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- PDB-6qmf: Phosphopantetheine adenylyltransferase from Mycobacterium tubercu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qmf
タイトルPhosphopantetheine adenylyltransferase from Mycobacterium tuberculosis in complex with 5-[3-(1H-indol-3-yl)propoxy]-1-phenyl-1H-pyrazole-4-carboxylic acid at 1.8A resolution.
要素Phosphopantetheine adenylyltransferase
キーワードTRANSFERASE / CoaD / PPAT / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


pantetheine-phosphate adenylyltransferase / pantetheine-phosphate adenylyltransferase activity / protein hexamerization / coenzyme A biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphopantetheine adenylyltransferase / Cytidylyltransferase-like / Cytidyltransferase-like domain / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-indol-1-ylpropanoic acid / Phosphopantetheine adenylyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.771 Å
データ登録者Blaszczyk, M. / Blundell, T.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Bill & Melinda Gates Foundation 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Fragment linking applied to the discovery of Mycobacterium tuberculosis phosphopantetheine adenylyltransferase inhibitors
著者: Blaszczyk, M. / El Bakali, J. / Boland, J.A. / Spry, C. / Dias, M. / Blundell, T.L. / Abel, C.
履歴
登録2019年2月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2020年2月26日ID: 6G7U
改定 1.02020年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphopantetheine adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0603
ポリマ－17,7921
非ポリマー2672
水70339
1
A: Phosphopantetheine adenylyltransferase
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,35818
ポリマ－106,7546
非ポリマー1,60412
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_675-y+1,x-y+2,z1
crystal symmetry operation3_465-x+y-1,-x+1,z1
crystal symmetry operation4_465y-1,x+1,-z1
crystal symmetry operation5_675x-y+1,-y+2,-z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z1
Buried area13340 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area35490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.951, 97.951, 112.729
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-202-

DMS

21A-202-

DMS

31A-312-

HOH

41A-331-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Phosphopantetheine adenylyltransferase / Dephospho-CoA pyrophosphorylase / Pantetheine-phosphate adenylyltransferase / PPAT


分子量: 17792.385 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: coaD, kdtB, Rv2965c, MTCY349.22, u0002e / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P9WPA5, pantetheine-phosphate adenylyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-EQ5 / 3-indol-1-ylpropanoic acid / 1H-インド-ル-1-プロピオン酸


分子量: 189.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H11NO2
#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.94 % / 解説: cubes
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: MPD, CoHexamine Chloride, Cacodylate/Tris / PH範囲: 6.5-8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.771→67.781 Å / Num. all: 20447 / Num. obs: 20447 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.5 % / Rpim(I) all: 0.015 / Rrim(I) all: 0.064 / Rsym value: 0.059 / Net I/av σ(I): 5.5 / Net I/σ(I): 27.4 / Num. measured all: 398075
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym value
1.771-1.8719.81.4860.529560.3521.5691.486
1.87-1.9820.30.769127970.1790.8070.769
1.98-2.1219.80.361226340.0840.3770.361
2.12-2.2919.90.193.824460.0440.1990.19
2.29-2.520.30.122622620.0280.1280.122
2.5-2.819.50.0798.920580.0190.0840.079
2.8-3.2318.90.0541218300.0140.0590.054
3.23-3.9618.20.04612.915440.0120.050.046
3.96-5.617.80.04214.312140.010.0450.042
5.6-67.78116.40.04411.27060.0120.0490.044

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.20データスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1TFU

1tfu


解像度: 1.771→67.781 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.58
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2206 1046 5.12 %
Rwork0.1917 --
obs0.1931 20446 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 131.23 Å2 / Biso mean: 47.14 Å2 / Biso min: 21.3 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.771→67.781 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1158 0 34 39 1231
Biso mean--74.07 42.86 -
残基数----151
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071195
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1921615
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074186
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005210
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.653435
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.7711-1.86450.29571570.271627302887
1.8645-1.98130.25641430.230427502893
1.9813-2.13430.23261610.201627342895
2.1343-2.34910.22661490.18427442893
2.3491-2.6890.26081540.200327632917
2.689-3.38790.22751430.201227932936
3.3879-67.83080.19641390.179128863025
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1622-0.35520.10581.71420.46060.7710.173-0.3034-0.28610.4199-0.0715-0.94480.12050.31830.40610.3127-0.0206-0.22550.42020.11780.4583-25.945776.836313.9705
20.0990.0073-0.13190.18680.14940.4177-0.2303-0.42990.07870.41840.1403-0.30260.10580.2045-0.07050.22420.0389-0.16950.3753-0.00390.4038-25.725984.232812.2453
30.0755-0.0124-0.05670.04510.02070.0327-0.0691-0.13760.20660.41840.0785-0.2070.06260.0465-00.27550.0201-0.07060.2977-0.05160.2927-34.166691.75696.4935
40.6530.47890.32310.7480.06940.21170.1367-0.1722-0.88590.25270.0667-0.64550.29770.23510.23850.4270.0246-0.17790.33990.22850.4525-36.627765.90816.4823
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 58 )A1 - 58
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 59 through 94 )A59 - 94
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 95 through 117 )A95 - 117
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 118 through 157 )A118 - 157

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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