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- PDB-6q60: Structure of GluA2 ligand-binding domain (S1S2J) in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6q60
タイトルStructure of GluA2 ligand-binding domain (S1S2J) in complex with the agonist (S)-2-Amino-3-(2-methyl-5-hydroxy-2H-1,2,3-triazol-4-yl)propanoic acid at 1.55 A resolution
要素Glutamate receptor 2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / AMPA receptor / GluA2-S1S2 / ligand binding domain / agonist
機能・相同性
機能・相同性情報


spine synapse / dendritic spine neck / dendritic spine head / Activation of AMPA receptors / perisynaptic space / AMPA glutamate receptor activity / ligand-gated monoatomic cation channel activity / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / response to lithium ion / immunoglobulin binding ...spine synapse / dendritic spine neck / dendritic spine head / Activation of AMPA receptors / perisynaptic space / AMPA glutamate receptor activity / ligand-gated monoatomic cation channel activity / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / response to lithium ion / immunoglobulin binding / AMPA glutamate receptor complex / kainate selective glutamate receptor activity / ionotropic glutamate receptor complex / cellular response to glycine / extracellularly glutamate-gated ion channel activity / asymmetric synapse / regulation of receptor recycling / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / positive regulation of synaptic transmission / glutamate receptor binding / glutamate-gated receptor activity / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / response to fungicide / cytoskeletal protein binding / ionotropic glutamate receptor binding / presynaptic active zone membrane / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / somatodendritic compartment / glutamate-gated calcium ion channel activity / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / dendrite membrane / dendrite cytoplasm / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / SNARE binding / dendritic shaft / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / synaptic transmission, glutamatergic / PDZ domain binding / protein tetramerization / establishment of protein localization / synaptic membrane / modulation of chemical synaptic transmission / postsynaptic density membrane / terminal bouton / Schaffer collateral - CA1 synapse / cerebral cortex development / receptor internalization / synaptic vesicle membrane / synaptic vesicle / presynapse / signaling receptor activity / amyloid-beta binding / presynaptic membrane / growth cone / scaffold protein binding / chemical synaptic transmission / dendritic spine / perikaryon / postsynaptic membrane / neuron projection / postsynaptic density / axon / neuronal cell body / synapse / dendrite / protein-containing complex binding / protein kinase binding / glutamatergic synapse / cell surface / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / : / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region ...Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / : / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like II / Periplasmic binding protein-like I / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-HJH / : / Glutamate receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Moellerud, S. / Temperini, P. / Kastrup, J.S.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Use of the 4-Hydroxytriazole Moiety as a Bioisosteric Tool in the Development of Ionotropic Glutamate Receptor Ligands.
著者: Sainas, S. / Temperini, P. / Farnsworth, J.C. / Yi, F. / Mollerud, S. / Jensen, A.A. / Nielsen, B. / Passoni, A. / Kastrup, J.S. / Hansen, K.B. / Boschi, D. / Pickering, D.S. / Clausen, R.P. / Lolli, M.L.
履歴
登録2018年12月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月22日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutamate receptor 2
B: Glutamate receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,53925
ポリマ－58,5572
非ポリマー1,98223
水13,241735
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5890 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area24390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.344, 122.254, 47.351
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-737-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 1 through 20 or resid 22...
21(chain B and (resid 1 through 20 or resid 22...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 1 through 20 or resid 22...A1 - 20
121(chain A and (resid 1 through 20 or resid 22...A22 - 24
131(chain A and (resid 1 through 20 or resid 22...A26 - 42
141(chain A and (resid 1 through 20 or resid 22...A44 - 53
151(chain A and (resid 1 through 20 or resid 22...A78 - 106
161(chain A and (resid 1 through 20 or resid 22...A1 - 264
171(chain A and (resid 1 through 20 or resid 22...A157 - 163
181(chain A and (resid 1 through 20 or resid 22...A165 - 200
191(chain A and (resid 1 through 20 or resid 22...A203 - 2091
1101(chain A and (resid 1 through 20 or resid 22...A223 - 21
1111(chain A and (resid 1 through 20 or resid 22...A223 - 229
1121(chain A and (resid 1 through 20 or resid 22...A231 - 247
1131(chain A and (resid 1 through 20 or resid 22...A249 - 251
1141(chain A and (resid 1 through 20 or resid 22...A254 - 263
211(chain B and (resid 1 through 20 or resid 22...B1 - 20
221(chain B and (resid 1 through 20 or resid 22...B22 - 24
231(chain B and (resid 1 through 20 or resid 22...B26 - 42
241(chain B and (resid 1 through 20 or resid 22...B44 - 53
251(chain B and (resid 1 through 20 or resid 22...B78 - 106
261(chain B and (resid 1 through 20 or resid 22...B1 - 263
271(chain B and (resid 1 through 20 or resid 22...B157 - 163
281(chain B and (resid 1 through 20 or resid 22...B165 - 200
291(chain B and (resid 1 through 20 or resid 22...B203 - 2091
2101(chain B and (resid 1 through 20 or resid 22...B223 - 21
2111(chain B and (resid 1 through 20 or resid 22...B223 - 229
2121(chain B and (resid 1 through 20 or resid 22...B231 - 247
2131(chain B and (resid 1 through 20 or resid 22...B249 - 251
2141(chain B and (resid 1 through 20 or resid 22...B254 - 263

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Glutamate receptor 2 / GluR-2 / AMPA-selective glutamate receptor 2 / GluR-B / GluR-K2 / Glutamate receptor ionotropic / ...GluR-2 / AMPA-selective glutamate receptor 2 / GluR-B / GluR-K2 / Glutamate receptor ionotropic / AMPA 2 / GluA2


分子量: 29278.732 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The protein crystallized is the extracellular ligand-binding domain of GluA2. Transmembrane regions were replaced with a Gly-Thr linker (118-119). Sequence matches discontinously with the ...詳細: The protein crystallized is the extracellular ligand-binding domain of GluA2. Transmembrane regions were replaced with a Gly-Thr linker (118-119). Sequence matches discontinously with the reference database (413-527, 653-797). Residues 1-2 are cloning remnants.
由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Gria2, Glur2 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Origami B / 参照: UniProt: P19491

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非ポリマー , 6種, 758分子

#2: 化合物 ChemComp-HJH / (2~{S})-2-azanyl-3-(2-methyl-5-oxidanyl-1,2,3-triazol-4-yl)propanoic acid


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 186.169 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H10N4O3
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-LI / LITHIUM ION / リチウムカチオン


分子量: 6.941 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Li
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 735 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.39 %
結晶化温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 10% PEG4000, 0.1 M lithium sulfate, 0.1 M phosphate-citrate, pH 4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.979988 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979988 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→44.15 Å / Num. obs: 83759 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 16.4 Å2 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.094 / Rsym value: 0.087 / Net I/av σ(I): 4.7 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
1.55-1.636.70.3681.6121030.1550.40.368100
1.63-1.736.70.272.1114200.1140.2940.27100
1.73-1.856.80.1962.9107640.0810.2120.196100
1.85-26.90.1453.9100470.060.1570.145100
2-2.196.80.1164.992700.0480.1260.116100
2.19-2.456.70.1035.684290.0420.1110.103100
2.45-2.836.70.0886.774700.0360.0950.088100
2.83-3.476.90.0757.763620.030.0810.075100
3.47-4.96.70.0638.950150.0260.0680.063100
4.9-44.1556.40.0518.928790.0230.0560.05199.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.22データスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1M5B

1m5b


解像度: 1.55→44.155 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.28 / 位相誤差: 18.27
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1752 4173 5.01 %
Rwork0.148 --
obs0.1494 83371 99.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 108.04 Å2 / Biso mean: 24.3901 Å2 / Biso min: 9.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.55→44.155 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4095 0 236 751 5082
Biso mean--53.55 30.82 -
残基数----527
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094427
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.045973
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064652
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007741
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6872716
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2804X-RAY DIFFRACTION5.651TORSIONAL
12B2804X-RAY DIFFRACTION5.651TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.55-1.56760.22961180.20162629274799
1.5676-1.58610.25011290.22599272899
1.5861-1.60540.20591320.19392570270299
1.6054-1.62570.19951270.18862599272699
1.6257-1.64710.23671440.17352580272499
1.6471-1.66970.22181130.17232622273599
1.6697-1.69350.22071580.16772587274599
1.6935-1.71880.18621220.17452605272799
1.7188-1.74570.20641400.162326442784100
1.7457-1.77430.1871390.15242586272599
1.7743-1.80490.20561310.15262598272999
1.8049-1.83770.17131290.159226342763100
1.8377-1.87310.20931310.156926382769100
1.8731-1.91130.21571570.155926022759100
1.9113-1.95290.19721440.154626202764100
1.9529-1.99830.18521350.153426312766100
1.9983-2.04830.18841600.150226112771100
2.0483-2.10360.17371460.140526172763100
2.1036-2.16550.16021340.139126462780100
2.1655-2.23540.15691380.133226412779100
2.2354-2.31530.16661400.13426402780100
2.3153-2.4080.17381270.134326642791100
2.408-2.51760.18051410.144126662807100
2.5176-2.65030.1711450.141826462791100
2.6503-2.81640.18731310.14226802811100
2.8164-3.03380.17381430.146526812824100
3.0338-3.3390.1521610.141726732834100
3.339-3.82190.15731510.137927022853100
3.8219-4.81420.14871510.123927382889100
4.8142-44.17270.17571560.1782849300599
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.29720.0430.07572.8936-0.47092.1448-0.03610.0199-0.0767-0.11660.03450.00940.1138-0.0374-0.00490.11710.00170.00820.1086-0.00410.119229.835320.7421-32.9846
23.79340.18850.73141.87780.08072.99220.01050.1122-0.0586-0.08460.0102-0.29210.11820.4049-0.02070.11710.05080.02650.1226-0.00630.122242.129529.4474-39.066
30.42650.11240.08430.3273-0.22592.2961-0.019-0.03730.0226-0.0059-0.02940.0001-0.01340.1240.03870.11650.01990.01540.12890.0010.149338.526737.1569-28.0792
41.9450.3156-0.0612.9297-0.63272.57850.0027-0.08510.031-0.0174-0.083-0.2741-0.10730.52750.05270.1114-0.00840.01230.2470.00350.149349.163737.3921-18.497
51.0512-1.42551.00025.862-6.2088.9477-0.0863-0.1179-0.02820.1035-0.04550.13890.06970.09950.13410.13020.00780.0340.166-0.01630.169738.42334.9326-12.5154
62.7684-0.9615-1.42851.92250.36445.99620.00730.26950.0192-0.118-0.00590.0283-0.0138-0.15380.01520.10570.0051-0.00740.05340.00980.119427.107737.2395-38.045
72.9357-2.50433.96153.5932-4.34898.9168-0.0802-0.443-0.03870.21950.2530.08290.0638-0.551-0.2020.1841-0.00630.03990.1508-0.00070.160824.320428.7416-17.7927
81.6561-0.0471-0.35291.344-0.34451.76990.0386-0.01660.1032-0.0220.0012-0.0664-0.17440.0806-0.05540.1245-0.00920.01180.0979-0.01730.136729.668768.5266-32.7952
91.8271-0.31-0.70741.3041-0.0852.5950.06620.12280.0378-0.1150.00940.1859-0.0653-0.2978-0.07350.13510.0346-0.01160.12380.00790.146117.195559.8525-39.1715
100.25290.1095-0.39640.58640.10871.94960.0036-0.0076-0.01130.00730.01-0.01420.0006-0.0081-0.00780.10780.0125-0.0160.1053-0.00030.134220.607552.2307-28.1751
112.6060.6978-1.03514.67370.53153.2724-0.0930.0863-0.08050.0581-0.04180.27010.2746-0.30440.08130.1001-0.029-0.02320.1464-0.00040.18968.235447.3713-20.1519
122.94080.3196-0.47822.38251.16561.7168-0.0472-0.00550.0210.0194-0.00790.70410.1118-0.33290.06810.1078-0.0351-0.01950.17640.01510.23373.714449.8649-21.2951
133.69791.5183-1.62154.5784-0.31135.24950.1220.04080.18060.3482-0.07670.4514-0.1945-0.4246-0.12060.13420.01290.02230.1306-0.00730.18410.278361.8092-13.2119
140.642-0.2716-0.74690.5540.41651.29930.0089-0.08720.05230.02970.0678-0.0859-0.00110.1385-0.07540.13810.0056-0.01460.1361-0.00530.157727.884955.6825-22.939
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 47 )A1 - 47
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 48 through 79 )A48 - 79
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 80 through 123 )A80 - 123
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 124 through 202 )A124 - 202
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 203 through 217 )A203 - 217
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 218 through 243 )A218 - 243
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 244 through 264 )A244 - 264
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 1 through 47 )B1 - 47
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 48 through 79 )B48 - 79
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 80 through 123 )B80 - 123
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 124 through 152 )B124 - 152
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 153 through 173 )B153 - 173
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 174 through 187 )B174 - 187
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 188 through 263 )B188 - 263

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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