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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6qja | |||||||||
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タイトル | Organizational principles of the NuMA-Dynein interaction interface and implications for mitotic spindle functions | |||||||||
要素 | Nuclear mitotic apparatus protein 1 | |||||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN / hook domain / motor protein-associated | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 anastral spindle assembly / positive regulation of protein localization to spindle pole body / positive regulation of mitotic spindle elongation / cytoplasmic microtubule bundle / positive regulation of chromosome separation / microtubule minus-end / positive regulation of chromosome segregation / cortical microtubule / Mitotic Prophase / microtubule bundle ...anastral spindle assembly / positive regulation of protein localization to spindle pole body / positive regulation of mitotic spindle elongation / cytoplasmic microtubule bundle / positive regulation of chromosome separation / microtubule minus-end / positive regulation of chromosome segregation / cortical microtubule / Mitotic Prophase / microtubule bundle / lateral cell cortex / cell cortex region / mitotic spindle astral microtubule / microtubule minus-end binding / positive regulation of intracellular transport / regulation of metaphase plate congression / mitotic spindle midzone / positive regulation of hair follicle development / astral microtubule organization / positive regulation of spindle assembly / microtubule plus-end / microtubule plus-end binding / positive regulation of keratinocyte differentiation / positive regulation of BMP signaling pathway / spindle pole centrosome / microtubule bundle formation / dynein complex binding / nucleus organization / mitotic spindle pole / establishment of mitotic spindle orientation / lateral plasma membrane / positive regulation of protein localization to cell cortex / regulation of mitotic spindle organization / positive regulation of microtubule polymerization / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / tubulin binding / phosphatidylinositol binding / meiotic cell cycle / spindle microtubule / mitotic spindle / spindle pole / nuclear matrix / spindle / disordered domain specific binding / chromosome / cell cortex / microtubule binding / protein domain specific binding / cell division / centrosome / neuronal cell body / dendrite / protein-containing complex binding / structural molecule activity / protein-containing complex / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.54 Å | |||||||||
データ登録者 | Renna, C. / Rizzelli, F. / Carminati, M. / Gaddoni, C. / Pirovano, L. / Cecatiello, V. / Pasqualato, S. / Mapelli, M. | |||||||||
資金援助 | イタリア, 2件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2020 タイトル: Organizational Principles of the NuMA-Dynein Interaction Interface and Implications for Mitotic Spindle Functions. 著者: Renna, C. / Rizzelli, F. / Carminati, M. / Gaddoni, C. / Pirovano, L. / Cecatiello, V. / Pasqualato, S. / Mapelli, M. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6qja.cif.gz | 271.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6qja.ent.gz | 220.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6qja.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qj/6qja ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qj/6qja | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Refine code: _
NCSアンサンブル:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17810.469 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUMA1, NMP22, NUMA / プラスミド: pETM14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14980 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-MG / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.99 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Bis-Tris Propane, 0.2 M Magnesium Chloride, 28 % PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.54→67.91 Å / Num. obs: 104874 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Rpim(I) all: 0.015 / Rrim(I) all: 0.039 / Net I/σ(I): 22.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.54→1.57 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / CC1/2: 0.539 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.54→67.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 6.706 / SU ML: 0.096 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.084 / ESU R Free: 0.077 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 224.22 Å2 / Biso mean: 39.247 Å2 / Biso min: 16.13 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.54→67.9 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.54→1.58 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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