PDB-6g6v: Phosphopantetheine adenylyltransferase from Mycobacterium tubercu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6g6v

タイトル

Phosphopantetheine adenylyltransferase from Mycobacterium tuberculosis in complex with 4-(2-carboxybenzoyl)-2-nitrobenzoic acid at 1.9A resolution.

要素

Phosphopantetheine adenylyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / CoaD / PPAT / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

pantetheine-phosphate adenylyltransferase / pantetheine-phosphate adenylyltransferase activity / protein hexamerization / coenzyme A biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.942 Å

データ登録者

Blaszczyk, M. / Blundell, T.L.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Fragment linking applied to the discovery of Mycobacterium tuberculosis phosphopantetheine adenylyltransferase inhibitors
著者: Blaszczyk, M. / El Bakali, J. / Boland, J.A. / Spry, C. / Dias, M. / Blundell, T.L. / Abel, C.

履歴

登録	2018年4月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年4月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6g6v.cif.gz	76.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6g6v.ent.gz	55.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6g6v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g6/6g6v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g6/6g6v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6qmfC 6qmgC 6qmhC 6qmiC 1tfuS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6qmg-1 6qmh-1 6g7u-1 5o0b-1 6g7s-1 6qmf-1 5o0a-1 6g7t-1 3nba-2 5o0h-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phosphopantetheine adenylyltransferase

ヘテロ分子

18.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Phosphopantetheine adenylyltransferase

ヘテロ分子

x 6

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
109 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_665	-y+1,x-y+1,z	1
crystal symmetry operation	3_565	-x+y,-x+1,z	1
crystal symmetry operation	10_455	y-1/3,x+1/3,-z+1/3	1
crystal symmetry operation	11_565	x-y+2/3,-y+4/3,-z+1/3	1
crystal symmetry operation	12_555	-x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/3	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.751, 97.751, 114.711
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-317- HOH
2	1	A-345- HOH

#1: タンパク質	Phosphopantetheine adenylyltransferase / Dephospho-CoA pyrophosphorylase / Pantetheine-phosphate adenylyltransferase / PPAT 分子量: 17792.385 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: coaD, kdtB, Rv2965c, MTCY349.22, u0002e / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P9WPA5, pantetheine-phosphate adenylyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-EO8 / 4-(2-carboxyphenyl)carbonyl-2-nitro-benzoic acid 分子量: 315.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₉NO₇
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.5 % / 解説: cubes
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: MPD, CoHexamine Chloride, Cacodylate/Tris / PH範囲: 6.5-8.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I03 / 波長: 0.98 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月2日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.98 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.942→48.876 Å / Num. obs: 15776 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.4 % / R_pim(I) all: 0.018 / R_rim(I) all: 0.079 / R_sym value: 0.075 / Net I/av σ(I): 6.1 / Net I/σ(I): 24.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	% possible all
1.942-2.05	19.6	1.487	0.5	2262	0.352	1.565	1.487	100
2.05-2.17	20	0.787	1	2169	0.184	0.824	0.787	100
2.17-2.32	19.9	0.399	1.8	2020	0.093	0.418	0.399	100
2.32-2.51	20.4	0.262	2.7	1903	0.06	0.273	0.262	100
2.51-2.75	19.8	0.16	4.5	1743	0.037	0.167	0.16	100
2.75-3.07	19.6	0.09	7.9	1587	0.021	0.095	0.09	100
3.07-3.55	19.3	0.062	10.6	1395	0.015	0.066	0.062	100
3.55-4.34	17.9	0.051	11.6	1203	0.013	0.055	0.051	100
4.34-6.14	17.7	0.043	14	943	0.011	0.046	0.043	100
6.14-48.876	16.5	0.042	13.2	551	0.011	0.045	0.042	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.20	データスケーリング
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1TFU

1tfu

解像度: 1.942→47.483 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.48

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.219	787	4.99 %
R_work	0.1867	-	-
obs	0.1883	15775	99.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 115.42 Å² / B_iso mean: 41.8 Å² / B_iso min: 20.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.942→47.483 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1158	0	29	54	1241
B_iso mean	-	-	52.84	46.69	-
残基数	-	-	-	-	151

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1201
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.99	1626
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	186
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	214
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.018	450

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 6 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.9418-2.0635	0.3033	140	0.2497	2458	2598
2.0635-2.2228	0.231	140	0.1935	2446	2586
2.2228-2.4465	0.2398	122	0.1879	2488	2610
2.4465-2.8005	0.2429	136	0.1885	2489	2625
2.8005-3.5281	0.1933	123	0.1929	2504	2627
3.5281-47.4976	0.2098	126	0.1774	2603	2729

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.6312	0.6472	-0.5183	1.5136	0.6692	1.4129	0.0071	0.5658	-0.6383	-0.1975	0.0351	0.0899	0.209	0.0205	0.0265	0.3683	-0.0232	-0.0172	0.3208	-0.1353	0.38	-5.6102	31.8766	4.7504
2	0.331	0.2408	-0.0272	0.183	0.0974	0.2207	0.0373	-0.8373	0.1752	-0.3611	-0.1929	0.6074	0.398	-1.1547	0.006	0.3901	-0.0969	-0.1174	0.4579	-0.0276	0.3353	-19.5138	36.2371	5.7724
3	0.7445	-0.3274	-0.1257	1.8829	-1.0725	1.0534	-0.223	0.1477	0.5032	-0.1833	-0.0381	-0.2681	-0.0533	0.1968	-0.0008	0.2498	-0.0096	-0.0575	0.2944	-0.0202	0.2554	-10.8614	46.0533	12.9815
4	-0.0854	-0.0601	0.0384	0.1009	-0.1297	0.2475	0.1925	-0.1004	-0.1158	0.0604	0.429	-0.0554	0.1689	-0.627	-0.0008	0.3257	0.0013	-0.0226	0.3281	0.0184	0.3461	6.7875	39.1409	13.8755
5	1.6259	1.4721	-0.6116	0.7413	0.1547	0.7621	-0.1802	0.533	-0.5364	-0.2179	0.302	-0.2856	0.1127	0.1576	0.0038	0.391	-0.001	0.0867	0.4383	-0.1516	0.4071	11.0607	35.9744	-0.7089

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 72 )	A	1 - 72
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 73 through 83 )	A	73 - 83
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 84 through 117 )	A	84 - 117
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 118 through 126 )	A	118 - 126
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 127 through 157 )	A	127 - 157

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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