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万見
- PDB-6qkj: EgtB from Chloracidobacterium thermophilum, a type II sulfoxide s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qkj
タイトルEgtB from Chloracidobacterium thermophilum, a type II sulfoxide synthase in complex with N,N,N-trimethyl-histidine
要素Uncharacterized protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / ERGOTHIONEINE BIOSYNTHESIS / C-LECTIN / DINB / NON-HEME FE(II) ENZYME / SULFOXIDE SYNTHASE
機能・相同性
機能・相同性情報


ergothioneine biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ergothioneine biosynthesis protein EgtB / DinB-like domain / DinB superfamily / DinB/YfiT-like putative metalloenzymes / : / Sulfatase-modifying factor enzyme / Sulfatase-modifying factor enzyme 1-like domain / Sulfatase-modifying factor enzyme superfamily / C-type lectin fold
類似検索 - ドメイン・相同性
N,N,N-trimethyl-histidine / : / IMIDAZOLE / Ergothioneine biosynthesis protein EgtB
類似検索 - 構成要素
生物種Chloracidobacterium thermophilum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Stampfli, A.R. / Badri, B.N. / Schirmer, T. / Seebeck, F.P.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
European Research CouncilERC-2013- StG 336559 スイス
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2019
タイトル: An Alternative Active Site Architecture for O2Activation in the Ergothioneine Biosynthetic EgtB from Chloracidobacterium thermophilum.
著者: Stampfli, A.R. / Goncharenko, K.V. / Meury, M. / Dubey, B.N. / Schirmer, T. / Seebeck, F.P.
履歴
登録2019年1月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,78114
ポリマ－98,8812
非ポリマー90012
水4,954275
1
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein
ヘテロ分子

A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)199,56228
ポリマ－197,7624
非ポリマー1,80024
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-1/21
Buried area12930 Å2
ΔGint-261 kcal/mol
Surface area62130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.143, 201.288, 108.332
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: MET / End label comp-ID: MET / Refine code: _ / Auth seq-ID: 17 - 433 / Label seq-ID: 20 - 436

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 49440.457 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chloracidobacterium thermophilum (strain B) (バクテリア)
遺伝子: Cabther_A1318 / プラスミド: pET19 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: G2LET6

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非ポリマー , 5種, 287分子

#2: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-AVJ / N,N,N-trimethyl-histidine / Hercynine


分子量: 198.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O2
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE


分子量: 69.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 275 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.79 %
結晶化温度: 303.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.09 M NPS (0.3M Sodium nitrate, 0.3 Sodium phosphate dibasic, 0.3M Ammonium sulfate), 0.1 Buffer system 1 (0.1 M Buffer system 1 Imidazole: MES monohydrate (acid)), pH 6.5, 50 % precipitant ...詳細: 0.09 M NPS (0.3M Sodium nitrate, 0.3 Sodium phosphate dibasic, 0.3M Ammonium sulfate), 0.1 Buffer system 1 (0.1 M Buffer system 1 Imidazole: MES monohydrate (acid)), pH 6.5, 50 % precipitant mix 2 (40% v/v Ethylene glycol: 20 % w/v PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→29.68 Å / Num. obs: 60190 / % possible obs: 99.92 % / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 31.24 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.2683 / Rpim(I) all: 0.07704 / Rrim(I) all: 0.2793 / Net I/σ(I): 11.23
反射 シェル解像度: 2.2→2.279 Å / 冗長度: 11.5 % / Rmerge(I) obs: 2.007 / Mean I/σ(I) obs: 1.46 / Num. unique obs: 5960 / CC1/2: 0.571 / Rpim(I) all: 0.6147 / Rrim(I) all: 2.1 / % possible all: 99.92

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation7.55 Å94.92 Å
Translation7.55 Å94.92 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0232精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→29.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 13.588 / SU ML: 0.143 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.213 / ESU R Free: 0.186
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2375 2927 4.9 %RANDOM
Rwork0.1946 ---
obs0.1966 57265 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 120.79 Å2 / Biso mean: 33.445 Å2 / Biso min: 19.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.21 Å20 Å20 Å2
2---0.27 Å20 Å2
3----0.94 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→29.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6634 0 46 275 6955
Biso mean--32.97 30.93 -
残基数----824
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0136954
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0176125
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6251.6579516
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3921.57514113
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3815832
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg25.63619.831414
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.04515969
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6931569
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2840
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.027995
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021730
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 14033 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.05 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.321 209 -
Rwork0.311 4186 -
all-4395 -
obs--99.86 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.01920.02070.05220.11620.03310.24930.00010.01290.00470.02270.0059-0.00480.020.0325-0.0060.00990.0034-0.00620.03030.00290.00628.72720.9412-9.8416
20.1177-0.00980.10950.1882-0.11780.2066-0.0164-0.01030.02310.0494-0.0129-0.0072-0.0367-0.01890.02930.0182-0.0031-0.00930.0095-0.00650.0164.08967.1312-8.5327
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A7 - 434
2X-RAY DIFFRACTION2B17 - 434

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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