PDB-6qbp: structure of the core domaine of Knr4, an intrinsically disordere...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6qbp

タイトル

structure of the core domaine of Knr4, an intrinsically disordered protein from Saccharomyces cerevisiae - mutant S203D

要素

Cell wall assembly regulator SMI1

キーワード

SIGNALING PROTEIN / cell-wall integrity / stress response / beta-glucan synthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of fungal-type cell wall biogenesis / fungal-type cell wall beta-glucan biosynthetic process / incipient cellular bud site / cellular bud neck / mating projection tip / regulation of mitotic cell cycle / cell wall organization / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Ramos, N. / Batista, M. / Francois, J.M. / Mourey, L. / Maveyraud, L. / Zerbib, D.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: structure of the core domaine of Knr4, an intrinsically disordered protein from Saccharomyces cerevisiae - mutant S203D
著者: Ramos, N. / Batista, M. / Francois, J.M. / Mourey, L. / Maveyraud, L. / Zerbib, D.

履歴

登録	2018年12月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年1月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6qbp.cif.gz	186.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6qbp.ent.gz	149.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6qbp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6qbp_validation.pdf.gz	439.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6qbp_full_validation.pdf.gz	442.3 KB	表示
XML形式データ	6qbp_validation.xml.gz	16 KB	表示
CIF形式データ	6qbp_validation.cif.gz	21.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qb/6qbp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qb/6qbp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5j1bS 6qbm 6qbn 6qbo 6qbq 6qbr S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6qbo-d 6qbn-d 6qbq-d 6qbr-d 4u0l-2 5j1b-d 4ygf-3 3tzt-d 6qbm-d 1ml0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cell wall assembly regulator SMI1

B: Cell wall assembly regulator SMI1

61.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering, dimer is observed at high concentration in SAXS and SEC-MALS experiments

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.949, 102.949, 93.139
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	171
Space group name H-M	P6₂

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 84 - 342 / Label seq-ID: 12 - 270

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	Cell wall assembly regulator SMI1 / Killer toxin-resistance protein 4 分子量: 30949.148 Da / 分子数: 2 / 変異: S203D / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: SMI1, KNR4, KTR4, YGR229C, G8553 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32566

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.56 %
結晶化	温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 3000 - 6000 15-24 % (w/v) Bicine buffer 0.1 M / PH範囲: 8.0 - 9.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.976256 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976256 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→89.17 Å / Num. obs: 21807 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.5 % / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.043 / R_sym value: 0.036 / Net I/σ(I): 17.6
反射シェル	解像度: 2.4→2.54 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 3415 / CC_1/2: 0.371 / R_rim(I) all: 1.115 / R_sym value: 0.888 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0230	精密化
XSCALE		データスケーリング
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5j1b

5j1b

解像度: 2.4→45.09 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / SU B: 20.724 / SU ML: 0.199 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.334 / ESU R Free: 0.219 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21863	1116	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19069	-	-	-
obs	0.19216	20705	99.02 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 57.227 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.01 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.4→45.09 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3451	0	0	0	3451

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.014	3572
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3082
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.028	1.648	4862
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.791	1.636	7222
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.599	5	424
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.044	23.971	204
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.318	15	554
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.24	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.052	0.2	454
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	4017
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	691
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.178	5.645	1720
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.177	5.644	1719
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.992	8.454	2136
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.992	8.455	2137
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.153	5.811	1851
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.153	5.81	1849
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.995	8.655	2726
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	3.455	64.572	3896
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	3.454	64.581	3897
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 6871 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 2.399→2.461 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.377	67	-
R_work	0.374	1428	-
obs	-	-	93.03 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.2454	-0.2624	1.9861	3.4829	0.0314	3.6734	0.3053	0.2519	-1.2095	-0.0462	0.0578	0.5544	0.9162	-0.1281	-0.3631	0.4728	0.001	-0.151	0.155	0.0967	0.4979	11.452	9.187	70.741
2	7.0576	-0.2846	1.3609	2.2599	0.1066	4.2731	0.1472	1.2933	-0.1686	-0.3619	-0.008	0.0934	0.3986	0.8409	-0.1392	0.2917	0.1642	-0.0754	0.4324	0.0057	0.0972	24.039	19.653	64.698
3	15.742	9.2638	-1.2396	14.5404	3.913	5.6103	-0.1284	0.2024	0.6354	0.7894	0.3528	0.1802	0.026	0.0066	-0.2244	0.2436	0.1144	-0.0571	0.2651	0.0632	0.0947	26.343	22.84	78.713
4	10.3567	0.8424	1.1778	3.5481	-0.3072	2.4696	0.0609	0.1817	0.0564	0.177	0.0716	0.1965	0.0879	-0.0568	-0.1324	0.1956	0.0824	-0.047	0.1351	0.071	0.1124	15.588	23.518	70.574
5	10.8767	1.2285	-1.0276	4.3558	1.1713	11.3314	0.0902	0.5506	0.2168	-0.4356	-0.1862	1.0374	0.0012	-0.5478	0.096	0.1685	0.1155	-0.1163	0.3496	0.166	0.4572	0.588	27.715	61.949
6	12.5564	0.5649	9.16	8.6558	7.686	12.8692	-0.0261	0.0816	0.8643	-0.1098	-0.0782	-0.3795	-0.1104	-0.0406	0.1043	0.1861	0.1036	0.0243	0.1503	0.1092	0.6006	14.08	32.78	70.408
7	7.3237	-0.1652	0.3507	3.5611	0.2287	3.6251	0.2431	-0.7345	-0.9804	0.5156	-0.1008	-0.0285	0.4454	-0.2593	-0.1422	0.2179	-0.1176	-0.0825	0.1345	0.139	0.1617	45.181	10.924	94.707
8	7.0449	-0.5013	1.2112	3.057	0.9911	4.8975	0.1561	0.1154	0.4457	-0.0191	-0.2228	0.2059	-0.4563	-0.2481	0.0667	0.1232	0.0041	0.0062	0.0861	0.011	0.0545	38.767	25.048	84.824
9	9.4059	-1.3259	0.8959	2.1932	0.1617	2.9461	0.1216	0.1239	-0.2794	0.1183	0.1341	-0.4493	-0.2178	0.266	-0.2557	0.1064	-0.0682	-0.0553	0.1051	-0.0167	0.1553	56.439	18.883	86.684
10	1.3113	-0.372	3.3723	1.9684	1.8533	24.5958	0.0964	0.2517	0.261	-0.0319	-0.2271	-0.2431	-0.0162	-0.3409	0.1307	0.0746	-0.0157	0.064	0.1807	0.0431	0.1478	54.628	21.037	73.527

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	84 - 150
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	151 - 252
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	253 - 263
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	264 - 293
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	294 - 326
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	327 - 342
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	84 - 166
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	167 - 263
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	264 - 326
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	327 - 346

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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