4	0.854	584
2.47-2.57	61.7	0.858	610
2.39-2.47	62.5	0.857	628
2.31-2.39	59.1	0.859	642
2.24-2.31	63.2	0.847	683
2.18-2.24	63.6	0.871	678
2.12-2.18	68.1	0.878	699
2.06-2.12	65.1	0.861	728
2.01-2.06	68.8	0.864	734
1.97-2.01	65.9	0.861	752
1.92-1.97	68.8	0.854	786
1.88-1.92	66.1	0.851	767
1.84-1.88	71.3	0.811	822
1.81-1.84	71.1	0.803	795
1.77-1.81	76.5	0.812	804
1.74-1.77	78.5	0.776	807
1.69-1.74	76.7	0.76	1331

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHARP		位相決定
直接法	5	位相決定
REFMAC	5.2.0005	精密化
PDB_EXTRACT	3	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.071→37.75 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / WR_factor R_free: 0.245 / WR_factor R_work: 0.218 / SU B: 7.655 / SU ML: 0.124 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.213 / ESU R Free: 0.171 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.228	472	4.839 %	RANDOM
R_work	0.199	-	-	-
obs	0.2	9754	99.399 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.027 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.148 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.148 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.295 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.071→37.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1099	0	8	48	1155

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	1159
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.848	1.944	1563
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.528	5	140
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.566	23.571	56
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.863	15	206
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.109	0.2	162
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	881
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.215	0.2	453
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.306	0.2	757
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.128	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.235	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.168	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.018	1.5	706
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.486	2	1114
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.169	3	523
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.12	4.5	445

LS精密化シェル

解像度: 2.071→2.125 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.378	24	-
R_work	0.295	643	-
all	-	707	-
obs	-	-	94.342 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	80.9735	-41.326	12.4217	87.7722	-26.138	14.0627	0.6205	0.6405	-4.5263	-3.7394	-0.4616	-1.6532	3.0492	0.9092	-0.1589	0.4111	0.0919	0.1234	0.6839	-0.2583	0.3936	17.1736	-23.3367	-5.3402
2	7.276	1.6286	0.9643	7.9249	-1.5685	12.2897	-0.1296	1.6702	0.9406	-0.2123	0.2343	0.9811	-0.9165	-0.3876	-0.1047	-0.2298	0.0121	-0.0642	0.5332	0.234	0.0196	6.4897	-8.4335	0.8772
3	5.7093	0.1327	0.4382	1.8466	0.6457	7.1449	-0.037	0.601	0.2396	-0.0056	0.0725	0.0034	-0.2429	0.3816	-0.0355	-0.0684	0.006	0.037	0.2038	0.0561	0.0899	17.5359	-11.3666	12.7765
4	9.3456	3.5648	-4.2381	5.9282	-2.8478	20.0657	-0.2016	0.8653	-1.2974	-0.4175	0.0954	-0.0159	2.3431	0.4918	0.1062	0.2565	0.1697	-0.0118	0.0153	-0.0801	0.215	18.51	-25.3724	13.4182

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	14 - 18	14 - 18
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	19 - 35	19 - 35
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	36 - 133	36 - 133
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	134 - 154	134 - 154

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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