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- PDB-6qap: Structure of the human aldehyde dehydrogenase 9A1 in C2 space group -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qap
タイトルStructure of the human aldehyde dehydrogenase 9A1 in C2 space group
要素4-trimethylaminobutyraldehyde dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


formaldehyde dehydrogenase / 4-trimethylammoniobutyraldehyde dehydrogenase / 4-trimethylammoniobutyraldehyde dehydrogenase activity / formaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / Carnitine synthesis / acetaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / carnitine biosynthetic process / aminobutyraldehyde dehydrogenase / aminobutyraldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / aldehyde metabolic process ...formaldehyde dehydrogenase / 4-trimethylammoniobutyraldehyde dehydrogenase / 4-trimethylammoniobutyraldehyde dehydrogenase activity / formaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / Carnitine synthesis / acetaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / carnitine biosynthetic process / aminobutyraldehyde dehydrogenase / aminobutyraldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / aldehyde metabolic process / aldehyde dehydrogenase (NAD+) / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / small molecule binding / protein homotetramerization / mitochondrion / extracellular exosome / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family ...Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / 4-trimethylaminobutyraldehyde dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Morera, S. / Vigouroux, A.
引用ジャーナル: Biosci.Rep. / 年: 2019
タイトル: Kinetic and structural analysis of human ALDH9A1.
著者: Koncitikova, R. / Vigouroux, A. / Kopecna, M. / Sebela, M. / Morera, S. / Kopecny, D.
履歴
登録2018年12月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-trimethylaminobutyraldehyde dehydrogenase
B: 4-trimethylaminobutyraldehyde dehydrogenase
C: 4-trimethylaminobutyraldehyde dehydrogenase
D: 4-trimethylaminobutyraldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)223,44131
ポリマ－221,9014
非ポリマー1,53927
水6,449358
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22900 Å2
ΔGint-140 kcal/mol
Surface area62380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)164.290, 160.030, 84.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.09, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
4-trimethylaminobutyraldehyde dehydrogenase / TMABADH / Aldehyde dehydrogenase E3 isozyme / Aldehyde dehydrogenase family 9 member A1 / Gamma- ...TMABADH / Aldehyde dehydrogenase E3 isozyme / Aldehyde dehydrogenase family 9 member A1 / Gamma-aminobutyraldehyde dehydrogenase / R-aminobutyraldehyde dehydrogenase


分子量: 55475.355 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALDH9A1, ALDH4, ALDH7, ALDH9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P49189, 4-trimethylammoniobutyraldehyde dehydrogenase, aldehyde dehydrogenase (NAD+), aminobutyraldehyde dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 358 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.91 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 14% PEG 4K, 0.1 M sodium citrate pH 5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→47.74 Å / Num. obs: 96851 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 59.02 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.152 / Rsym value: 0.141 / Net I/σ(I): 9.89
反射 シェル解像度: 2.3→2.44 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6QAK

6qak


解像度: 2.3→47.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU R Cruickshank DPI: 0.318 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.305 / SU Rfree Blow DPI: 0.22 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.226
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 4843 5 %RANDOM
Rwork0.22 ---
obs0.222 96847 99.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 63.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.214 Å20 Å2-0.3395 Å2
2---3.3647 Å20 Å2
3---8.5786 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.35 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.3→47.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14408 0 96 358 14862
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0114783HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1619958HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d5123SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2528HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it14783HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd5SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.09
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.32
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1914SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact17389SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.31 Å / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3473 -5.01 %
Rwork0.2926 1840 -
all0.2953 1937 -
obs--88.69 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.98540.6748-0.16851.0311-0.11330.4935-0.09910.03420.5059-0.06050.14360.28290.0197-0.1731-0.0445-0.3162-0.0059-0.0407-0.26790.0077-0.221-61.106115.160114.1702
22.4871.10630.33461.25660.34240.549-0.05860.0269-0.7291-0.02260.1763-0.4466-0.03150.1901-0.1177-0.3298-0.00060.0223-0.3033-0.0221-0.1865-21.643423.010614.8793
30.5670.4628-0.08022.5328-0.74970.74010.11230.00650.14510.1380.01850.5529-0.1092-0.0634-0.1308-0.2062-0.01550.022-0.3183-0.0194-0.243-38.976839.1239-23.9195
40.61580.450.0522.33930.56520.51470.1059-0.0005-0.11890.1159-0.0077-0.50.09460.0123-0.0982-0.2035-0.0248-0.0204-0.31290.0162-0.2457-42.368-0.9216-23.8999
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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