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万見
- PDB-6qf9: Structure of an anti-Mcl1 scFv -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qf9
タイトルStructure of an anti-Mcl1 scFv
要素scFv
キーワードAPOPTOSIS / Mcl1 / scFv
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.43 Å
データ登録者Luptak, J.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Antibody fragments structurally enable a drug-discovery campaign on the cancer target Mcl-1.
著者: Luptak, J. / Bista, M. / Fisher, D. / Flavell, L. / Gao, N. / Wickson, K. / Kazmirski, S.L. / Howard, T. / Rawlins, P.B. / Hargreaves, D.
履歴
登録2019年1月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: scFv
B: scFv


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,8582
ポリマ－52,8582
非ポリマー00
水11,818656
1
A: scFv


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4291
ポリマ－26,4291
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: scFv


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4291
ポリマ－26,4291
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.165, 62.749, 70.557
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.52, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 scFv


分子量: 26428.959 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 656 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG4k, 10% 2-propanol, 0.1M HEPES, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.244→62.749 Å / Num. obs: 97755 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 18.23 Å2 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 1.244→1.266 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
BUSTER2.11.7精密化
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.43→52.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU R Cruickshank DPI: 0.067 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.072 / SU Rfree Blow DPI: 0.074 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.07
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.216 4051 4.88 %RANDOM
Rwork0.185 ---
obs0.186 82985 99.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 21.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.5018 Å20 Å20.081 Å2
2---3.4397 Å20 Å2
3---0.938 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.43→52.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3565 0 0 656 4221
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013691HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.055032HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1216SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes639HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3691HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.18
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.52
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion479SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4538SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.43→1.44 Å / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2967 -5.48 %
Rwork0.2309 1569 -
all0.2347 1660 -
obs--99.24 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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