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- PDB-6qkb: Crystal structure of the beta-hydroxyaspartate aldolase of Paraco... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qkb
タイトルCrystal structure of the beta-hydroxyaspartate aldolase of Paracoccus denitrificans
要素D-3-hydroxyaspartate aldolase
キーワードLYASE / beta-hydroxyaspartate aldolase
機能・相同性
機能・相同性情報


3-hydroxy-D-aspartate aldolase / glycolate catabolic process / oxo-acid-lyase activity / glyoxylate catabolic process / pyridoxal phosphate binding / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
D-serine dehydratase-like domain / D-serine dehydratase-like domain / D-serine dehydratase-like domain superfamily / Putative serine dehydratase domain / Putative serine dehydratase domain / Alanine racemase, N-terminal / Alanine racemase, N-terminal domain / Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 / Alanine racemase / PLP-binding barrel ...D-serine dehydratase-like domain / D-serine dehydratase-like domain / D-serine dehydratase-like domain superfamily / Putative serine dehydratase domain / Putative serine dehydratase domain / Alanine racemase, N-terminal / Alanine racemase, N-terminal domain / Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 / Alanine racemase / PLP-binding barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / 3-hydroxy-D-aspartate aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Paracoccus denitrificans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.701 Å
データ登録者Zarzycki, J. / Schada von Borzyskowski, L. / Gilardet, A. / Erb, T.J.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research FoundationSFB987 ドイツ
European UnionFET686330 ドイツ
引用ジャーナル: Nature / 年: 2019
タイトル: Marine Proteobacteria metabolize glycolate via the beta-hydroxyaspartate cycle.
著者: Schada von Borzyskowski, L. / Severi, F. / Kruger, K. / Hermann, L. / Gilardet, A. / Sippel, F. / Pommerenke, B. / Claus, P. / Cortina, N.S. / Glatter, T. / Zauner, S. / Zarzycki, J. / Fuchs, ...著者: Schada von Borzyskowski, L. / Severi, F. / Kruger, K. / Hermann, L. / Gilardet, A. / Sippel, F. / Pommerenke, B. / Claus, P. / Cortina, N.S. / Glatter, T. / Zauner, S. / Zarzycki, J. / Fuchs, B.M. / Bremer, E. / Maier, U.G. / Amann, R.I. / Erb, T.J.
履歴
登録2019年1月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.22019年11月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32019年12月4日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-3-hydroxyaspartate aldolase
B: D-3-hydroxyaspartate aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,2256
ポリマ－83,6822
非ポリマー5434
水14,808822
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6620 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area25670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.598, 75.247, 157.310
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 D-3-hydroxyaspartate aldolase / beta-hydroxyaspartate aldolase


分子量: 41841.145 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paracoccus denitrificans (バクテリア)
遺伝子: Pden_3919 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): AI
参照: UniProt: A1B8Z1, 付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Cリアーゼ; オキソ酸の付加脱離
#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 822 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.7 % / 解説: thick plate
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: The protein (10 mg/mL) in buffer (25 mM Tris/HCl pH 8.0, 100 mM NaCl, 1 mM MgCl2, 0.01 mM PLP, 0.1 mM DTT) was mixed in a 1:1 ratio with crystallization condition (0.2 M ammonium chloride pH ...詳細: The protein (10 mg/mL) in buffer (25 mM Tris/HCl pH 8.0, 100 mM NaCl, 1 mM MgCl2, 0.01 mM PLP, 0.1 mM DTT) was mixed in a 1:1 ratio with crystallization condition (0.2 M ammonium chloride pH 6.3, 20% w/v polyethylene glycol 3,350).

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.701→29.027 Å / Num. obs: 87281 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.997 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.145 / Rsym value: 0.134 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.701-1.796.50.8581.9124770.7080.3580.93199
5.38-29.0276.10.04527.730010.9990.020.0599.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.14_3260精密化
XDSデータ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4V15

4v15


解像度: 1.701→29.027 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.01 / 位相誤差: 16.81
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1765 1998 2.29 %
Rwork0.1576 --
obs0.158 87194 99.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 75.41 Å2 / Biso mean: 18.8706 Å2 / Biso min: 7.69 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.701→29.027 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5809 0 32 822 6663
Biso mean--23.76 31.58 -
残基数----767
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7013-1.74380.24831390.23365909604898
1.7438-1.7910.26291410.21375995613699
1.791-1.84360.231400.198960086148100
1.8436-1.90310.20421420.188660186160100
1.9031-1.97110.20691420.173360386180100
1.9711-2.05010.17941410.161860456186100
2.0501-2.14330.17561410.153160456186100
2.1433-2.25630.19671420.154760436185100
2.2563-2.39760.15521420.157360996241100
2.3976-2.58260.21771440.150661086252100
2.5826-2.84230.16821430.155460956238100
2.8423-3.25310.15541440.149261546298100
3.2531-4.09670.15061460.13761976343100
4.0967-29.03110.15361510.147364426593100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 17.0683 Å / Origin y: 49.7931 Å / Origin z: 57.7976 Å
111213212223313233
T0.0982 Å20.002 Å2-0.0004 Å2-0.1079 Å2-0.0029 Å2--0.0852 Å2
L0.2194 °2-0.0598 °20.0052 °2-0.3203 °2-0.0121 °2--0.1277 °2
S0.0022 Å °0 Å °-0.006 Å °0.0306 Å °0.0043 Å °-0.0024 Å °0.0063 Å °0.0035 Å °-0.0068 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1ALLA4 - 387
2X-RAY DIFFRACTION1ALLA401 - 879
3X-RAY DIFFRACTION1ALLB5 - 387
4X-RAY DIFFRACTION1ALLB401 - 943

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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