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万見
- PDB-6qep: EngBF DARPin Fusion 4b H14 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qep
タイトルEngBF DARPin Fusion 4b H14
要素PEGA domain-containing protein,EngBF-DARPin Fusion 4b H14
キーワードHYDROLASE / crystallization chaperone / protein fusion / DARPin / chaperone
機能・相同性
機能・相同性情報


Designed single chain three-helix bundle / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 - #10 / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 / Distorted Sandwich / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bifidobacterium longum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Ernst, P. / Pluckthun, A. / Mittl, P.R.E.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: Structural analysis of biological targets by host:guest crystal lattice engineering.
著者: Ernst, P. / Pluckthun, A. / Mittl, P.R.E.
履歴
登録2019年1月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月22日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PEGA domain-containing protein,EngBF-DARPin Fusion 4b H14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,1517
ポリマ－147,6171
非ポリマー5336
水10,323573
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area840 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area49180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)192.690, 192.690, 123.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 PEGA domain-containing protein,EngBF-DARPin Fusion 4b H14


分子量: 147617.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bifidobacterium longum (バクテリア)
遺伝子: DXD52_03130 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A374RF80
#2: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 573 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.66 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.1
詳細: MPD, PEG 20,000, sodium chloride, manganese chloride, MES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.99987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→46.28 Å / Num. obs: 80365 / % possible obs: 99.91 % / 冗長度: 20.9 % / Biso Wilson estimate: 81.65 Å2 / Rrim(I) all: 0.172 / Net I/σ(I): 16.78
反射 シェル解像度: 2.6→2.693 Å / Rrim(I) all: 3.263

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化解像度: 2.6→46.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU R Cruickshank DPI: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.249 / SU Rfree Blow DPI: 0.203 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.206
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.215 4017 5 %RANDOM
Rwork0.177 ---
obs0.179 80329 99.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 89.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.343 Å20 Å20 Å2
2---4.343 Å20 Å2
3---8.686 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.31 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.6→46.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10299 0 24 573 10896
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0110517HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.2314265HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3619SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1845HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it10517HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.44
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.81
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1362SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact12377SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.62 Å / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2702 -4.98 %
Rwork0.2394 1527 -
all0.2411 1607 -
obs--99.2 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 78.3044 Å / Origin y: -29.716 Å / Origin z: 0.0517 Å
111213212223313233
T-0.3014 Å20.0562 Å2-0.0657 Å2--0.4403 Å2-0.0203 Å2---0.3605 Å2
L0.4905 °2-0.2245 °20.0019 °2-1.0848 °2-0.0497 °2--1.1447 °2
S-0.1295 Å °-0.0378 Å °0.1326 Å °0.0341 Å °-0.0527 Å °0.2257 Å °-0.2725 Å °-0.2615 Å °0.1822 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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