PDB-6q93: MgADP-bound Fe protein of Vanadium nitrogenase from Azotobacter v...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6q93

タイトル

MgADP-bound Fe protein of Vanadium nitrogenase from Azotobacter vinelandii

要素

Nitrogenase iron protein

キーワード

ELECTRON TRANSPORT / Biological nitrogen fixation / Dinitrogenase reductase / Vanadium nitrogenase / Fe protein / VnfH

機能・相同性

機能・相同性情報

nitrogenase / : / nitrogenase activity / nitrogen fixation / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Azotobacter vinelandii (窒素固定)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Rohde, M. / Gerhardt, S. / Einsle, O.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: J. Biol. Inorg. Chem. / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of VnfH, the iron protein component of vanadium nitrogenase.
著者: Rohde, M. / Trncik, C. / Sippel, D. / Gerhardt, S. / Einsle, O.

履歴

登録	2018年12月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年2月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6q93.cif.gz	861.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6q93.ent.gz	717 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6q93.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q9/6q93 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q9/6q93	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1fp6S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6n4m-1 4isk-3 1fwm-d 3bhl-d 3bfi-1 4fox-4 1zpr-d 1jg0-d 2vf0-d 3lma-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#26 - 2002年2月ニトロゲナーゼ (Nitrogenase) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Nitrogenase iron protein

B: Nitrogenase iron protein

C: Nitrogenase iron protein

D: Nitrogenase iron protein

E: Nitrogenase iron protein

F: Nitrogenase iron protein

G: Nitrogenase iron protein

H: Nitrogenase iron protein

ヘテロ分子

254 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Nitrogenase iron protein

B: Nitrogenase iron protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
63.4 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Nitrogenase iron protein

D: Nitrogenase iron protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63.4 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Nitrogenase iron protein

F: Nitrogenase iron protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63.4 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Nitrogenase iron protein

H: Nitrogenase iron protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63.4 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	94.573, 176.857, 354.225
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Nitrogenase iron protein / Nitrogenase Fe protein / Nitrogenase component II / Nitrogenase reductase 分子量: 31060.686 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Azotobacter vinelandii (strain DJ / ATCC BAA-1303) (窒素固定) 株: DJ / ATCC BAA-1303 / 参照: UniProt: C1DI30, nitrogenase
#2: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄
#3: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 389 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.73 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: Tris/HCl buffer, magnesium chloride, ADP, PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→49.54 Å / Num. obs: 150174 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 27.8 % / B_iso Wilson estimate: 46.59 Å² / Net I/σ(I): 13.2
反射シェル	解像度: 2.2→2.24 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.3	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1FP6

1fp6

解像度: 2.2→49.1 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU R Cruickshank DPI: 0.201 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.198 / SU R_free Blow DPI: 0.157 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.159

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.215	7601	5.06 %	RANDOM
R_work	0.2	-	-	-
obs	0.201	150093	99.9 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 68.75 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	8.734 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-14.1316 Å²	0 Å²
3-	-	-	5.3976 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.33 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.2→49.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16541	0	258	389	17188

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.009	17027	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.12	23012	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		6097	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		3020	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		17027	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		3	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	18.34
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		2249	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		19936	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.21 Å / Total num. of bins used: 50

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2717	155	5.16 %
R_work	0.2324	2847	-
all	0.2345	3002	-
obs	-	-	99.9 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4976	0.2927	-0.0652	2.2517	0.4004	3.3375	0.0832	0.0489	-0.0629	0.2412	-0.0464	-0.1122	-0.1537	-0.099	-0.0368	-0.0258	0.0796	0.0185	-0.0691	0.0162	-0.1083	-12.605	-32.5497	-17.4172
2	2.5341	-1.8287	-0.182	0	-0.7885	1.6465	-0.2455	-0.1459	0.5418	0.3923	-0.0504	-0.5442	-0.3637	0.3899	0.2959	-0.1196	0.0442	-0.1449	-0.304	0.0462	0.304	6.1315	-13.7204	-27.9895
3	2.4509	0.3414	-1.1183	0.612	-0.7531	4.4432	-0.1062	0.5442	-0.0313	0.0229	0.0758	0.0134	-0.1247	-0.3203	0.0304	-0.304	-0.002	-0.0146	0.2036	-0.0302	-0.2509	-17.2673	-44.9973	-68.653
4	1.7691	0.7411	-0.6105	2.5279	-1.1245	2.3643	-0.2309	0.1938	-0.5442	-0.0728	0.0826	-0.4112	0.3584	-0.0678	0.1483	-0.2364	0.0755	0.0339	-0.0711	-0.0749	0.053	-22.307	-65.1861	-49.9604
5	2.6191	-0.2818	-0.6646	1.3247	-0.1566	1.4823	0.1552	-0.12	-0.0197	0.5442	-0.1373	0.5442	0.3434	-0.0265	-0.0179	0.0985	0.0112	0.152	-0.304	-0.088	0.1196	6.3954	-80.9164	-26.7316
6	0.9206	0.0084	0.4429	3.5646	-0.1881	2.6715	0.0196	0.0099	0.0092	0.5008	-0.2127	0.1627	0.0273	-0.0244	0.193	-0.0234	0.064	0.0334	-0.1079	-0.0217	-0.1325	25.9211	-61.2672	-18.5171
7	2.1001	0.5926	0.6602	2.3173	0.5626	2.4013	0.0729	0.3615	0.5442	0.1859	0.0562	0.2032	-0.1723	0.0936	-0.1291	-0.2474	0.0868	0.0687	-0.0274	0.1349	0.0219	34.4188	-30.2986	-52.0782
8	3.078	0.4643	0.7301	0.7919	0.811	3.4705	-0.0773	0.5442	-0.0123	0.1034	0.1781	-0.0357	0.3363	0.5149	-0.1008	-0.304	0.0729	-0.0057	0.2747	0.0261	-0.2829	30.3824	-50.5172	-70.6813

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|* }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D\|* }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ E\|* }
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ F\|* }
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{ G\|* }
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{ H\|* }

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