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- PDB-6qm3: Crystal structure of a calcium- and sodium-bound mouse Olfactomed... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qm3
タイトルCrystal structure of a calcium- and sodium-bound mouse Olfactomedin-1 disulfide-linked dimer of the Olfactomedin domain and part of coiled coil
要素Noelin
キーワードSIGNALING PROTEIN / Calcium / Beta-propeller / Secreted / Brain
機能・相同性
機能・相同性情報


atrioventricular valve formation / neuronal signal transduction / extrinsic component of postsynaptic density membrane / extrinsic component of synaptic membrane / regulation of amyloid-beta formation / cardiac epithelial to mesenchymal transition / regulation of axon extension / negative regulation of amyloid-beta formation / AMPA glutamate receptor complex / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition ...atrioventricular valve formation / neuronal signal transduction / extrinsic component of postsynaptic density membrane / extrinsic component of synaptic membrane / regulation of amyloid-beta formation / cardiac epithelial to mesenchymal transition / regulation of axon extension / negative regulation of amyloid-beta formation / AMPA glutamate receptor complex / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / axonal growth cone / synaptic membrane / amyloid-beta binding / perikaryon / positive regulation of apoptotic process / axon / negative regulation of gene expression / neuronal cell body / positive regulation of gene expression / glutamatergic synapse / endoplasmic reticulum / extracellular space / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Noelin domain / Neurogenesis glycoprotein / : / Olfactomedin-like domain / Olfactomedin-like domain / Olfactomedin-like domain profile. / Olfactomedin-like domains / Quinoprotein amine dehydrogenase, beta chain-like / Endoplasmic reticulum targeting sequence.
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / CACODYLATE ION / Noelin
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Pronker, M.F. / van den Hoek, H.G. / Janssen, B.J.C.
資金援助 オランダ, 1件
組織認可番号国
Netherlands Organisation for Scientific Research723.012.002 オランダ
引用ジャーナル: BMC Mol Cell Biol / 年: 2019
タイトル: Design and structural characterisation of olfactomedin-1 variants as tools for functional studies.
著者: Pronker, M.F. / van den Hoek, H. / Janssen, B.J.C.
履歴
登録2019年2月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年11月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _citation.country / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Noelin
B: Noelin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,75118
ポリマ－63,5412
非ポリマー2,21016
水1,78399
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization, as confirmed by non-reducing SDS-PAGE
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4060 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area23390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)160.705, 46.971, 104.952
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 117.435, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 10分子 AB

#1: タンパク質 Noelin / Neuronal olfactomedin-related ER localized protein / Olfactomedin-1 / Pancortin


分子量: 31770.441 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Olfm1, Noe1, Noel, Noel1 / プラスミド: pUPE107.03
詳細 (発現宿主): Cystatin secretion signal and C-terminal His6-tag
細胞株 (発現宿主): HEK293 GntI-/- / 器官 (発現宿主): Kidney / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O88998
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 5種, 107分子

#3: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H3O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.99 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.08 M Mg Acetate, 30% PEG4000, 0.05 M Na Cacodylate pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→75.994 Å / Num. obs: 29117 / % possible obs: 92.2 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 34.574240918 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.072 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 1.891→2.101 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.751 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 1457 / CC1/2: 0.551 / Rpim(I) all: 0.479 / Rrim(I) all: 0.893 / % possible all: 77.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
PHENIX1.12_2829精密化
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5AMO

5amo


解像度: 2→71.3 Å / SU ML: 0.214022057126 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34348608369 / 位相誤差: 28.6783724053
Rfactor反射数%反射
Rfree0.215627701203 1459 5.09623109434 %
Rwork0.178664702636 --
obs0.180557826647 27170 60.2576245501 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 49.0864676127 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→71.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4321 0 133 99 4553
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006544724077174582
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8523179114626243
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0638063696724671
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00414724978879794
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.66035694891629
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0001-2.07150.272323987722270.263594669874627X-RAY DIFFRACTION13.9356488387
2.0715-2.15450.371946703554530.27094397272888X-RAY DIFFRACTION19.9491202035
2.1545-2.25250.278226155618740.2641568911251190X-RAY DIFFRACTION26.7117497887
2.2525-2.37130.304686349063660.2717076694791514X-RAY DIFFRACTION33.6027222459
2.3713-2.51990.2836299877611070.2766915970742035X-RAY DIFFRACTION45.4970263381
2.5199-2.71450.3017279007271650.2680019703773083X-RAY DIFFRACTION68.9303904924
2.7145-2.98760.2632113412792270.233971756844291X-RAY DIFFRACTION94.7567114094
2.9876-3.41990.2301712334322340.1920240965564478X-RAY DIFFRACTION99.2626922267
3.4199-4.30870.1732552269352670.1476137131424455X-RAY DIFFRACTION98.662766402
4.3087-71.36090.1937768388642390.1384008643814609X-RAY DIFFRACTION98.4365482234
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8265893789940.4327943036070.2073120014910.212746328926-0.1237959881822.319253109730.449709575714-0.697572300858-0.2817723526540.202089253649-0.233353624567-0.270089139768-0.04379277952410.691146984591-0.2104496272990.356377227505-0.167638513677-0.0005110979089860.5129357465920.008866480936140.55282352224951.534379717811.262113373971.9864801153
22.711369694412.93927562105-0.4957033849444.025011096671.580098959325.149979583860.376656279935-1.27745261655-0.6587083121930.667913846202-0.210588228011-0.5780048431540.287307911989-0.0181530867682-0.1287432058050.398916299872-0.175858969067-0.08563466509110.6654371488690.08758284278380.31327304852540.3758490649.0175421570281.8477756595
33.10923147431-1.19814500101-0.3140417522144.457808954262.089867456984.374994880720.195531587586-1.26883001504-0.7431093639181.251791087640.1155507227510.0720834541584-0.0988410453804-0.470949819071-0.1451907286880.47909664277-0.2392575117040.01557193890240.87853033573-0.0951858317877-0.036811966647233.700744293313.299983697183.813045735
42.297121525760.6035735349921.685653419342.60265644715-0.220311900384.000476195450.35288902026-1.819146173360.8567025005880.7242631188060.005115670169330.357006133901-1.082245479810.0330600670520.9025066920220.452207649001-0.2625776064630.07047176522990.816630790717-0.3127169289540.18933059393438.406768644522.789002939181.9383204809
52.26238115071-0.108755518810.3707174980421.458803266220.7731860930623.568992965620.077710675434-0.5069732023481.00175967335-0.04975199504-0.1443433149260.0939864525145-1.05980690359-0.03979834718320.2015061668350.537468598741-0.1063964057940.0926767713980.306703551946-0.1221964131430.45086837776138.154329143226.381123903769.964038939
66.19330806315-0.737670861477-0.2030801997853.716366561150.3275362800983.471330598270.1941511532950.5328387785510.421787141811-0.142659473236-0.0849504393652-0.221503722349-0.6278273552280.312815096955-0.0308124778160.32617183108-0.08091012240570.0326604294150.2517803206090.02463278539160.18872079700243.348533603920.531943744159.0210688396
73.867926026540.928558605637-0.2673299956813.28162832621-0.5866313444154.384250099030.175559805189-0.1069045396-0.9801434676050.0277852004412-0.292786537799-0.5411765995580.1205120336860.4895877637410.07694337284760.247600803006-0.0489933682893-0.059698064770.245344356097-0.01831116953560.37600323328643.93250985027.1879467923566.070229217
85.506872427590.7698693266021.780344668351.626393341220.1784613618913.507874843780.299481139397-0.722864773127-0.3045120742170.0823310567279-0.256908632887-0.04942633586410.08784388673140.06141336142430.05537142799940.301012589122-0.158279433387-0.006509940736790.3218031816130.0460731236860.33371812065391.404224284324.090365337468.4599440027
93.78390127981-0.5362972283511.036555935383.829888414020.7594139482214.519612671960.181672310470.142001750483-0.313154959432-0.140696339413-0.17770158744-0.4015662104060.1135814412030.1938756290860.0558691517020.273920185187-0.127064357608-0.05007981951930.171344626490.04005452488840.3848757139884.096384839417.366052091854.3748523904
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 212 through 246 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 247 through 285 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 286 through 303 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 304 through 328 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 329 through 388 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 389 through 437 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 438 through 478 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 212 through 345 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 346 through 437 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 438 through 477 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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