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- PDB-6q5b: OXA-48_P68A-AVI. Evolutionary trade-offs of OXA-48 mediated cefta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6q5b
タイトルOXA-48_P68A-AVI. Evolutionary trade-offs of OXA-48 mediated ceftazidime-avibactam resistance
要素(Beta-lactamase) x 2
キーワードANTIBIOTIC / OXA-48 / ceftazidime / avibactam / resistance development / evolution / Escherichia coli / Klebsiella pneumoniae / carbapenemase / carbapenem
機能・相同性
機能・相同性情報


penicillin binding / antibiotic catabolic process / cell wall organization / beta-lactamase / beta-lactamase activity / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-D active site / Beta-lactamase class-D active site. / : / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBON DIOXIDE / Chem-NXL / Beta-lactamase OXA-48
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.22 Å
データ登録者Frohlich, C. / Sorum, V. / Thomassen, A.M. / Johnsen, P.J. / Leiros, H.K.S. / Samuelsen, O.
資金援助 ノルウェー, 1件
組織認可番号国
Research Council of NorwayA32689 ノルウェー
引用ジャーナル: Msphere / 年: 2019
タイトル: OXA-48-Mediated Ceftazidime-Avibactam Resistance Is Associated with Evolutionary Trade-Offs.
著者: Frohlich, C. / Sorum, V. / Thomassen, A.M. / Johnsen, P.J. / Leiros, H.S. / Samuelsen, O.
履歴
登録2018年12月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年7月8日Group: Structure summary / カテゴリ: chem_comp / Item: _chem_comp.pdbx_synonyms
改定 1.32024年1月24日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
B: Beta-lactamase
C: Beta-lactamase
D: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,96415
ポリマ－121,5694
非ポリマー1,39511
水12,592699
1
A: Beta-lactamase
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,4698
ポリマ－60,7842
非ポリマー6856
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2310 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area20310 Å2
手法PISA
2
C: Beta-lactamase
D: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,4947
ポリマ－60,7842
非ポリマー7105
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2470 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area20290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.115, 105.802, 125.268
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Beta-lactamase


分子量: 30370.686 Da / 分子数: 2 / 変異: P68A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: A P68A mutatnt / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
遺伝子: bla OXA-48, bla_2, bla_4, blaOXA-48, KPE71T_00045, SAMEA3673128_05462, SAMEA3727643_05844, SAMEA3729690_05506
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6XEC0, beta-lactamase
#2: タンパク質 Beta-lactamase


分子量: 30413.686 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
遺伝子: bla OXA-48, bla_2, bla_4, blaOXA-48, KPE71T_00045, SAMEA3673128_05462, SAMEA3727643_05844, SAMEA3729690_05506
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6XEC0, beta-lactamase

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非ポリマー , 5種, 710分子

#3: 化合物
ChemComp-NXL / (2S,5R)-1-formyl-5-[(sulfooxy)amino]piperidine-2-carboxamide / avibactam, bound form / NXL104, bound form


分子量: 267.260 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H13N3O6S / コメント: 抗生剤, 阻害剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-CO2 / CARBON DIOXIDE / 二酸化炭素


分子量: 44.010 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO2
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 699 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.78 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20 to 30 % polyethylene glycol monomethyl ether 5,000 and 0.1 M bis-tris propane buffer pH 6.5 to 7.5
PH範囲: 6.5-7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.22→25 Å / Num. obs: 58434 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.22 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.196 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 2.22→2.28 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5QB4

5qb4


解像度: 2.22→24.831 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2621 2188 3.76 %
Rwork0.204 --
obs0.2062 58236 99.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.22→24.831 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7758 0 83 699 8540
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0128053
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1810889
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.5514725
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061144
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071396
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.22-2.26830.35571100.26793476X-RAY DIFFRACTION100
2.2683-2.3210.32471590.27323445X-RAY DIFFRACTION100
2.321-2.3790.32131450.26083428X-RAY DIFFRACTION100
2.379-2.44330.29391240.25263473X-RAY DIFFRACTION100
2.4433-2.51510.32291260.24393499X-RAY DIFFRACTION100
2.5151-2.59620.32751230.24183470X-RAY DIFFRACTION100
2.5962-2.68890.3021460.23163447X-RAY DIFFRACTION100
2.6889-2.79640.28591510.21453475X-RAY DIFFRACTION100
2.7964-2.92350.29551420.21663482X-RAY DIFFRACTION100
2.9235-3.07730.26111280.21213491X-RAY DIFFRACTION100
3.0773-3.26980.27581350.20713538X-RAY DIFFRACTION100
3.2698-3.52160.24941490.18843474X-RAY DIFFRACTION99
3.5216-3.87480.24311340.16593525X-RAY DIFFRACTION100
3.8748-4.43270.20921490.1573558X-RAY DIFFRACTION100
4.4327-5.57430.18631410.16013556X-RAY DIFFRACTION99
5.5743-24.83260.27851260.2193711X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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