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万見
- PDB-6qf7: Crystal structures of the recombinant beta-Factor XIIa protease w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qf7
タイトルCrystal structures of the recombinant beta-Factor XIIa protease with bound Thr-Arg and Pro-Arg substrate mimetics
要素
  • Coagulation factor XII
  • Maltodextrin-binding protein
キーワードBLOOD CLOTTING / coagulation factor XII / serine protease / crystal structure / inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


coagulation factor XIIa / plasma kallikrein-kinin cascade / Factor XII activation / Defective SERPING1 causes hereditary angioedema / response to misfolded protein / positive regulation of plasminogen activation / blood coagulation, intrinsic pathway / positive regulation of fibrinolysis / misfolded protein binding / zymogen activation ...coagulation factor XIIa / plasma kallikrein-kinin cascade / Factor XII activation / Defective SERPING1 causes hereditary angioedema / response to misfolded protein / positive regulation of plasminogen activation / blood coagulation, intrinsic pathway / positive regulation of fibrinolysis / misfolded protein binding / zymogen activation / Defective factor XII causes hereditary angioedema / protein autoprocessing / carbohydrate transmembrane transporter activity / positive regulation of blood coagulation / rough endoplasmic reticulum / fibrinolysis / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / protein processing / blood coagulation / outer membrane-bounded periplasmic space / collagen-containing extracellular matrix / serine-type endopeptidase activity / innate immune response / calcium ion binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Coagulation factor XII/hepatocyte growth factor activator / Fibronectin type I domain / Fibronectin, type I / Fibronectin type-I domain signature. / Fibronectin type-I domain profile. / Fibronectin type 1 domain / Fibronectin type II domain / Fibronectin type II domain superfamily / Fibronectin type II domain / Fibronectin type-II collagen-binding domain signature. ...Coagulation factor XII/hepatocyte growth factor activator / Fibronectin type I domain / Fibronectin, type I / Fibronectin type-I domain signature. / Fibronectin type-I domain profile. / Fibronectin type 1 domain / Fibronectin type II domain / Fibronectin type II domain superfamily / Fibronectin type II domain / Fibronectin type-II collagen-binding domain signature. / Fibronectin type-II collagen-binding domain profile. / Fibronectin type 2 domain / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / EGF-like domain / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Bacterial extracellular solute-binding protein / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / Bacterial extracellular solute-binding protein / Epidermal growth factor-like domain. / Kringle-like fold / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D-Phe-Pro-Arg-CH2Cl / alpha-maltose / Chem-0G6 / Maltodextrin-binding protein / Coagulation factor XII
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4 Å
データ登録者Pathak, M. / Mannal, R. / Li, C. / Bubacarr, G.K. / Badraldin, K.H. / Belviso, B.D. / Camila, R.B. / Dreveny, I. / Fischer, P.M. / Dekker, L.V. ...Pathak, M. / Mannal, R. / Li, C. / Bubacarr, G.K. / Badraldin, K.H. / Belviso, B.D. / Camila, R.B. / Dreveny, I. / Fischer, P.M. / Dekker, L.V. / Oliva, M.L.V. / Emsley, J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
British Heart FoundationRG/12/9/29775 英国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Crystal structures of the recombinant beta-factor XIIa protease with bound Thr-Arg and Pro-Arg substrate mimetics.
著者: Pathak, M. / Manna, R. / Li, C. / Kaira, B.G. / Hamad, B.K. / Belviso, B.D. / Bonturi, C.R. / Dreveny, I. / Fischer, P.M. / Dekker, L.V. / Oliva, M.L.V. / Emsley, J.
履歴
登録2019年1月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月26日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年7月31日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: pdbx_molecule_features
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _database_PDB_caveat.text / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _pdbx_validate_chiral.details / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Maltodextrin-binding protein
B: Coagulation factor XII
C: Maltodextrin-binding protein
D: Coagulation factor XII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,71110
ポリマ－135,4734
非ポリマー2,2386
水00
1
A: Maltodextrin-binding protein
B: Coagulation factor XII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,7545
ポリマ－67,7362
非ポリマー1,0173
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Maltodextrin-binding protein
D: Coagulation factor XII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,9575
ポリマ－67,7362
非ポリマー1,2213
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)131.450, 131.450, 238.350
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11D
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111D339 - 711
2111B339 - 711

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.341905, 0.939444, -0.023348), (0.938833, -0.34256, -0.035295), (-0.041156, -0.009852, -0.999104)-54.94065, 98.26934, 578.46246

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要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Maltodextrin-binding protein


分子量: 40560.871 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: malE, NCTC8450_00456, NCTC9775_03059
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: A0A376KDN7
#2: タンパク質 Coagulation factor XII / Hageman factor / HAF


分子量: 27175.596 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F12
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P00748, coagulation factor XIIa

-
糖 , 3種, 4分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 1種, 2分子

#6: 化合物 ChemComp-0G6 / D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide / PPACK


タイプ: peptide-like, Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 453.986 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H34ClN6O3 / 参照: D-Phe-Pro-Arg-CH2Cl

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.67 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: 0.1 M sodium citrate, pH 5.6 with 10% PEG 4000 and 0.15 M MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4→115.11 Å / Num. obs: 17015 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 2.5 % / Net I/σ(I): 3.8
反射 シェル解像度: 4→4.01 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 4→115.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.736 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.579 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 1.191 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.35644 1708 10 %RANDOM
Rwork0.2971 ---
obs0.3031 15371 93.09 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 38.322 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.1 Å20 Å2
3----0.2 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 4→115.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9347 0 148 0 9495
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0199785
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.028909
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4711.97513325
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.882320732
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.05551227
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.08824.807414
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.252151510
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.31538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.21467
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0160.02110937
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.030.021943
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0643.9134914
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0643.9134914
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9975.8626127
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.9965.8616128
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4213.8874871
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.4213.8874872
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.5195.8077195
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.00644.82610791
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.00544.82310792
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS数: 3521 / タイプ: tight thermal / Rms dev position: 7.6 Å / Weight position: 0.5
LS精密化 シェル解像度: 4→4.104 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.401 126 -
Rwork0.368 1134 -
obs--95.82 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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