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- PDB-6g6v: Phosphopantetheine adenylyltransferase from Mycobacterium tubercu... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6g6v | ||||||
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Title | Phosphopantetheine adenylyltransferase from Mycobacterium tuberculosis in complex with 4-(2-carboxybenzoyl)-2-nitrobenzoic acid at 1.9A resolution. | ||||||
![]() | Phosphopantetheine adenylyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / CoaD / PPAT / Complex | ||||||
Function / homology | ![]() pantetheine-phosphate adenylyltransferase / pantetheine-phosphate adenylyltransferase activity / protein hexamerization / coenzyme A biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Blaszczyk, M. / Blundell, T.L. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Fragment linking applied to the discovery of Mycobacterium tuberculosis phosphopantetheine adenylyltransferase inhibitors Authors: Blaszczyk, M. / El Bakali, J. / Boland, J.A. / Spry, C. / Dias, M. / Blundell, T.L. / Abel, C. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 55.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 739.4 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 740.7 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 8.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 11 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6qmfC ![]() 6qmgC ![]() 6qmhC ![]() 6qmiC ![]() 1tfuS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
| x 6|||||||||
Unit cell |
| |||||||||
Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 17792.385 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC 25618 / H37Rv / Gene: coaD, kdtB, Rv2965c, MTCY349.22, u0002e / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: P9WPA5, pantetheine-phosphate adenylyltransferase |
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#2: Chemical | ChemComp-EO8 / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.96 Å3/Da / Density % sol: 58.5 % / Description: cubes |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 / Details: MPD, CoHexamine Chloride, Cacodylate/Tris / PH range: 6.5-8.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 2, 2012 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.942→48.876 Å / Num. obs: 15776 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 19.4 % / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.079 / Rsym value: 0.075 / Net I/av σ(I): 6.1 / Net I/σ(I): 24.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1TFU Resolution: 1.942→47.483 Å / SU ML: 0.2 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 23.48
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 115.42 Å2 / Biso mean: 41.8 Å2 / Biso min: 20.28 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.942→47.483 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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