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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6qm3 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a calcium- and sodium-bound mouse Olfactomedin-1 disulfide-linked dimer of the Olfactomedin domain and part of coiled coil | ||||||
要素 | Noelin | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / Calcium / Beta-propeller / Secreted / Brain | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 extrinsic component of synaptic membrane / atrioventricular valve formation / neuronal signal transduction / extrinsic component of postsynaptic density membrane / cardiac epithelial to mesenchymal transition / regulation of axon extension / AMPA glutamate receptor complex / axonal growth cone / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / synaptic membrane ...extrinsic component of synaptic membrane / atrioventricular valve formation / neuronal signal transduction / extrinsic component of postsynaptic density membrane / cardiac epithelial to mesenchymal transition / regulation of axon extension / AMPA glutamate receptor complex / axonal growth cone / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / synaptic membrane / perikaryon / positive regulation of apoptotic process / axon / negative regulation of gene expression / neuronal cell body / glutamatergic synapse / positive regulation of gene expression / signal transduction / endoplasmic reticulum / extracellular space 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Pronker, M.F. / van den Hoek, H.G. / Janssen, B.J.C. | ||||||
資金援助 | オランダ, 1件
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引用 | ジャーナル: BMC Mol Cell Biol / 年: 2019 タイトル: Design and structural characterisation of olfactomedin-1 variants as tools for functional studies. 著者: Pronker, M.F. / van den Hoek, H. / Janssen, B.J.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6qm3.cif.gz | 267 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6qm3.ent.gz | 193.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6qm3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6qm3_validation.pdf.gz | 483.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6qm3_full_validation.pdf.gz | 488.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6qm3_validation.xml.gz | 22 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6qm3_validation.cif.gz | 30.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qm/6qm3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qm/6qm3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 10分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 31770.441 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Olfm1, Noe1, Noel, Noel1 / プラスミド: pUPE107.03 詳細 (発現宿主): Cystatin secretion signal and C-terminal His6-tag 細胞株 (発現宿主): HEK293 GntI-/- / 器官 (発現宿主): Kidney / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O88998 #2: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-非ポリマー , 5種, 107分子
#3: 化合物 | ChemComp-CAC / | ||||||
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#4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.99 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.08 M Mg Acetate, 30% PEG4000, 0.05 M Na Cacodylate pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9762 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.89→75.994 Å / Num. obs: 29117 / % possible obs: 92.2 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 34.574240918 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.072 / Net I/σ(I): 10.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.891→2.101 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.751 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 1457 / CC1/2: 0.551 / Rpim(I) all: 0.479 / Rrim(I) all: 0.893 / % possible all: 77.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5AMO 解像度: 2→71.3 Å / SU ML: 0.214022057126 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34348608369 / 位相誤差: 28.6783724053
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 49.0864676127 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→71.3 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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