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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6qc6 | ||||||
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タイトル | Ovine respiratory complex I FRC open class 1 | ||||||
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![]() | ELECTRON TRANSPORT / complex I / cellular respiration / mitochondria | ||||||
機能・相同性 | ![]() NADH dehydrogenase activity / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / apoptotic mitochondrial changes / : / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / acyl binding / ubiquinone binding / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / acyl carrier activity ...NADH dehydrogenase activity / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / apoptotic mitochondrial changes / : / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / acyl binding / ubiquinone binding / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / acyl carrier activity / electron transport coupled proton transport / : / ATP synthesis coupled electron transport / ATP metabolic process / respiratory electron transport chain / reactive oxygen species metabolic process / regulation of mitochondrial membrane potential / electron transport chain / mitochondrial intermembrane space / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / circadian rhythm / NAD binding / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / response to oxidative stress / membrane => GO:0016020 / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / protein-containing complex binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å | ||||||
![]() | Letts, J.A. / Sazanov, L.A. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structures of Respiratory Supercomplex I+III Reveal Functional and Conformational Crosstalk. 著者: James A Letts / Karol Fiedorczuk / Gianluca Degliesposti / Mark Skehel / Leonid A Sazanov / ![]() ![]() ![]() 要旨: The mitochondrial electron transport chain complexes are organized into supercomplexes (SCs) of defined stoichiometry, which have been proposed to regulate electron flux via substrate channeling. We ...The mitochondrial electron transport chain complexes are organized into supercomplexes (SCs) of defined stoichiometry, which have been proposed to regulate electron flux via substrate channeling. We demonstrate that CoQ trapping in the isolated SC I+III limits complex (C)I turnover, arguing against channeling. The SC structure, resolved at up to 3.8 Å in four distinct states, suggests that CoQ oxidation may be rate limiting because of unequal access of CoQ to the active sites of CIII. CI shows a transition between "closed" and "open" conformations, accompanied by the striking rotation of a key transmembrane helix. Furthermore, the state of CI affects the conformational flexibility within CIII, demonstrating crosstalk between the enzymes. CoQ was identified at only three of the four binding sites in CIII, suggesting that interaction with CI disrupts CIII symmetry in a functionally relevant manner. Together, these observations indicate a more nuanced functional role for the SCs. | ||||||
履歴 |
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ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4498MC ![]() 4479C ![]() 4480C ![]() 4481C ![]() 4482C ![]() 4493C ![]() 4494C ![]() 4495C ![]() 4496C ![]() 4497C ![]() 4499C ![]() 4500C ![]() 4501C ![]() 4502C ![]() 4505C ![]() 4506C ![]() 4507C ![]() 6q9bC ![]() 6q9dC ![]() 6q9eC ![]() 6qa9C ![]() 6qbxC ![]() 6qc2C ![]() 6qc3C ![]() 6qc4C ![]() 6qc5C ![]() 6qc7C ![]() 6qc8C ![]() 6qc9C ![]() 6qcaC ![]() 6qcfC C: 同じ文献を引用 ( M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein ... , 2種, 2分子 V1V2
#1: タンパク質 | 分子量: 48678.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: W5PUX0, NADH dehydrogenase, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) |
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#2: タンパク質 | 分子量: 23840.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-NADH:ubiquinone oxidoreductase core subunit ... , 3種, 3分子 S1S3S7
#3: タンパク質 | 分子量: 77031.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#5: タンパク質 | 分子量: 26441.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#6: タンパク質 | 分子量: 20104.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein ... , 3種, 3分子 S2S8S6
#4: タンパク質 | 分子量: 49193.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#7: タンパク質 | 分子量: 20219.947 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#9: タンパク質 | 分子量: 10651.796 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit ... , 13種, 13分子 V3S4A9A6A7B5BJS5A3B3B4B9B2
#8: タンパク質 | 分子量: 8423.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#10: タンパク質 | 分子量: 15375.300 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#11: タンパク質 | 分子量: 38660.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#14: タンパク質 | 分子量: 14923.245 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#15: タンパク質 | 分子量: 12399.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#26: タンパク質 | 分子量: 16714.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#28: タンパク質 | 分子量: 20880.752 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#30: タンパク質 | 分子量: 12474.397 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#31: タンパク質 | 分子量: 9194.655 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#32: タンパク質 | 分子量: 11015.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#34: タンパク質 | 分子量: 14975.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#38: タンパク質 | 分子量: 21648.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#39: タンパク質 | 分子量: 8500.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit ... , 7種, 7分子 A2A5ALAKA8AJAM
#12: タンパク質 | 分子量: 10966.627 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#13: タンパク質 | 分子量: 13156.311 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#16: タンパク質 | 分子量: 17115.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#25: タンパク質 | 分子量: 14610.776 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#27: タンパク質 | 分子量: 20008.014 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#29: タンパク質 | 分子量: 36803.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#35: タンパク質 | 分子量: 16635.264 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-タンパク質 , 2種, 3分子 AAABA1
#17: タンパク質 | 分子量: 10119.541 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #44: タンパク質 | | 分子量: 8211.519 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-NADH-ubiquinone oxidoreductase chain ... , 7種, 7分子 D3D1D64LD5D4D2
#18: タンパク質 | 分子量: 13106.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: O78753, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) |
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#19: タンパク質 | 分子量: 35884.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: O78747, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) |
#20: タンパク質 | 分子量: 19126.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: O78757, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) |
#21: タンパク質 | 分子量: 10840.228 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: O78754, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) |
#22: タンパク質 | 分子量: 68410.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: O78756, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) |
#23: タンパク質 | 分子量: 52058.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: O78755, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) |
#24: タンパク質 | 分子量: 39149.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: O78748, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) |
-NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit ... , 2種, 2分子 C2C1
#33: タンパク質 | 分子量: 14231.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#42: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5808.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit ... , 5種, 5分子 B6B7B8BKB1
#36: タンパク質 | 分子量: 15433.929 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#37: タンパク質 | 分子量: 16282.610 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#40: タンパク質 | 分子量: 18818.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#41: タンパク質 | 分子量: 14455.033 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#43: タンパク質 | 分子量: 6930.083 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-非ポリマー , 9種, 18分子 ![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/FMN.gif)
![](data/chem/img/FES.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/NDP.gif)
![](data/chem/img/ZMP.gif)
![](data/chem/img/3PE.gif)
![](data/chem/img/CDL.gif)
![](data/chem/img/PC1.gif)
![](data/chem/img/FMN.gif)
![](data/chem/img/FES.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/NDP.gif)
![](data/chem/img/ZMP.gif)
![](data/chem/img/3PE.gif)
![](data/chem/img/CDL.gif)
![](data/chem/img/PC1.gif)
#45: 化合物 | ChemComp-SF4 / #46: 化合物 | ChemComp-FMN / | #47: 化合物 | #48: 化合物 | ChemComp-ZN / | #49: 化合物 | ChemComp-NDP / | #50: 化合物 | #51: 化合物 | #52: 化合物 | ChemComp-CDL / | #53: 化合物 | ChemComp-PC1 / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Ovine mitochondrial respiratory complex I / タイプ: COMPLEX 詳細: Open class 1 from ovine mitochondrial respiratory complex I Entity ID: #1-#44 / 由来: NATURAL | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 1.4 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: 250 mM NaCl, 20 mM HEPES, pH 7.7, 0.02% Brij-35 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: PROPANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K 詳細: blotting for 30 seconds at 4 degrees Celsius, 95% humidity and flash freezing |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(補正後): 100000 X / Calibrated defocus min: 1500 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 3000 nm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 51 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1854 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 34 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 400000 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 26978 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 75 / プロトコル: OTHER / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 5LNK |