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- PDB-6qgm: VirX1 apo structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qgm
タイトルVirX1 apo structure
要素VirX1
キーワードHYDROLASE / Iodinase / viral halogenase / FDH
機能・相同性Flavin-dependent tryptophan halogenase / Flavin-dependent halogenase / Tryptophan halogenase / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Cyanophage Syn10 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Gkotsi, D.S. / Ludewig, H. / Sharma, S.V. / Unsworth, W.P. / Taylor, R.J.K. / McLachlan, M.M.W. / Shanahan, S. / Naismith, J.H. / Goss, R.J.M.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号
European Research Council614779 英国
引用ジャーナル: Nat.Chem. / : 2019
タイトル: A marine viral halogenase that iodinates diverse substrates.
著者: Gkotsi, D.S. / Ludewig, H. / Sharma, S.V. / Connolly, J.A. / Dhaliwal, J. / Wang, Y. / Unsworth, W.P. / Taylor, R.J.K. / McLachlan, M.M.W. / Shanahan, S. / Naismith, J.H. / Goss, R.J.M.
履歴
登録2019年1月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
a: VirX1
b: VirX1
c: VirX1
d: VirX1
e: VirX1
f: VirX1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)367,8396
ポリマ-367,8396
非ポリマー00
86548
1
a: VirX1
b: VirX1
c: VirX1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,9203
ポリマ-183,9203
非ポリマー00
543
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10490 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area59170 Å2
手法PISA
2
d: VirX1
e: VirX1
f: VirX1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,9203
ポリマ-183,9203
非ポリマー00
543
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10330 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area59140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.133, 172.979, 110.425
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.890, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11a
21b
12a
22c
13a
23d
14a
24e
15a
25f
16b
26c
17b
27d
18b
28e
19b
29f
110c
210d
111c
211e
112c
212f
113d
213e
114d
214f
115e
215f

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11VALVALGLYGLYaA5 - 5312 - 528
21VALVALGLYGLYbB5 - 5312 - 528
12VALVALILEILEaA5 - 5292 - 526
22VALVALILEILEcC5 - 5292 - 526
13VALVALSERSERaA5 - 5322 - 529
23VALVALSERSERdD5 - 5322 - 529
14LYSLYSTYRTYRaA6 - 5303 - 527
24LYSLYSTYRTYReE6 - 5303 - 527
15LYSLYSGLYGLYaA6 - 5313 - 528
25LYSLYSGLYGLYfF6 - 5313 - 528
16VALVALILEILEbB5 - 5292 - 526
26VALVALILEILEcC5 - 5292 - 526
17VALVALGLYGLYbB5 - 5312 - 528
27VALVALGLYGLYdD5 - 5312 - 528
18LYSLYSTYRTYRbB6 - 5303 - 527
28LYSLYSTYRTYReE6 - 5303 - 527
19LYSLYSALAALAbB6 - 5333 - 530
29LYSLYSALAALAfF6 - 5333 - 530
110VALVALILEILEcC5 - 5292 - 526
210VALVALILEILEdD5 - 5292 - 526
111LYSLYSILEILEcC6 - 5293 - 526
211LYSLYSILEILEeE6 - 5293 - 526
112LYSLYSILEILEcC6 - 5293 - 526
212LYSLYSILEILEfF6 - 5293 - 526
113LYSLYSTYRTYRdD6 - 5303 - 527
213LYSLYSTYRTYReE6 - 5303 - 527
114LYSLYSGLYGLYdD6 - 5313 - 528
214LYSLYSGLYGLYfF6 - 5313 - 528
115LYSLYSTYRTYReE6 - 5303 - 527
215LYSLYSTYRTYRfF6 - 5303 - 527

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

-
要素

#1: タンパク質
VirX1


分子量: 61306.555 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cyanophage Syn10 (ファージ) / 遺伝子: CPUG_00131 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: M4SKV1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 10.43 mg/mL 0.1 M Tris HCl pH 8.5 0.2 M magnesium chloride hexahydrate 30% w/v polyethylene glycol 4,000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→172.979 Å / Num. obs: 89551 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rpim(I) all: 0.064 / Rrim(I) all: 0.119 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.753-2.83.50.58944670.6970.3670.69699.5
7.472-172.9793.30.04144700.9960.0270.04996.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0232精密化
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2WEU
解像度: 2.75→87.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.879 / SU B: 40.72 / SU ML: 0.346 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.399
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2589 4356 4.9 %RANDOM
Rwork0.2158 ---
obs0.2179 85159 99.04 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å
原子変位パラメータBiso max: 124.99 Å2 / Biso mean: 60.943 Å2 / Biso min: 22.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.74 Å20 Å22.88 Å2
2---3.46 Å20 Å2
3---1.31 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.75→87.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25640 0 0 48 25688
Biso mean---44.79 -
残基数----3145
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01326368
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01722998
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4431.64235719
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2171.57653529
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.54753133
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.05623.1271519
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.818154353
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.92515126
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.23305
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0229777
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.025893
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRms dev position (Å)
11a178660.07
12b178660.07
21a177080.07
22c177080.07
31a178730.08
32d178730.08
41a178480.07
42e178480.07
51a178040.07
52f178040.07
61b176000.08
62c176000.08
71b178770.07
72d178770.07
81b178500.07
82e178500.07
91b179430.07
92f179430.07
101c176630.07
102d176630.07
111c176590.08
112e176590.08
121c176300.08
122f176300.08
131d178840.07
132e178840.07
141d179460.07
142f179460.07
151e178140.08
152f178140.08
LS精密化 シェル解像度: 2.753→2.824 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.357 309 -
Rwork0.333 6338 -
all-6647 -
obs--99.91 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.348-0.02011.32382.01370.86355.1467-0.0284-0.2804-0.2298-0.12120.0808-0.1164-0.0409-0.0154-0.05240.0954-0.00680.04340.16680.10630.176535.314-62.301-28.289
20.5384-0.08660.01451.68650.06081.178-0.0177-0.1078-0.11240.3759-0.02070.09920.0097-0.06660.03840.14950.01140.00680.4570.09870.088344.03-45.208-3.211
30.90960.33910.35930.71380.1280.6328-0.0303-0.005-0.24-0.04630.0053-0.18010.0930.20340.0250.08150.050.05780.31160.07430.114648.656-54.791-29.741
40.5090.23370.24320.53760.1060.27370.0001-0.1587-0.06130.18070.0153-0.0388-0.0663-0.0778-0.01530.16340.04030.01980.40530.07450.036740.497-38.661-14.053
51.96452.4045-0.74515.1721-1.21431.26710.15550.08810.13610.20440.01640.0702-0.1944-0.1083-0.17190.10070.11580.06450.3752-0.00270.16-8.336-18.591-32.967
62.3003-1.30730.35762.133-0.82241.2923-0.0552-0.2689-0.15950.26120.17260.3069-0.0925-0.095-0.11740.081-0.02390.06130.29730.01640.0566-1.047-47.616-21.667
70.3115-0.0774-0.14631.3708-0.00140.43850.07430.08330.0524-0.17620.00660.1739-0.0851-0.0223-0.08090.11240.00270.01910.34620.01970.06591.145-29.475-40.862
84.7359-1.10950.70681.6922-0.43741.0707-0.0705-0.32750.0560.31750.0737-0.01630.0407-0.0257-0.00320.1132-0.04440.02960.2422-0.06080.03085.012-51.691-17.985
90.8598-0.38870.14971.1731-0.12510.3517-0.0357-0.23720.17970.1067-0.0084-0.1525-0.05390.03490.04410.293-0.00880.05090.4036-0.04960.058933.513-3.118-8.299
101.2498-0.71650.63891.7592-0.11160.56160.01510.00570.3583-0.0985-0.1072-0.2217-0.08220.04630.09210.2465-0.00820.11610.3258-0.00640.172235.2575.55-21.48
110.00030.0230.00596.82432.24130.7539-0.0141-0.00480.00550.2610.1039-0.03790.09010.0542-0.08980.30680.0234-0.02520.3094-0.01880.259629.119-0.924-19.808
120.6514-0.34750.19550.5062-0.050.1366-0.0151-0.1360.0230.2071-0.0280.09690.0337-0.09090.04310.28770.00540.10560.4326-0.04350.095519.49-10.307-14.842
132.96411.35881.19831.31450.5465.3717-0.1542-0.1442-0.1049-0.1346-0.1056-0.01540.01790.23730.25980.25790.13130.10650.35590.00070.163124.964-42.70438.986
141.9273-0.19210.06350.3916-0.13591.14890.01430.1124-0.0995-0.2415-0.0379-0.06030.11720.06110.02360.51150.02570.04280.3103-0.06560.03242.863-44.16514.481
150.81540.35930.25460.57880.21250.4326-0.02610.0314-0.2272-0.10980.0169-0.12580.20330.1160.00930.38350.04890.06880.3390.01660.087410.345-47.02137.187
161.3812-0.22360.13780.75230.18751.60730.09930.24140.0056-0.2243-0.0882-0.0051-0.11010.0482-0.01110.4279-0.03530.0580.3192-0.08120.0597-2.055-37.70212.811
174.1649-0.2585-1.8262.39960.86952.05940.01080.12730.0530.3146-0.0935-0.21290.23230.15760.08270.2566-0.0534-0.03540.18310.04920.05473.97614.63343.73
181.1698-0.474-0.14481.29310.28530.2294-0.0812-0.00840.1770.30860.0593-0.16640.06960.13150.02190.3325-0.0479-0.05750.37580.03190.060317.1743.66245.951
192.46130.0022-0.79690.16880.41061.27560.01270.14410.05730.01920.0725-0.0430.06470.1548-0.08530.2711-0.0366-0.00840.2996-0.03440.17890.3154.10741.167
200.9026-0.3776-0.08951.2427-0.05490.3234-0.13320.1869-0.1325-0.05260.0541-0.06420.08540.07640.0790.3111-0.00270.02330.45750.00980.047221.731-13.2735.429
210.37020.3892-0.08741.4868-0.67750.55510.02380.0477-0.0075-0.17060.04660.21960.2472-0.062-0.07050.274-0.0187-0.0220.332-0.04710.065-28.522-18.42819.293
220.63880.64540.11382.5510.10462.13190.1543-0.19590.45580.3188-0.32130.61050.0664-0.25960.1670.1805-0.13240.12090.4525-0.15450.3407-37.327-3.6928.6
230.1816-0.3527-0.03571.9753-0.24290.23760.12540.0084-0.00840.0211-0.17120.12950.054-0.05940.04570.3394-0.07570.05350.3879-0.06430.0535-22.271-17.70732.067
241.14481.13921.04181.71050.35521.8638-0.06880.2061-0.0576-0.12970.0134-0.1264-0.08780.25450.05540.17850.09960.00750.3585-0.0360.0218-11.9023.64415.764
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1a5 - 63
2X-RAY DIFFRACTION2a64 - 165
3X-RAY DIFFRACTION3a166 - 344
4X-RAY DIFFRACTION4a345 - 532
5X-RAY DIFFRACTION5b5 - 69
6X-RAY DIFFRACTION6b70 - 165
7X-RAY DIFFRACTION7b166 - 450
8X-RAY DIFFRACTION8b451 - 533
9X-RAY DIFFRACTION9c5 - 213
10X-RAY DIFFRACTION10c214 - 352
11X-RAY DIFFRACTION11c353 - 359
12X-RAY DIFFRACTION12c360 - 532
13X-RAY DIFFRACTION13d6 - 64
14X-RAY DIFFRACTION14d65 - 146
15X-RAY DIFFRACTION15d147 - 437
16X-RAY DIFFRACTION16d438 - 550
17X-RAY DIFFRACTION17e6 - 63
18X-RAY DIFFRACTION18e64 - 351
19X-RAY DIFFRACTION19e352 - 390
20X-RAY DIFFRACTION20e391 - 531
21X-RAY DIFFRACTION21f6 - 243
22X-RAY DIFFRACTION22f244 - 322
23X-RAY DIFFRACTION23f323 - 449
24X-RAY DIFFRACTION24f450 - 533

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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