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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6qlw | ||||||
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タイトル | Cathepsin-K in complex with MIV-710 | ||||||
要素 | Cathepsin K | ||||||
キーワード | HYDROLASE / inhibitor complex / lysosomal cysteine proteinase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cathepsin K / mononuclear cell differentiation / intramembranous ossification / negative regulation of cartilage development / cellular response to zinc ion starvation / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of keratinocytes / thyroid hormone generation / endolysosome lumen / Trafficking and processing of endosomal TLR / proteoglycan binding ...cathepsin K / mononuclear cell differentiation / intramembranous ossification / negative regulation of cartilage development / cellular response to zinc ion starvation / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of keratinocytes / thyroid hormone generation / endolysosome lumen / Trafficking and processing of endosomal TLR / proteoglycan binding / Activation of Matrix Metalloproteinases / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / mitophagy / fibronectin binding / Collagen degradation / collagen catabolic process / extracellular matrix disassembly / cysteine-type peptidase activity / bone resorption / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / collagen binding / MHC class II antigen presentation / Degradation of the extracellular matrix / lysosomal lumen / proteolysis involved in protein catabolic process / positive regulation of apoptotic signaling pathway / response to insulin / response to organic cyclic compound / cellular response to tumor necrosis factor / response to ethanol / lysosome / immune response / apical plasma membrane / external side of plasma membrane / cysteine-type endopeptidase activity / intracellular membrane-bounded organelle / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / extracellular region / nucleoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Derbyshire, D.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Successful development of 3-oxohexahydrofuropyrrole amino acid amides as inhibitors of Cathepsin-K. 著者: Derbyshire, D.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6qlw.cif.gz | 369.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6qlw.ent.gz | 315.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6qlw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6qlw_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6qlw_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6qlw_validation.xml.gz | 43.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6qlw_validation.cif.gz | 63.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ql/6qlw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ql/6qlw | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23680.674 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CTSK, CTSO, CTSO2 / プラスミド: pET16b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P43235, cathepsin K #2: 化合物 | ChemComp-J5T / ~{ #3: 化合物 | ChemComp-CL / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.68 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1 詳細: 25mM ADA pH6.1, 250mM sodium nitrate and 20% PEG 5k.mme PH範囲: 6.0 - 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.0723 Å | ||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月25日 | ||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.0723 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2→74.473 Å / Num. obs: 52114 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.98 / Rmerge(I) obs: 0.148 / Rpim(I) all: 0.091 / Rrim(I) all: 0.175 / Net I/σ(I): 7 | ||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→74.473 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 11.946 / SU ML: 0.142 / SU R Cruickshank DPI: 0.2385 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.239 / ESU R Free: 0.183 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 58.24 Å2 / Biso mean: 21.152 Å2 / Biso min: 9.7 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2→74.473 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.052 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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