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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6q53 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE LIGHT-HARVESTING COMPLEX II (B800-850) FROM Ectothiorhodospira haloalkaliphila | ||||||
要素 |
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キーワード | PHOTOSYNTHESIS / LIGHT HARVESTING COMPLEX / BACTERIOCHLOROPHYLL / DEXTER ENERGY TRANSFER / FOERSTER EXCITON TRANSFER MECHANISM / MEMBRANE PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / membrane => GO:0016020 / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Ectothiorhodospira haloalkaliphila (紅色硫黄細菌) Halorhodospira halochloris str. A (紅色硫黄細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.701 Å | ||||||
データ登録者 | Gabdulkhakov, A.G. | ||||||
資金援助 | ロシア, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Phys.Chem.B / 年: 2019 タイトル: Controlling Photosynthetic Excitons by Selective Pigment Photooxidation. 著者: Leiger, K. / Linnanto, J.M. / Ratsep, M. / Timpmann, K. / Ashikhmin, A.A. / Moskalenko, A.A. / Fufina, T.Y. / Gabdulkhakov, A.G. / Freiberg, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6q53.cif.gz | 70 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6q53.ent.gz | 53.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6q53.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6q53_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6q53_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6q53_validation.xml.gz | 16.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6q53_validation.cif.gz | 18.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q5/6q53 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q5/6q53 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1lghS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7139.147 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Ectothiorhodospira haloalkaliphila (紅色硫黄細菌) 発現宿主: Ectothiorhodospira haloalkaliphila (紅色硫黄細菌) #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5308.088 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Halorhodospira halochloris str. A (紅色硫黄細菌) 遺伝子: M911_15650 発現宿主: Ectothiorhodospira haloalkaliphila (紅色硫黄細菌) 参照: UniProt: W8L932 #3: 化合物 | ChemComp-BCL / #4: 化合物 | #5: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: 3.5% 1,2,3-heptanetriol, 2% dioxane, 0.05% LDAO and 1 M potassium phosphate, |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97989 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97989 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.6→100 Å / Num. obs: 11486 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 18.6 % / Net I/σ(I): 10.8 |
反射 シェル | 解像度: 3.6→3.7 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1LGH 解像度: 3.701→29.959 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.11
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.701→29.959 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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