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万見
- PDB-6q62: Xanthomonas albilineans Dihydropteroate synthase in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6q62
タイトルXanthomonas albilineans Dihydropteroate synthase in complex with (indole-2-carboxylic acid) and (6-chloroguanine)
要素Dihydropteroate synthase
キーワードTRANSFERASE / Complex / FBDD / Fragments
機能・相同性
機能・相同性情報


dihydropteroate synthase / dihydropteroate synthase activity / folic acid biosynthetic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dihydropteroate synthase signature 1. / Dihydropteroate synthase / Dihydropteroate synthase domain / Dihydropteroate synthase signature 2. / Dihydropteroate synthase-like / Pterin-binding domain / Pterin binding enzyme / Pterin-binding domain profile. / Dihydropteroate synthase-like / TIM Barrel ...Dihydropteroate synthase signature 1. / Dihydropteroate synthase / Dihydropteroate synthase domain / Dihydropteroate synthase signature 2. / Dihydropteroate synthase-like / Pterin-binding domain / Pterin binding enzyme / Pterin-binding domain profile. / Dihydropteroate synthase-like / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
6-chloroguanine / 1H-indole-2-carboxylic acid / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Dihydropteroate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Xanthomonas albilineans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Oliveira, A.A. / Hyvonen, M. / Guido, R.V.C.
資金援助 ブラジル, 1件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation2017/17816-4 ブラジル
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Xanthomonas albilineans Dihydropteroate synthase in complex with (indole-2-carboxylic acid) and (6-chloroguanine)
著者: Oliveira, A.A. / Hyvonen, M. / Guido, R.V.C.
履歴
登録2018年12月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydropteroate synthase
C: Dihydropteroate synthase
B: Dihydropteroate synthase
D: Dihydropteroate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,92226
ポリマ－127,5344
非ポリマー2,38822
水14,070781
1
A: Dihydropteroate synthase
B: Dihydropteroate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,87212
ポリマ－63,7672
非ポリマー1,10510
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3930 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area21710 Å2
手法PISA
2
C: Dihydropteroate synthase
D: Dihydropteroate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,05014
ポリマ－63,7672
非ポリマー1,28312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4270 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area20710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.382, 74.553, 89.299
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.21, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質
Dihydropteroate synthase / DHPS / Dihydropteroate pyrophosphorylase


分子量: 31883.580 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xanthomonas albilineans (バクテリア)
遺伝子: folP, XALc_1165 / プラスミド: pETTrx / 詳細 (発現宿主): Thioredoxin + 6xHis / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): T7Lac / 参照: UniProt: D2UDM3, dihydropteroate synthase

-
非ポリマー , 6種, 803分子

#2: 化合物
ChemComp-6GU / 6-chloroguanine / 6-chloro-9H-purin-2-amine / 6-クロロ-9H-プリン-2-アミン


分子量: 169.572 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H4ClN5
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-ICB / 1H-indole-2-carboxylic acid / 1H-インド-ル-2-カルボン酸


分子量: 161.157 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H7NO2
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 781 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 % / 解説: Monoclinic
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG 3.350, Li2SO4, Bis-tris

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Ambient temp details: Liquid nitrogen / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→54 Å / Num. obs: 137050 / % possible obs: 81.84 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 17.31 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.08753 / Rpim(I) all: 0.03612 / Rrim(I) all: 0.09483 / Net I/σ(I): 12.14
反射 シェル解像度: 1.6→1.657 Å / 冗長度: 6.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.39 / Num. unique obs: 5075 / CC1/2: 0.75 / % possible all: 36.32

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
BUSTER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6DAY

6day


解像度: 1.5→42.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU R Cruickshank DPI: 0.112 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.115 / SU Rfree Blow DPI: 0.108 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.107
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 6098 5.02 %RANDOM
Rwork0.211 ---
obs0.213 121443 71.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 23.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.0736 Å20 Å20.1292 Å2
2--0.2034 Å20 Å2
3----0.1297 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.25 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.5→42.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7778 0 147 781 8706
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.018082HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg111019HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2684SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1447HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8082HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.04
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.18
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1074SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact10090SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.54 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2707 111 4.58 %
Rwork0.2316 2315 -
all0.2335 2426 -
obs--19.44 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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