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- PDB-6q5y: Crystal structure of the SPOC domain of human PHF3 in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6q5y
タイトルCrystal structure of the SPOC domain of human PHF3 in complex with RNA polymerase II CTD diheptapeptide phosphorylated on Ser2Ser5
要素
  • PHD finger protein 3
  • pSer2pSer5
キーワードTRANSCRIPTION / SPOC domain / PHF3 / Pol II / pSer2Ser5 peptide
機能・相同性
機能・相同性情報


microfibril binding / Abortive elongation of HIV-1 transcript in the absence of Tat / FGFR2 alternative splicing / MicroRNA (miRNA) biogenesis / Viral Messenger RNA Synthesis / Signaling by FGFR2 IIIa TM / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex ...microfibril binding / Abortive elongation of HIV-1 transcript in the absence of Tat / FGFR2 alternative splicing / MicroRNA (miRNA) biogenesis / Viral Messenger RNA Synthesis / Signaling by FGFR2 IIIa TM / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / mRNA Capping / mRNA Splicing - Minor Pathway / PIWI-interacting RNA (piRNA) biogenesis / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA polymerase II, core complex / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / Inhibition of DNA recombination at telomere / mRNA Splicing - Major Pathway / positive regulation of RNA splicing / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / promoter-specific chromatin binding / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / DNA-templated transcription termination / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / kinase binding / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity / chromosome / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / Estrogen-dependent gene expression / transcription by RNA polymerase II / hydrolase activity / RNA-directed RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase activity / ubiquitin protein ligase binding / DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Spen paralogue and orthologue SPOC, C-terminal / SPOC domain / Transcription factor S-II (TFIIS), central domain / Domain in the central regions of transcription elongation factor S-II (and elsewhere) / Transcription elongation factor S-II, central domain / Transcription elongation factor S-II, central domain superfamily / TFIIS central domain profile. / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. ...Spen paralogue and orthologue SPOC, C-terminal / SPOC domain / Transcription factor S-II (TFIIS), central domain / Domain in the central regions of transcription elongation factor S-II (and elsewhere) / Transcription elongation factor S-II, central domain / Transcription elongation factor S-II, central domain superfamily / TFIIS central domain profile. / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / Zinc finger, FYVE/PHD-type / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / PHD finger protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Grishkovskaya, I. / Djinovic-Carugo, K. / Slade, D.
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: PHF3 regulates neuronal gene expression through the Pol II CTD reader domain SPOC
著者: Appel, L.M. / Franke, V. / Bruno, M. / Grishkovskaya, I. / Kasiliauskaite, A. / Kaufmann, T. / Schoeberl, U.E. / Puchinger, M.G. / Kostrhon, S. / Ebenwaldner, C. / Sebesta, M. / Beltzung, E. ...著者: Appel, L.M. / Franke, V. / Bruno, M. / Grishkovskaya, I. / Kasiliauskaite, A. / Kaufmann, T. / Schoeberl, U.E. / Puchinger, M.G. / Kostrhon, S. / Ebenwaldner, C. / Sebesta, M. / Beltzung, E. / Mechtler, K. / Lin, G. / Vlasova, A. / Leeb, M. / Pavri, R. / Stark, A. / Akalin, A. / Stefl, R. / Bernecky, C. / Djinovic-Carugo, K. / Slade, D.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2020
タイトル: PHF3 regulates neuronal gene expression through the new Pol II CTD reader domain SPOC
著者: Appel, L.M. / Franke, V. / Bruno, M. / Grishkovskaya, I. / Kasiliauskaite, A. / Schoeberl, U.E. / Puchinger, M.G. / Kostrhon, S. / Beltzung, E. / Mechtler, K. / Lin, G. / Vlasova, A. / Leeb, ...著者: Appel, L.M. / Franke, V. / Bruno, M. / Grishkovskaya, I. / Kasiliauskaite, A. / Schoeberl, U.E. / Puchinger, M.G. / Kostrhon, S. / Beltzung, E. / Mechtler, K. / Lin, G. / Vlasova, A. / Leeb, M. / Pavri, R. / Stark, A. / Akalin, A. / Stefl, R. / Bernecky, C. / Djinovic-Carugo, K. / Slade, D.
履歴
登録2018年12月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月27日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / diffrn_source / pdbx_database_proc / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength / _diffrn_source.pdbx_wavelength_list
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.journal_id_ISSN / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id ..._citation.journal_id_ISSN / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PHD finger protein 3
B: PHD finger protein 3
C: PHD finger protein 3
D: PHD finger protein 3
E: pSer2pSer5
F: pSer2pSer5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,3996
ポリマ－76,3996
非ポリマー00
水18010
1
A: PHD finger protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2111
ポリマ－18,2111
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area8880 Å2
手法PISA
2
B: PHD finger protein 3
F: pSer2pSer5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9892
ポリマ－19,9892
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1120 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area9630 Å2
手法PISA
3
C: PHD finger protein 3
E: pSer2pSer5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9892
ポリマ－19,9892
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1000 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area8740 Å2
手法PISA
4
D: PHD finger protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2111
ポリマ－18,2111
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area8020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.832, 67.832, 178.118
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLNGLNAA1206 - 135412 - 160
21GLNGLNBB1206 - 135412 - 160
12LYSLYSAA1206 - 135212 - 158
22LYSLYSCC1206 - 135212 - 158
13GLNGLNAA1206 - 135412 - 160
23GLNGLNDD1206 - 135412 - 160
14ARGARGBB1206 - 135312 - 159
24ARGARGCC1206 - 135312 - 159
15GLNGLNBB1206 - 135412 - 160
25GLNGLNDD1206 - 135412 - 160
16LYSLYSCC1206 - 135212 - 158
26LYSLYSDD1206 - 135212 - 158

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
PHD finger protein 3


分子量: 18211.150 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PHF3, KIAA0244 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q92576
#2: タンパク質・ペプチド pSer2pSer5


分子量: 1777.412 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P24928*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.27 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.03 M MgCl2, 0.03 M CaCl2, 0.1 M imidazole-MES pH 6.5, 20% glycerol and 10% PEG4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.0723 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0723 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.262
11K, H, -L20.233
11-K, -H, -L30.251
11-h,-k,l40.254
反射解像度: 2.85→44.53 Å / Num. obs: 21184 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.157 / Rpim(I) all: 0.124 / Rrim(I) all: 0.183 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル解像度: 2.85→3 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 1.432 / Num. unique obs: 3104 / Rpim(I) all: 0.819 / Rrim(I) all: 1.662 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6Q2V

6q2v


解像度: 2.85→41.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 4.794 / SU ML: 0.109 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.378 / ESU R Free: 0.069 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22689 1017 4.8 %RANDOM
Rwork0.19212 ---
obs0.19394 20123 98.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å
原子変位パラメータBiso mean: 71.322 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.47 Å20 Å20 Å2
2--7.47 Å20 Å2
3----14.95 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.85→41.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4908 0 0 10 4918
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0135029
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0174777
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3851.6566840
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0611.57411114
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.9665607
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.87121.878229
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.89615850
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.5211528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0560.2654
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025429
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021019
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.5587.7072449
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.5557.7072449
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.27511.5483049
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other7.27411.5483050
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4177.7762580
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.4047.7772577
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.4411.6183792
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined12.26619085
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other12.26619086
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A36840.22
12B36840.22
21A37400.21
22C37400.21
31A38290.21
32D38290.21
41B38790.19
42C38790.19
51B39250.19
52D39250.19
61C40040.19
62D40040.19
LS精密化 シェル解像度: 2.85→2.924 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.192 53 -
Rwork0.199 1513 -
obs--99.37 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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