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- PDB-6q8u: Structure of the standard kink turn HmKt-7 variant A2bm6A bound w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6q8u
タイトルStructure of the standard kink turn HmKt-7 variant A2bm6A bound with AfL7Ae protein
要素
  • 50S ribosomal protein L7Ae
  • RNA (5'-R(*CP*GP*GP*CP*GP*AP*AP*GP*(6MZ)P*AP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*AP*GP*CP*CP*G)-3')
キーワードRNA / Gene regulation / RNA structure / kink-turn / X-ray crystallography / RNA modification
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / ribosome biogenesis / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L7Ae, archaea / Ribosomal protein L30/S12 / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Ribosomal protein L7Ae conserved site / Ribosomal protein L7Ae signature. / Ribosomal protein L7Ae/L8/Nhp2 family / : / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / 50S ribosomal protein L30e-like ...Ribosomal protein L7Ae, archaea / Ribosomal protein L30/S12 / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Ribosomal protein L7Ae conserved site / Ribosomal protein L7Ae signature. / Ribosomal protein L7Ae/L8/Nhp2 family / : / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / 50S ribosomal protein L30e-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Large ribosomal subunit protein eL8
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
Haloarcula marismortui (好塩性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Huang, L. / Lilley, D.M.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Cancer Research UKA18604 英国
引用ジャーナル: Rna Biol. / 年: 2019
タイトル: Effect of methylation of adenine N6on kink turn structure depends on location.
著者: Ashraf, S. / Huang, L. / Lilley, D.M.J.
履歴
登録2018年12月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年9月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (5'-R(*CP*GP*GP*CP*GP*AP*AP*GP*(6MZ)P*AP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*AP*GP*CP*CP*G)-3')
B: RNA (5'-R(*CP*GP*GP*CP*GP*AP*AP*GP*(6MZ)P*AP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*AP*GP*CP*CP*G)-3')
C: 50S ribosomal protein L7Ae
D: 50S ribosomal protein L7Ae
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,07214
ポリマ－40,8424
非ポリマー23010
水905
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8790 Å2
ΔGint-130 kcal/mol
Surface area16890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.360, 60.800, 119.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(*CP*GP*GP*CP*GP*AP*AP*GP*(6MZ)P*AP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*AP*GP*CP*CP*G)-3')


分子量: 6898.248 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Haloarcula marismortui (好塩性)
#2: タンパク質 50S ribosomal protein L7Ae / Ribosomal protein L8e


分子量: 13522.559 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (strain ATCC 49558 / VC-16 / DSM 4304 / JCM 9628 / NBRC 100126) (古細菌)
株: ATCC 49558 / VC-16 / DSM 4304 / JCM 9628 / NBRC 100126 / 遺伝子: rpl7ae, AF_0764 / プラスミド: pET-Duet1
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: O29494
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.98 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.001 M Spermine tetrahydrochloride, 0.05 M MES pH6.5, 25 % v/v PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9197 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9197 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→33.415 Å / Num. obs: 29389 / % possible obs: 99.56 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 5.7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.0557 / Rpim(I) all: 0.025 / Net I/σ(I): 12.73
反射 シェル解像度: 1.99→2.02 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 1 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 1459 / CC1/2: 0.75 / Rpim(I) all: 0.44 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4bw0

4bw0


解像度: 1.99→33.415 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.76
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2272 1408 4.8 %
Rwork0.1888 --
obs0.1906 29324 99.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.99→33.415 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1852 916 10 5 2783
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0122904
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3454140
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.9521658
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075503
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01373
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9901-2.06120.32431390.31672748X-RAY DIFFRACTION100
2.0612-2.14370.31361280.28932775X-RAY DIFFRACTION100
2.1437-2.24120.32491340.27232771X-RAY DIFFRACTION100
2.2412-2.35940.29441520.25722752X-RAY DIFFRACTION100
2.3594-2.50710.26141270.23972790X-RAY DIFFRACTION100
2.5071-2.70060.26631500.23752768X-RAY DIFFRACTION100
2.7006-2.97230.27441450.23562768X-RAY DIFFRACTION99
2.9723-3.4020.27791770.21112767X-RAY DIFFRACTION99
3.402-4.28470.20441370.16272816X-RAY DIFFRACTION99
4.2847-33.41940.17041190.15442961X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.6043-1.4497-6.51265.86750.18518.3736-0.89582.3075-2.4708-1.14160.25690.60811.44572.70910.52520.80420.337-0.13751.8013-0.39291.215855.936380.4328-13.0032
24.2955-0.76884.39312.719-1.69565.0339-0.10331.0028-1.2817-0.10350.17230.22210.06671.0653-0.05440.54230.07-0.00710.69560.06220.623453.665588.4692-0.7674
35.0941-0.5291-1.70844.48160.18616.31310.26750.8421-0.3697-0.4108-0.29020.91940.433-0.67530.15670.56290.0135-0.15050.62740.03390.584950.220177.642310.8984
44.5176-2.4493-0.2626.0549-2.27998.20420.13231.3984-1.0039-1.1077-0.19121.22710.77-0.60780.03760.5175-0.0626-0.13840.8283-0.12230.709252.174770.68097.5477
56.73613.11754.6224.8768-1.77827.0031-0.02220.7427-0.7115-0.0120.0808-0.57810.08960.8204-0.04740.49090.068-0.09770.68880.03880.607156.623588.08290.7268
68.2592-2.0752-5.60690.7680.32238.2407-0.4631-0.07620.80260.03290.463-0.36771.00550.5548-0.21090.59460.07230.01290.7337-0.08010.675374.86164.455924.1134
73.7315-4.6493.5458.0496-2.0858.9380.4026-0.0725-1.4124-0.0346-0.11960.46441.0982-0.1982-0.20480.7332-0.04520.10940.3986-0.0530.675857.281759.330129.6625
86.5219-2.1734-0.59274.6631-1.19422.4769-0.73040.44730.7813-0.6110.23080.2152-0.2619-0.07010.59550.5873-0.1105-0.01970.3949-0.03810.661257.224975.719624.4727
93.8984-1.8553-0.24813.30520.12075.3286-0.25770.19080.39360.5002-0.02130.0076-0.2207-0.00240.31830.5488-0.06550.02190.3552-0.06260.543563.578670.478424.6429
103.5143-2.446-1.80734.53444.17034.80690.31310.12441.03020.62930.7164-1.5934-1.34271.7807-0.83450.5534-0.1737-0.06640.5910.05090.91669.876975.745924.2415
119.4907-1.4236-1.36676.8732-4.29075.896-0.2679-0.53870.34820.19460.5337-1.2508-1.24690.9388-0.08480.53630.0093-0.02710.3756-0.03110.414366.682768.952529.2927
125.8178-2.34860.61019.4992-1.97597.4554-0.06760.5577-0.5653-0.3343-0.0470.21091.0263-0.0280.01110.5577-0.09090.12220.4155-0.1240.555557.028563.185217.5926
136.75625.722-4.95655.1306-5.11875.59590.2967-0.42180.39961.2551-0.0360.5389-1.0329-0.134-0.32830.64610.09970.14410.4426-0.08720.698854.132768.703232.8606
141.025-0.9559-2.70349.2099-1.41858.088-0.2543-1.45920.79620.93520.0252-0.0651-0.83660.2955-0.0430.8770.0276-0.07990.4722-0.08050.508764.512963.556138.7438
156.8041-0.2491-0.33072.4716-0.95251.29560.0601-0.1962-0.1165-0.5887-0.47970.1799-0.9011-0.60610.52170.81840.2019-0.22060.8653-0.33990.90830.210899.6846-9.9451
162.8742-1.8915-0.72663.27020.77847.36030.21281.33930.6701-1.1266-0.1904-0.2588-1.30870.7610.44691.0551-0.1514-0.22120.98450.22030.819348.4715105.7698-13.3855
172.30081.65120.20199.04954.30869.1734-0.1864-1.66260.23051.5559-0.2787-0.29060.1167-0.05610.70560.92290.0826-0.29430.6031-0.01870.574346.2853100.17682.4146
185.6741.1596-1.56521.84421.53935.1043-0.3950.1731.2510.51030.24260.2254-0.95510.6213-0.12591.08420.0711-0.43740.5683-0.02560.819144.7693105.8678-2.7137
192.9254-2.2286-1.16032.89262.46962.5798-1.1569-0.2999-0.598-0.51470.10941.60150.4195-0.6260.95830.62140.0144-0.0620.6313-0.08720.735636.533491.6885-6.0996
203.81342.46232.66881.83022.29853.6969-0.89420.3331.3831.7710.6356-0.2451-1.01-1.0047-0.2580.93360.2444-0.21010.726-0.12790.67236.1604103.12951.9645
218.30020.38541.01613.08380.25983.7426-1.11970.77950.792-0.4556-0.05150.8578-1.01640.07881.0670.792-0.0186-0.3170.61080.05860.623241.9012101.2857-9.8844
226.39113.1447-2.21394.3212-4.42615.7707-0.18540.92141.11560.8359-0.00290.4341-1.23630.67950.08560.8298-0.2042-0.28980.74160.1690.649450.1804102.6007-8.6312
238.33222.5487-0.51384.14861.45683.3390.05330.87410.9575-0.4894-0.17770.6828-0.8727-0.4252-0.06451.39880.3402-0.240.76760.15241.027338.5395114.69-11.2284
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 5 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 6 through 11 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 12 through 21 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1 through 11 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 12 through 21 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid -3 through 8 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 9 through 25 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 26 through 40 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 41 through 55 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 56 through 68 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 69 through 78 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 79 through 93 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 94 through 103 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 104 through 118 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid -3 through 8 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 9 through 31 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 32 through 40 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 41 through 50 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 51 through 59 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 60 through 68 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 69 through 86 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 87 through 103 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 104 through 118 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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