PDB-6q5v: 1-Cys SiPrx, a Prx6-family 1-Cys peroxiredoxin of the thermoacido...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6q5v

タイトル

1-Cys SiPrx, a Prx6-family 1-Cys peroxiredoxin of the thermoacidophilic archaeon Sulfolobus islandicus

要素

Peroxiredoxin

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Archaea / Peroxiredoxin / Sulfolobus islandicus

機能・相同性

機能・相同性情報

thioredoxin-dependent peroxiredoxin / peroxiredoxin activity / peroxidase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Sulfolobus islandicus (好気性・好酸性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.747 Å

データ登録者

Stroobants, S. / Maes, D. / Peeters, E. / van Molle, I.

資金援助

ベルギー, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2019
タイトル: Structure of the Prx6-subfamily 1-Cys peroxiredoxin from Sulfolobus islandicus.
著者: Stroobants, S. / Van Molle, I. / Saidi, Q. / Jonckheere, K. / Maes, D. / Peeters, E.

履歴

登録	2018年12月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え	2019年5月29日	ID: 6GWW
改定 1.0	2019年5月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年6月26日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6q5v.cif.gz	638.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6q5v.ent.gz	504.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6q5v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6q5v_validation.pdf.gz	484.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6q5v_full_validation.pdf.gz	519.1 KB	表示
XML形式データ	6q5v_validation.xml.gz	72.6 KB	表示
CIF形式データ	6q5v_validation.cif.gz	78.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q5/6q5v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q5/6q5v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3a2vS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6iu1-1 6iu1-2 4xs4-1 4llr-d 5zte-2 3w6g-1 5zte-1 1x0r-d 4xra-1 7kj1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Peroxiredoxin

B: Peroxiredoxin

C: Peroxiredoxin

D: Peroxiredoxin

E: Peroxiredoxin

F: Peroxiredoxin

G: Peroxiredoxin

H: Peroxiredoxin

I: Peroxiredoxin

J: Peroxiredoxin

247 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.789, 159.060, 189.316
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Peroxiredoxin 分子量: 24676.654 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sulfolobus islandicus (strain REY15A) (好気性・好酸性) 株: REY15A / 遺伝子: SiRe_0346 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): CondonPlus / 参照: UniProt: F0NEA3, peroxiredoxin

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.21 %
結晶化	温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 15% w/v PEG1500 and 0.1M MgCl2 in a 10 mMTris buffer

-
データ収集

回折	平均測定温度: 90 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.747→76.186 Å / Num. obs: 51577 / % possible obs: 74.6 % / 冗長度: 5.5 % / B_iso Wilson estimate: 64.8 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.095 / R_pim(I) all: 0.044 / R_rim(I) all: 0.105 / Net I/σ(I): 12.7
反射シェル	解像度: 2.747→2.862 Å / 冗長度: 5.7 % / R_merge(I) obs: 0.957 / Mean I/σ(I) obs: 33 / Num. unique obs: 2580 / CC_1/2: 0.776 / R_pim(I) all: 0.433 / R_rim(I) all: 1.053 / % possible all: 33

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
XDS		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3a2v

3a2v

解像度: 2.747→76.186 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.25
詳細: The diffraction data is anisotropic so STARANISO was used for an anisotrpic resolution cut-off and scaling. The determined cut-offs for the a*, b* and c* axes are 3.65 , 2.76 and 2.55 A ...

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2282	2631	5.11 %
R_work	0.213	-	-
obs	0.2137	51522	74.54 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.747→76.186 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16820	0	0	0	16820

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	17280
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.603	23470
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	26.415	10340
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	2600
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	2950

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7468-2.7968	0.4176	66	0.4013	1063	X-RAY DIFFRACTION	31
2.7968-2.8506	0.4501	62	0.3671	1158	X-RAY DIFFRACTION	34
2.8506-2.9088	0.447	50	0.3648	1250	X-RAY DIFFRACTION	36
2.9088-2.972	0.3539	77	0.3695	1370	X-RAY DIFFRACTION	40
2.972-3.0412	0.4796	79	0.3496	1490	X-RAY DIFFRACTION	44
3.0412-3.1172	0.4423	81	0.362	1716	X-RAY DIFFRACTION	49
3.1172-3.2015	0.3474	127	0.3431	1875	X-RAY DIFFRACTION	56
3.2015-3.2957	0.3151	117	0.3306	2167	X-RAY DIFFRACTION	64
3.2957-3.4021	0.3351	160	0.3016	2619	X-RAY DIFFRACTION	77
3.4021-3.5237	0.3033	146	0.2685	3036	X-RAY DIFFRACTION	88
3.5237-3.6648	0.2466	160	0.2544	3244	X-RAY DIFFRACTION	94
3.6648-3.8315	0.273	193	0.2499	3400	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8315-4.0335	0.2556	191	0.2334	3443	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0335-4.2862	0.2054	201	0.1874	3435	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2862-4.6171	0.1811	196	0.1648	3455	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6171-5.0817	0.1508	169	0.158	3492	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0817-5.8168	0.2051	187	0.1661	3495	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8168-7.3276	0.1919	165	0.1764	3551	X-RAY DIFFRACTION	100
7.3276-76.2151	0.1674	204	0.1719	3632	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1601	0.1858	0.0964	1.4986	0.718	2.6856	0.0897	-0.1288	0.021	-0.1702	-0.0737	0.1258	-0.1028	-0.2309	0.0024	0.2689	0.1175	0.0058	0.4635	0.0229	0.4022	-10.0105	110.8923	-8.132
2	0.2917	0.141	0.0776	1.6553	0.6173	2.4142	0.0339	-0.0721	0.0126	-0.2618	0.1112	-0.3036	-0.1444	0.0719	0.2145	0.3518	0.0537	0.1271	0.4032	0.0045	0.3998	6.6614	109.325	-15.7189
3	0.6904	-0.4328	0.0254	2.5529	-0.6862	1.1041	0.0701	0.009	-0.0621	-0.0862	-0.0582	0.1184	0.096	-0.3013	-0.0616	0.16	0.0083	-0.0118	0.3505	-0.0285	0.3105	-9.2324	90.4169	38.5485
4	0.5961	0.0947	0.1323	1.3373	-1.0115	1.9706	0.0284	0.0401	-0.012	-0.0256	-0.0367	-0.1608	0.0886	-0.0005	0.1096	0.1679	0.048	0.0049	0.2695	-0.0417	0.384	6.7483	98.2275	33.9624
5	0.6337	-0.188	-0.3936	1.7256	0.9242	1.783	0.0461	0.0632	0.0828	-0.1267	-0.0968	0.146	-0.0044	-0.0558	0.0253	0.2916	-0.0325	-0.0518	0.2647	0.0427	0.3427	-6.1218	39.8436	33.9552
6	0.8397	-0.4603	-0.0258	2.4958	0.8454	0.7632	0.1042	0.0516	0.1362	-0.1775	-0.1654	-0.2094	0.0356	0.0821	-0.2679	0.2957	-0.0548	0.0199	0.3748	0.0708	0.3791	9.9075	47.4122	38.8864
7	0.6184	-0.1837	-0.251	1.2037	-0.9438	2.278	0.1384	-0.019	0.0223	-0.1342	0.0289	0.1468	0.2695	-0.131	0.2186	0.818	-0.0048	-0.0228	0.3643	-0.0348	0.3748	-5.6775	28.3825	-15.6331
8	0.8243	-0.0791	-0.2908	1.2925	-0.8196	2.5192	0.1782	-0.0516	0.0633	-0.1639	-0.0576	-0.0819	0.1833	0.2153	0.2245	0.6138	0.0415	0.0627	0.3905	-0.0077	0.368	10.8823	26.5962	-7.8092
9	0.313	-0.1283	-0.5898	2.3744	0.7432	1.8046	0.1214	0.0077	0.019	-0.1051	-0.1141	0.1907	-0.1457	-0.2858	0.0872	0.248	0.0701	-0.071	0.3663	0.0333	0.4049	-7.3572	72.4899	-41.795
10	0.1288	-0.08	-0.8242	2.7429	0.3873	2.2032	0.067	-0.0934	-0.05	-0.0025	0.0898	0.0374	-0.0385	0.4452	0.2926	0.2291	0.0235	0.0368	0.4139	-0.027	0.3043	9.3588	65.0651	-41.2843

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resseq 5:212)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain B and resseq 5:212)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain C and resseq 5:212)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain D and resseq 5:212)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain E and resseq 5:212)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain F and resseq 5:212)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain G and resseq 5:212)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain H and resseq 5:212)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain I and resseq 5:212)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain J and resseq 5:212)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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