PDB-6qep: EngBF DARPin Fusion 4b H14

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6qep

タイトル

EngBF DARPin Fusion 4b H14

要素

PEGA domain-containing protein,EngBF-DARPin Fusion 4b H14

キーワード

HYDROLASE / crystallization chaperone / protein fusion / DARPin / chaperone

機能・相同性

: / :

機能・相同性情報

生物種

Bifidobacterium longum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Ernst, P. / Pluckthun, A. / Mittl, P.R.E.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: Structural analysis of biological targets by host:guest crystal lattice engineering.
著者: Ernst, P. / Pluckthun, A. / Mittl, P.R.E.

履歴

登録	2019年1月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年11月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年4月22日	Group: Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
改定 1.2	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6qep.cif.gz	549.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6qep.ent.gz	446.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6qep.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6qep_validation.pdf.gz	452.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6qep_full_validation.pdf.gz	469.7 KB	表示
XML形式データ	6qep_validation.xml.gz	51.1 KB	表示
CIF形式データ	6qep_validation.cif.gz	75.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qe/6qep ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qe/6qep	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6qevC 6qfkC 6qfoC 6sh9C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3qr1-d 5exv-d 1jwl-d 5wfn-d 5x2q-1 4n2m-1 6jwu-d 4bms-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.18430/m36qep / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PEGA domain-containing protein,EngBF-DARPin Fusion 4b H14

ヘテロ分子

148 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	192.690, 192.690, 123.940
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

#1: タンパク質	PEGA domain-containing protein,EngBF-DARPin Fusion 4b H14 分子量: 147617.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bifidobacterium longum (バクテリア) 遺伝子: DXD52_03130 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A374RF80
#2: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 573 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 72.66 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.1 詳細: MPD, PEG 20,000, sodium chloride, manganese chloride, MES

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.99987 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→46.28 Å / Num. obs: 80365 / % possible obs: 99.91 % / 冗長度: 20.9 % / B_iso Wilson estimate: 81.65 Å² / R_rim(I) all: 0.172 / Net I/σ(I): 16.78
反射シェル	解像度: 2.6→2.693 Å / R_rim(I) all: 3.263

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.3	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

解像度: 2.6→46.28 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / SU R Cruickshank DPI: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.249 / SU R_free Blow DPI: 0.203 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.206

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.215	4017	5 %	RANDOM
R_work	0.177	-	-	-
obs	0.179	80329	99.9 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 89.26 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.343 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-4.343 Å²	0 Å²
3-	-	-	8.686 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.31 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.6→46.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10299	0	24	573	10896

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	10517	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.23	14265	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		3619	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1845	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		10517	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		1	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.44
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	19.81
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1362	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		12377	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.62 Å / Total num. of bins used: 50

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2702	-	4.98 %
R_work	0.2394	1527	-
all	0.2411	1607	-
obs	-	-	99.2 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 78.3044 Å / Origin y: -29.716 Å / Origin z: 0.0517 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.3014 Å²	0.0562 Å²	-0.0657 Å²	-	-0.4403 Å²	-0.0203 Å²	-	-	-0.3605 Å²
L	0.4905 °²	-0.2245 °²	0.0019 °²	-	1.0848 °²	-0.0497 °²	-	-	1.1447 °²
S	-0.1295 Å °	-0.0378 Å °	0.1326 Å °	0.0341 Å °	-0.0527 Å °	0.2257 Å °	-0.2725 Å °	-0.2615 Å °	0.1822 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: { A|* }

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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