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- PDB-6qh8: Structure of knotted YibK from P. aeruginosa -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qh8
タイトルStructure of knotted YibK from P. aeruginosa
要素tRNA (cytidine(34)-2'-O)-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / methyltransferase / topological knot / cyclized protein
機能・相同性
機能・相同性情報


wobble position cytosine ribose methylation / wobble position uridine ribose methylation / : / tRNA (cytidine(34)-2'-O)-methyltransferase activity / tRNA (5-carboxymethylaminomethyluridine(34)-2'-O)-methyltransferase activity / tRNA (cytidine34-2'-O)-methyltransferase / tRNA methylation / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
tRNA (cytidine/uridine-2'-O-)-methyltransferase / tRNA/rRNA methyltransferase, SpoU type / SpoU rRNA Methylase family / SPOUT methyltransferase, trefoil knot domain / Alpha/beta knot / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, N-terminal / Alpha/beta knot methyltransferases / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / tRNA (cytidine(34)-2'-O)-methyltransferase / tRNA (cytidine(34)-2'-O)-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Mikula, K.M. / Tascon, I. / Iwai, H.
資金援助 フィンランド, 2件
組織認可番号国
Sigrid Juselius Foundation フィンランド
Academy of Finland131413, 137995, 277335 フィンランド
引用ジャーナル: Front Chem / 年: 2021
タイトル: Tying up the Loose Ends: A Mathematically Knotted Protein.
著者: Hsu, S.D. / Lee, Y.C. / Mikula, K.M. / Backlund, S.M. / Tascon, I. / Goldman, A. / Iwai, H.
履歴
登録2019年1月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA (cytidine(34)-2'-O)-methyltransferase
B: tRNA (cytidine(34)-2'-O)-methyltransferase
C: tRNA (cytidine(34)-2'-O)-methyltransferase
D: tRNA (cytidine(34)-2'-O)-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,57023
ポリマ－72,7154
非ポリマー1,85519
水2,954164
1
A: tRNA (cytidine(34)-2'-O)-methyltransferase
C: tRNA (cytidine(34)-2'-O)-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,31812
ポリマ－36,3582
非ポリマー96110
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5000 Å2
ΔGint-149 kcal/mol
Surface area14490 Å2
手法PISA
2
B: tRNA (cytidine(34)-2'-O)-methyltransferase
D: tRNA (cytidine(34)-2'-O)-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,25211
ポリマ－36,3582
非ポリマー8959
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4570 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area14480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.932, 85.726, 167.146
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
tRNA (cytidine(34)-2'-O)-methyltransferase / tRNA (cytidine/uridine-2'-O-)-methyltransferase TrmL


分子量: 18178.750 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
遺伝子: trmL, C0043_37455, C0044_37955, C0046_35255, C8257_31370, CW299_37860, DN070_18550, PAMH19_2880
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A071LCY6, UniProt: Q9HU57*PLUS, tRNA (cytidine34-2'-O)-methyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.97 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.3 M ammonium sulfate, 0.1 M MES buffer (pH 6.0), 25% polyethylene glycol monomethyl ether (PEG MME) 5000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→28.17 Å / Num. obs: 36646 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 13.1 % / Rrim(I) all: 0.134 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル解像度: 2.2→2.33 Å / 冗長度: 12.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.24 / Num. unique obs: 5693 / % possible all: 97.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1mxi

1mxi


解像度: 2.2→28.167 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.5
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2358 1856 5.07 %RANDOM
Rwork0.1851 ---
obs0.1877 36635 99.53 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→28.167 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4936 0 101 164 5201
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.025134
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.586942
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.7033040
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061722
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011912
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1959-2.25520.42041320.36852531X-RAY DIFFRACTION95
2.2552-2.32160.28021290.25882664X-RAY DIFFRACTION100
2.3216-2.39650.25841450.20032615X-RAY DIFFRACTION100
2.3965-2.48210.25751410.18482635X-RAY DIFFRACTION100
2.4821-2.58140.23651300.18082689X-RAY DIFFRACTION100
2.5814-2.69880.26831120.1862665X-RAY DIFFRACTION100
2.6988-2.84090.24491420.19762659X-RAY DIFFRACTION100
2.8409-3.01870.27371580.19482655X-RAY DIFFRACTION100
3.0187-3.25150.26051550.19262673X-RAY DIFFRACTION100
3.2515-3.57810.22341590.18122664X-RAY DIFFRACTION100
3.5781-4.09450.23141480.16252721X-RAY DIFFRACTION100
4.0945-5.15350.19651570.14962720X-RAY DIFFRACTION100
5.1535-28.1690.21281480.19112888X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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