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- PDB-6q5a: Crystal structure of Cryptosporidium hominis CPSF3 in the apo form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6q5a
タイトルCrystal structure of Cryptosporidium hominis CPSF3 in the apo form
要素Cleavage and Polyadenylation Specificity Factor 3
キーワードRNA BINDING PROTEIN / mRNA processing factor / metallo-beta-lactamase / beta-CASP / oxaborole-inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA processing / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Pre-mRNA 3'-end-processing endonuclease polyadenylation factor C-term / CPSF73-100_C / Rossmann fold - #10890 / Metallo-beta-lactamase superfamily domain / : / Beta-Casp domain / Beta-Casp domain / Beta-Casp domain / Zn-dependent metallo-hydrolase, RNA specificity domain / Zn-dependent metallo-hydrolase RNA specificity domain ...Pre-mRNA 3'-end-processing endonuclease polyadenylation factor C-term / CPSF73-100_C / Rossmann fold - #10890 / Metallo-beta-lactamase superfamily domain / : / Beta-Casp domain / Beta-Casp domain / Beta-Casp domain / Zn-dependent metallo-hydrolase, RNA specificity domain / Zn-dependent metallo-hydrolase RNA specificity domain / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / Beta-Casp domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Cryptosporidium hominis (ヒトクリプトスポリジウム)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Palencia, A. / Swale, C.
資金援助 フランス, 2件
組織認可番号国
European CommissioniNEXT Grant 653706 フランス
French National Research AgencyANR-11-LABX- 0024 Parafrap フランス
引用ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2019
タイトル: Metal-captured inhibition of pre-mRNA processing activity by CPSF3 controls Cryptosporidium infection.
著者: Swale, C. / Bougdour, A. / Gnahoui-David, A. / Tottey, J. / Georgeault, S. / Laurent, F. / Palencia, A. / Hakimi, M.A.
履歴
登録2018年12月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月30日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.title / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id ..._citation.title / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cleavage and Polyadenylation Specificity Factor 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,72410
ポリマ－54,0101
非ポリマー7149
水8,485471
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1560 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area18380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.360, 90.360, 238.660
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-505-

IPA

21A-697-

HOH

31A-904-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Cleavage and Polyadenylation Specificity Factor 3 / CPSF3


分子量: 54010.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cryptosporidium hominis (ヒトクリプトスポリジウム)
遺伝子: CHUDEA8_460 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIL Codon plus / 参照: UniProt: A0A0S4TJL4

-
非ポリマー , 6種, 480分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 471 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.8 % / 解説: needles
結晶化温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 17% (v/v) Poly Ethylene Glycol 4000, 10% (v/v) Isopropanol, 100 mM HEPES pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→48 Å / Num. obs: 82588 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 10.1 % / CC1/2: 0.99 / Rrim(I) all: 0.07 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル解像度: 1.55→1.66 Å / 冗長度: 9.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 14867 / CC1/2: 0.84 / Rrim(I) all: 0.9 / Rsym value: 0.8 / % possible all: 96.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0230精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6Q55

6q55


解像度: 1.55→47.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / SU B: 3.267 / SU ML: 0.051 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.071 / ESU R Free: 0.066 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17931 4197 5.1 %RANDOM
Rwork0.1376 ---
obs0.13969 78391 98.03 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 26.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.95 Å2-0.47 Å20 Å2
2---0.95 Å20 Å2
3---3.08 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.55→47.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3613 0 35 471 4119
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0143870
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0173578
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2931.6585269
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9191.6438419
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5585512
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.4821.837196
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.80615687
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.1591527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2530
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024365
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02707
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6222.3731901
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.6192.3711900
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.243.5752390
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.2393.5762391
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2942.751969
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.2952.7511970
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.1333.9722856
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.9431.2514530
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.72830.194376
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr7.28337446
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free65.5335231
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded27.657591
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.228 295 -
Rwork0.216 5544 -
obs--95.75 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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