PDB-6qga: Crystal structure of Ideonella sakaiensis MHETase bound to the no...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6qga

タイトル

Crystal structure of Ideonella sakaiensis MHETase bound to the non-hydrolyzable ligand MHETA

要素

Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase

キーワード

HYDROLASE / Plastic-degrading hydrolase / alpha/beta hydrolase fold / I. sakaiensis catalytic triad

機能・相同性

機能・相同性情報

mono(ethylene terephthalate) hydrolase / carboxylic ester hydrolase activity / : / xenobiotic catabolic process / cell outer membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Ideonella sakaiensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Palm, G.J. / Reisky, L. / Boettcher, D. / Mueller, H. / Michels, E.A.P. / Walczak, C. / Berndt, L. / Weiss, M.S. / Bornscheuer, U.T. / Weber, G.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Structure of the plastic-degrading Ideonella sakaiensis MHETase bound to a substrate.
著者: Palm, G.J. / Reisky, L. / Bottcher, D. / Muller, H. / Michels, E.A.P. / Walczak, M.C. / Berndt, L. / Weiss, M.S. / Bornscheuer, U.T. / Weber, G.

履歴

登録	2019年1月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年4月17日	Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.2	2019年4月24日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.3	2024年1月24日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / refine_hist / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_high / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb6qga.ent.gz	1 MB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6qga_validation.pdf.gz	530.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6qga_full_validation.pdf.gz	557.4 KB	表示
XML形式データ	6qga_validation.xml.gz	140.4 KB	表示
CIF形式データ	6qga_validation.cif.gz	206.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qg/6qga ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qg/6qga	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6qg9C 6qgbC 6qgcC 6g21S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6qz2-9 6qgb-2 6qz2-1 6qz4-2 6jtu-2 6qz2-10 6qg9-4 6qgb-5 6qz1-d 6qz2-3 6qgb-4 6qz2-2 6jtu-1 6qz2-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase

B: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase

C: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase

D: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase

E: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase

F: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase

ヘテロ分子

381 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
63.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase

ヘテロ分子

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63.5 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase

ヘテロ分子

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63.4 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase

ヘテロ分子

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63.1 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase

ヘテロ分子

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63.6 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
63.6 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	112.153, 183.646, 246.752
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質	Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase / MHETase 分子量: 62844.129 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Ideonella sakaiensis (バクテリア) 遺伝子: ISF6_0224 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0K8P8E7, mono(ethylene terephthalate) hydrolase

-
非ポリマー , 6種, 2672分子

#2: 化合物	ChemComp-J1K / 4-(2-hydroxyethylcarbamoyl)benzoic acid 分子量: 209.199 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₁NO₄
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2640 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.5 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.5, 30% (v/v) 2,4-MPD and 0.12 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 293388 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.5 % / B_iso Wilson estimate: 32.3 Å² / CC_1/2: 0.993 / R_rim(I) all: 0.212 / R_sym value: 0.195 / Net I/σ(I): 8.85
反射シェル	解像度: 2.1→2.22 Å / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 1.054 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 44417 / CC_1/2: 0.602 / R_rim(I) all: 1.18 / % possible all: 93.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MoRDa		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6G21

6g21

解像度: 2.1→49.107 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.37

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.198	3081	1.05 %
R_work	0.1731	-	-
obs	0.1733	293303	98.86 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→49.107 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	24746	0	226	2640	27612

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	25645
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.04	34933
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.561	15024
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	3645
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	4665

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0974-2.1302	0.3547	118	0.308	11138	X-RAY DIFFRACTION	84
2.1302-2.1651	0.3297	132	0.2824	12395	X-RAY DIFFRACTION	94
2.1651-2.2024	0.271	138	0.2701	13065	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2024-2.2425	0.2578	141	0.2493	13255	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2425-2.2856	0.2627	140	0.2317	13186	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2856-2.3323	0.2567	141	0.2319	13238	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3323-2.383	0.2615	140	0.2277	13233	X-RAY DIFFRACTION	100
2.383-2.4384	0.2749	141	0.2198	13283	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4384-2.4994	0.2278	141	0.2172	13239	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4994-2.5669	0.2404	140	0.2155	13216	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5669-2.6425	0.2297	141	0.212	13245	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6425-2.7278	0.2416	141	0.2021	13346	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7278-2.8252	0.2066	141	0.1783	13289	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8252-2.9383	0.2058	141	0.1721	13286	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9383-3.0721	0.1779	142	0.1638	13336	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0721-3.234	0.1836	141	0.16	13325	X-RAY DIFFRACTION	100
3.234-3.4366	0.1654	142	0.152	13345	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4366-3.7018	0.1926	142	0.1374	13415	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7018-4.0742	0.1473	142	0.1292	13415	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0742-4.6633	0.1544	144	0.1191	13484	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6633-5.8738	0.1422	144	0.145	13570	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8738-49.1208	0.1825	148	0.1585	13918	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8812	0.9151	0.3084	1.1391	-0.0698	0.722	-0.0481	0.0254	0.2079	-0.0368	-0.0353	0.2365	-0.1882	-0.1262	0.0667	0.2914	0.0591	-0.0447	0.2767	-0.0351	0.3117	5.2712	1.3063	-64.7117
2	1.4725	0.2261	0.4458	0.6988	0.014	0.7719	0.1237	-0.4368	-0.2063	0.2224	-0.1128	-0.0053	0.0752	-0.2213	-0.0138	0.3031	-0.0386	-0.0198	0.3773	0.0488	0.3242	11.2567	-19.6148	-45.3504
3	0.6061	-0.1683	1.108	0.6814	-0.0705	2.0555	0.0238	-0.1022	-0.0561	0.0744	-0.0392	-0.1207	-0.029	0.1111	-0.0049	0.266	-0.0073	-0.0264	0.3094	0.0396	0.3504	30.5448	-11.1397	-50.3382
4	1.6185	-0.184	0.7622	0.2871	0.03	1.3751	-0.0218	-0.2094	-0.0709	0.126	0.019	0.0668	0.0641	-0.1705	0.0187	0.2594	-0.0075	0.0232	0.2529	0.02	0.2603	-26.712	-25.8581	19.5382
5	0.7461	0.0624	0.3034	0.5	0.1947	0.8282	0.049	0.0948	-0.1178	0.0118	-0.0004	-0.031	0.1291	0.0671	-0.0482	0.2373	0.002	-0.0036	0.2361	-0.0044	0.2614	-16.846	-33.9887	-5.7761
6	2.1213	-0.2841	-0.9197	0.5252	-0.0893	1.2782	-0.0237	-0.2049	0.0501	0.144	0.0292	-0.061	-0.1309	0.1217	-0.005	0.3006	-0	-0.0119	0.2385	-0.0206	0.2741	-23.5502	6.9518	19.1949
7	1.1031	0.077	-0.2451	0.8365	-0.3173	0.832	0.0172	0.2247	0.1719	-0.0924	0.0031	-0.0277	-0.1942	-0.0633	-0.012	0.3249	0.0106	0.0249	0.2755	0.0195	0.2724	-28.8911	14.8317	-7.941
8	1.7261	-1.0588	0.4461	3.3618	-0.8613	2.245	0.0679	0.2064	0.0862	-0.1153	-0.0216	0.2644	-0.2652	-0.3083	-0.066	0.2732	0.0558	0.0267	0.3447	0.0168	0.2971	-48.6088	14.0867	0.8809
9	2.3	0.9367	-0.063	0.974	0.2326	0.84	-0.0645	0.0496	-0.1887	-0.0358	0.0369	-0.1941	0.169	0.1708	0.0044	0.2921	0.0537	0.019	0.2808	0.0302	0.2956	46.5184	13.0971	-65.0964
10	1.0269	0.0077	-0.4033	0.5221	0.0818	0.8537	0.0035	-0.2659	0.0313	0.1709	-0.0048	-0.0565	-0.0054	0.2825	0.0011	0.2964	-0.0016	-0.0398	0.3264	0.0119	0.2635	41.5517	31.3599	-42.9828
11	0.9785	0.0001	-1.5132	1.2871	-0.4045	3.3168	-0.0129	-0.0232	-0.0364	0.1488	-0.0144	0.1739	0.0873	-0.1326	0.0209	0.2574	-0.0113	-0.0176	0.2485	0.0037	0.2859	21.9158	23.7307	-48.0563
12	1.8218	-0.4175	0.7532	0.7846	-0.1807	0.7191	-0.0535	0.1109	0.1177	-0.1027	0.0339	-0.0544	-0.0791	0.0666	0.0286	0.2594	-0.0293	0.0255	0.2495	-0.0092	0.212	14.3437	-31.7306	31.3361
13	0.7957	0.0156	0.1122	0.6621	-0.0089	0.303	-0.0243	-0.0281	-0.1351	-0.0511	0.0348	0.0416	0.083	-0.0468	-0.0093	0.2652	-0.0253	0.0032	0.2621	0.0185	0.2266	4.3745	-58.3621	37.9201
14	1.1125	-0.156	-0.0782	1.062	0.1696	0.4572	-0.0516	-0.0462	-0.1621	-0.0172	0.0667	-0.046	0.1156	-0.014	-0.0125	0.2671	-0.013	0.0102	0.264	0.0243	0.2381	10.1902	-59.1863	41.0387
15	1.4795	0.753	0.1151	3.3771	1.7768	2.3015	-0.0748	0.0298	-0.074	-0.1324	0.0314	0.2981	0.0918	-0.252	0.0603	0.2431	-0.0216	-0.0317	0.2977	0.0381	0.2765	-11.0533	-50.6729	33.8303
16	2.1328	-0.6574	0.8265	1.2094	-0.2052	0.5655	-0.0726	0.1693	0.1502	-0.1641	0.0135	-0.1395	-0.1351	0.1416	0.0713	0.323	-0.0299	0.0019	0.303	-0.0092	0.2734	8.5314	-13.4537	-94.1232
17	0.9611	0.0841	0.0896	1.0588	0.2241	0.5325	-0.0845	0.047	-0.1359	-0.0869	0.0879	-0.0787	0.0684	0.0464	-0.0066	0.2871	0.0106	0.0118	0.2607	-0.0071	0.2595	0.859	-39.836	-89.1605
18	3.695	-0.8362	2.172	1.7805	2.0031	6.2524	-0.0189	-0.1483	-0.1987	-0.1528	-0.0228	0.2991	0.0829	-0.9307	0.0285	0.2996	-0.0441	-0.0164	0.2709	0.0448	0.3403	-20.9523	-37.4646	-94.0912

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 43 through 212 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 213 through 523 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 524 through 602 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 43 through 212 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 213 through 603 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resid 43 through 212 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 213 through 523 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 524 through 603 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'D' and (resid 43 through 212 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 213 through 523 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 524 through 603 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'E' and (resid 43 through 212 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'E' and (resid 213 through 333 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'E' and (resid 334 through 523 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'E' and (resid 524 through 603 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'F' and (resid 43 through 212 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'F' and (resid 213 through 560 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'F' and (resid 561 through 603 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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