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万見
- PDB-6q64: BT1044SeMet E190Q -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6q64
タイトルBT1044SeMet E190Q
要素Endoglycosidase
キーワードHYDROLASE / Glycoside hydrolase family 18 / complex N-glycans
機能・相同性Glycoside hydrolase family 18, BT1044-like / Glycoside hydrolase family 18, BT1044-like / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site signature. / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Glycoside hydrolase superfamily / carbohydrate metabolic process / Endo-beta-N-acetylglucosaminidase family protein
機能・相同性情報
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Basle, A. / Paterson, N. / Crouch, L. / Bolam, D.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/M029018/1 英国
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2019
タイトル: Complex N-glycan breakdown by gut Bacteroides involves an extensive enzymatic apparatus encoded by multiple co-regulated genetic loci.
著者: Briliute, J. / Urbanowicz, P.A. / Luis, A.S. / Basle, A. / Paterson, N. / Rebello, O. / Hendel, J. / Ndeh, D.A. / Lowe, E.C. / Martens, E.C. / Spencer, D.I.R. / Bolam, D.N. / Crouch, L.I.
履歴
登録2018年12月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月12日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年9月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endoglycosidase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,1181
ポリマ－42,1181
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area14120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.584, 119.584, 83.094
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Endoglycosidase / Glycoside hydrolase


分子量: 42117.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
遺伝子: BJP75_026240, BSIG_0571, Btheta7330_02659, ERS852430_00349, ERS852511_00641, HMPREF2534_00734
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0P0FQI4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 200 mM NaF, Bis-Tris propane pH 6.5, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9163 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9163 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→48.5 Å / Num. obs: 27124 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 11.1 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 10.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 2797 / CC1/2: 0.835 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称分類
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
Aimlessデータスケーリング
REFMAC精密化
Cootモデル構築
精密化解像度: 2.4→43.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 28.885 / SU ML: 0.249 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.2 / ESU R Free: 0.19 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24364 1318 4.9 %RANDOM
Rwork0.19712 ---
obs0.1993 25784 99.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 82.88 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.74 Å21.37 Å20 Å2
2--2.74 Å2-0 Å2
3----8.89 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.4→43.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2633 0 0 0 2633
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0132705
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172401
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9461.6543670
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3531.5775598
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.1075325
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.58123.655145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.88815430
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.9361511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2336
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023039
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02578
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.5175.9531303
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.5195.9511302
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.1768.9361627
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.1748.9391628
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.6236.3151402
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.626.3091400
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.59.342043
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.54268.9723088
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.54368.8993086
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.42 86 -
Rwork0.426 1883 -
obs--99.49 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 46.0134 Å / Origin y: 50.4194 Å / Origin z: 23.5 Å
111213212223313233
T0.1817 Å20.1532 Å20.0143 Å2-0.2559 Å2-0.0448 Å2--0.1 Å2
L1.6114 °2-0.3133 °21.0686 °2-1.3309 °2-0.3485 °2--4.2027 °2
S-0.182 Å °-0.2504 Å °0.2635 Å °0.2322 Å °0.0312 Å °0.2172 Å °-0.4546 Å °-0.8204 Å °0.1508 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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