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- PDB-6q6t: Crystal structure (orthorombic form) of C36S mutant of thioredoxi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6q6t
タイトルCrystal structure (orthorombic form) of C36S mutant of thioredoxin h1 from Chlamydomonas reinhardtii
要素Thioredoxin H-type
キーワードELECTRON TRANSPORT / alfa/beta protein / thioredoxin fold / disulphide oxidoreductase / cell redox homeostatis
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-disulfide reductase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Thioredoxin / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Thioredoxin H-type
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.94 Å
データ登録者Fermani, S. / Zaffagnini, M. / Lemaire, S.D.
資金援助 イタリア, 1件
組織認可番号国
FARB2012-University of Bologna イタリア
引用ジャーナル: Antioxidants (Basel) / 年: 2019
タイトル: Structural and Biochemical Insights into the Reactivity of Thioredoxin h1 fromChlamydomonas reinhardtii.
著者: Marchand, C.H. / Fermani, S. / Rossi, J. / Gurrieri, L. / Tedesco, D. / Henri, J. / Sparla, F. / Trost, P. / Lemaire, S.D. / Zaffagnini, M.
履歴
登録2018年12月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thioredoxin H-type
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2675
ポリマ－11,8431
非ポリマー4244
水3,729207
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area670 Å2
ΔGint9 kcal/mol
Surface area5940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.777, 34.815, 48.158
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-340-

HOH

21A-366-

HOH

31A-440-

HOH

41A-467-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Thioredoxin H-type / Trx-H / Thioredoxin-CH1


分子量: 11842.665 Da / 分子数: 1 / 変異: C36S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
遺伝子: TRXH / 器官: cytoplasm / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P80028
#2: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 20% (w/v) PEG 10K, 0.1 M sodium cacodylate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月8日 / 詳細: Silicon toroidal mirror coated with Rhodium
放射モノクロメーター: Silicon (1 1 1) channel-cut / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.94→48.16 Å / Num. obs: 64505 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 8.4 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 18.9
反射 シェル解像度: 0.94→0.96 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.369 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 1579 / CC1/2: 0.625 / Rpim(I) all: 0.367 / Rrim(I) all: 0.52 / % possible all: 47.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1EP7

1ep7


解像度: 0.94→48.158 Å / SU ML: 0.07 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.2 / 位相誤差: 15.77
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1655 5883 4.95 %
Rwork0.1574 --
obs0.1578 64420 92.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 12.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.94→48.158 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数814 0 28 207 1049
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006872
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0071177
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.846316
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081137
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007146
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
0.94-0.95070.3346610.2872981X-RAY DIFFRACTION24
0.9507-0.96190.2681300.2922188X-RAY DIFFRACTION54
0.9619-0.97360.25711390.24612965X-RAY DIFFRACTION72
0.9736-0.98590.23542020.23563358X-RAY DIFFRACTION84
0.9859-0.99890.21942110.22123813X-RAY DIFFRACTION94
0.9989-1.01260.21052380.20743958X-RAY DIFFRACTION99
1.0126-1.02710.20352010.19494087X-RAY DIFFRACTION99
1.0271-1.04240.18061990.19663951X-RAY DIFFRACTION98
1.0424-1.05870.16441960.19183952X-RAY DIFFRACTION97
1.0587-1.0760.19622250.18173930X-RAY DIFFRACTION97
1.076-1.09460.2012220.17384001X-RAY DIFFRACTION99
1.0946-1.11450.18592270.16764001X-RAY DIFFRACTION99
1.1145-1.13590.16921800.16263998X-RAY DIFFRACTION98
1.1359-1.15910.17832060.16194043X-RAY DIFFRACTION98
1.1591-1.18430.13461870.1643943X-RAY DIFFRACTION96
1.1843-1.21190.17462480.16153986X-RAY DIFFRACTION99
1.2119-1.24220.14121930.16134047X-RAY DIFFRACTION99
1.2422-1.27580.16941810.15814023X-RAY DIFFRACTION99
1.2758-1.31330.16542320.15654017X-RAY DIFFRACTION99
1.3133-1.35570.17332510.15643989X-RAY DIFFRACTION99
1.3557-1.40420.16231930.15413980X-RAY DIFFRACTION97
1.4042-1.46040.17291950.15394041X-RAY DIFFRACTION99
1.4604-1.52690.1652330.14873976X-RAY DIFFRACTION99
1.5269-1.60740.16931770.14534054X-RAY DIFFRACTION99
1.6074-1.70810.13481830.14114004X-RAY DIFFRACTION98
1.7081-1.840.15032220.14633917X-RAY DIFFRACTION96
1.84-2.02510.13511920.1443922X-RAY DIFFRACTION96
2.0251-2.31820.14921750.14084027X-RAY DIFFRACTION98
2.3182-2.92060.14551760.14873984X-RAY DIFFRACTION97
2.9206-48.22130.17682080.1573788X-RAY DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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