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- PDB-6qfs: Chargeless variant of the Cellulose-binding domain from Cellulomo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qfs
タイトルChargeless variant of the Cellulose-binding domain from Cellulomonas fimi
要素Exoglucanase/xylanase
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / EXG / cellulose-binding / uncharged / Exoglucanase / xylanase
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulose 1,4-beta-cellobiosidase (non-reducing end) / cellulose 1,4-beta-cellobiosidase activity / polysaccharide binding / endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / xylan catabolic process / cellulose catabolic process
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #290 / Carbohydrate-binding type-2, conserved site / CBM2a (carbohydrate-binding type-2) domain signature. / Cellulose binding domain / Carbohydrate-binding type-2 domain / CBM2 (Carbohydrate-binding type-2) domain profile. / CBD_II / CBM2, carbohydrate-binding domain superfamily / Glycosyl hydrolases family 10, active site / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) active site. ...Immunoglobulin-like - #290 / Carbohydrate-binding type-2, conserved site / CBM2a (carbohydrate-binding type-2) domain signature. / Cellulose binding domain / Carbohydrate-binding type-2 domain / CBM2 (Carbohydrate-binding type-2) domain profile. / CBD_II / CBM2, carbohydrate-binding domain superfamily / Glycosyl hydrolases family 10, active site / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) active site. / Glycoside hydrolase family 10 / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) domain profile. / Glycoside hydrolase family 10 domain / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosyl hydrolase family 10 / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / Glycoside hydrolase superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-PYRIDINIUM-1-YLPROPANE-1-SULFONATE / ACETATE ION / Chem-ETE / FORMIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Exoglucanase/xylanase
類似検索 - 構成要素
生物種Cellulomonas fimi (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Young, D.R. / Hoejgaard, C. / Messens, J. / Winther, J.R.
資金援助 ベルギー, 1件
組織認可番号国
ベルギー
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2021
タイトル: Charge Interactions in a Highly Charge-depleted Protein
著者: Hervo-Hansen, S. / Hojgaard, C. / Johansson, K. / Wang, Y. / Wahni, K. / Young, D. / Messens, J. / Teilum, K. / Lindorff-Larsen, K. / Winther, J.R.
履歴
登録2019年1月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月27日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Exoglucanase/xylanase
B: Exoglucanase/xylanase
C: Exoglucanase/xylanase
D: Exoglucanase/xylanase
E: Exoglucanase/xylanase
F: Exoglucanase/xylanase
G: Exoglucanase/xylanase
H: Exoglucanase/xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,43566
ポリマ－86,2938
非ポリマー4,14258
水3,837213
1
A: Exoglucanase/xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0005
ポリマ－10,7871
非ポリマー2134
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Exoglucanase/xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2667
ポリマ－10,7871
非ポリマー4796
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Exoglucanase/xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,51714
ポリマ－10,7871
非ポリマー73113
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Exoglucanase/xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,62310
ポリマ－10,7871
非ポリマー8379
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Exoglucanase/xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,4588
ポリマ－10,7871
非ポリマー6727
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Exoglucanase/xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,3729
ポリマ－10,7871
非ポリマー5868
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Exoglucanase/xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1548
ポリマ－10,7871
非ポリマー3677
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Exoglucanase/xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0445
ポリマ－10,7871
非ポリマー2574
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)137.382, 137.382, 148.548
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11F-307-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Exoglucanase/xylanase


分子量: 10786.620 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cellulomonas fimi (バクテリア) / 遺伝子: cex, xynB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P07986, cellulose 1,4-beta-cellobiosidase (non-reducing end), endo-1,4-beta-xylanase

-
非ポリマー , 8種, 271分子

#2: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物...
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#5: 化合物
ChemComp-1PS / 3-PYRIDINIUM-1-YLPROPANE-1-SULFONATE / 1-(3-SULFOPROPYL) PYRIDINIUM / PPS


分子量: 201.243 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H11NO3S
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物 ChemComp-ETE / 2-{2-[2-2-(METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / テトラエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル


分子量: 208.252 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H20O5
#8: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 283.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.045 M ZnSO4 heptahydrate, 0.45 M MES monohydrate pH 6.5, 11.25% PEG monomethyl ether 550, 0.0275 M CdSO4 hydrate, 0.055 M HEPES pH 7.5, 0.55 M Na acetate trihydrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.95372 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→74.27 Å / Num. obs: 82435 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14.1 % / Biso Wilson estimate: 45.2 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.097 / Net I/σ(I): 16.5 / Num. measured all: 1163311
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.2-2.2413.10.9375889945000.6870.2670.9753100
11.43-74.2712.20.04581976700.9980.0130.04747.499.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.32データスケーリング
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1EXG

1exg


解像度: 2.2→63.005 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.35
Rfactor反射数%反射
Rfree0.202 4107 4.99 %
Rwork0.1769 --
obs0.1782 82385 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 139.63 Å2 / Biso mean: 65.5308 Å2 / Biso min: 14.66 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→63.005 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6061 0 271 213 6545
Biso mean--75.76 56.11 -
残基数----841
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0096632
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9859081
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062992
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071180
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.4723588
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 29 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.2-2.22590.37581380.349226902828
2.2259-2.2530.35871410.31826742815
2.253-2.28160.31011320.288326622794
2.2816-2.31160.2981480.276626492797
2.3116-2.34330.3171330.261226622795
2.3433-2.37670.23011460.244627122858
2.3767-2.41220.22291350.230126582793
2.4122-2.44990.25731460.216926672813
2.4499-2.49010.26321510.219526712822
2.4901-2.5330.26631240.20727122836
2.533-2.57910.2231520.188426772829
2.5791-2.62870.2641510.195226292780
2.6287-2.68230.20271340.18726912825
2.6823-2.74070.19941260.182127202846
2.7407-2.80440.22221240.172227042828
2.8044-2.87450.23241440.177326552799
2.8745-2.95230.24851570.180427002857
2.9523-3.03910.21741160.184226982814
3.0391-3.13720.24321880.180926452833
3.1372-3.24940.21171280.185426922820
3.2494-3.37940.20481270.175927332860
3.3794-3.53320.20261300.173427192849
3.5332-3.71950.22651900.171826802870
3.7195-3.95250.17111220.169527212843
3.9525-4.25760.15681310.146627192850
4.2576-4.6860.14721510.122827152866
4.686-5.36370.14631530.135227432896
5.3637-6.75650.15531460.163827852931
6.7565-63.03060.20181430.187928953038
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2805-0.6513-1.51012.3628-0.26581.2142-0.12230.9235-0.7296-0.3768-0.1947-0.17860.22870.05250.34470.32180.06320.13251.114-0.18370.74265.684938.837915.9538
20.66650.5111-0.07420.4382-0.16720.307-0.11520.96670.6006-0.18160.29620.3809-0.1325-0.06120.04520.202-0.1283-0.02161.18350.29560.6303-18.145156.035517.3526
32.87260.3542-1.57793.4158-1.04333.8440.2938-0.2390.31320.6655-0.19450.0324-0.51890.4165-0.12640.4085-0.10910.06740.55330.07770.616-12.186559.460347.1672
42.14690.961-1.21411.4103-0.04880.97220.13050.53280.54840.0278-0.2246-0.2767-0.06650.3853-0.41950.2683-0.0603-0.03350.85770.31080.678212.077464.884431.1998
53.34140.3094-0.851.25260.07050.24290.0272-0.2268-0.55730.2566-0.2075-0.22920.11930.39420.08370.33580.03680.0150.98220.31810.774127.055249.23839.6944
62.50190.0087-0.29942.1294-0.58862.0967-0.02760.831-0.3203-0.24410.00510.30990.2358-0.23760.00660.3363-0.06750.00090.76760.01780.6379-33.14941.854227.9732
72.9174-0.4784-0.34010.31660.34570.3762-0.0591-0.9118-0.86480.2287-0.2735-0.12520.18390.42040.24750.4356-0.00130.01890.88080.35730.72412.769842.529354.458
84.5156-1.3063-1.07591.74620.36922.0450.00380.4708-0.9938-0.3329-0.0707-0.41030.39490.28470.08730.5290.05930.10590.6676-0.13750.9764-8.481925.595728.9907
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 3 through 106)A3 - 106
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 1 through 106)B1 - 106
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 3 through 106)C3 - 106
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 1 through 106)D1 - 106
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'E' and resid 3 through 106)E3 - 106
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'F' and resid 2 through 106)F2 - 106
7X-RAY DIFFRACTION7(chain 'G' and resid 1 through 106)G1 - 106
8X-RAY DIFFRACTION8(chain 'H' and resid 1 through 106)H1 - 106

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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