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- PDB-5a9p: Crystal structure of Operophtera brumata CPV18 polyhedra -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5a9p
タイトルCrystal structure of Operophtera brumata CPV18 polyhedra
要素POLYHEDRIN
キーワードVIRAL PROTEIN / INSECT VIRUS OCCLUSION BODY / MICROCRYSTAL
機能・相同性Cypovirus polyhedrin, Cypovirus 1 type / Cypovirus polyhedrin protein / ATP binding / metal ion binding / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Polyhedrin
機能・相同性情報
生物種OPEROPHTERA BRUMATA CYPOVIRUS 18 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.476 Å
データ登録者Ji, X. / Axford, D. / Owen, R. / Evans, G. / Ginn, H.M. / Sutton, G. / Stuart, D.I.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2015
タイトル: Polyhedra Structures and the Evolution of the Insect Viruses.
著者: Ji, X. / Axford, D. / Owen, R. / Evans, G. / Ginn, H.M. / Sutton, G. / Stuart, D.I.
履歴
登録2015年7月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月14日Group: Database references
改定 2.02019年10月23日Group: Atomic model / Data collection / Other / カテゴリ: atom_site / pdbx_database_status
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: POLYHEDRIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4373
ポリマ－28,4071
非ポリマー1,0302
水4,558253
1
A: POLYHEDRIN
ヘテロ分子

A: POLYHEDRIN
ヘテロ分子

A: POLYHEDRIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,3119
ポリマ－85,2203
非ポリマー3,0916
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
Buried area12710 Å2
ΔGint-68.8 kcal/mol
Surface area34370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.770, 102.770, 102.770
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2011-

HOH

21A-2029-

HOH

31A-2122-

HOH

41A-2181-

HOH

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要素

#1: タンパク質 POLYHEDRIN


分子量: 28406.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) OPEROPHTERA BRUMATA CYPOVIRUS 18 (ウイルス)
細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q30C70
#2: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 253 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 21

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試料調製

結晶解説: NONE
結晶化pH: 7.5 / 詳細: PH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.979
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.48→72.7 Å / Num. obs: 30415 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 12.9 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 1.48→1.51 Å / 冗長度: 8.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2OH6

2oh6


解像度: 1.476→72.669 Å / SU ML: 0.13 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 13.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1475 1538 5.1 %
Rwork0.1302 --
obs0.1311 30415 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.476→72.669 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2001 0 63 253 2317
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052124
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1462901
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.395777
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067291
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005373
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4763-1.5240.23881480.22822612X-RAY DIFFRACTION100
1.524-1.57840.21661300.20662588X-RAY DIFFRACTION100
1.5784-1.64160.23461220.18662612X-RAY DIFFRACTION100
1.6416-1.71630.19441230.16892634X-RAY DIFFRACTION100
1.7163-1.80680.18771430.15282590X-RAY DIFFRACTION100
1.8068-1.92010.17471360.14112617X-RAY DIFFRACTION100
1.9201-2.06830.13321510.11762611X-RAY DIFFRACTION100
2.0683-2.27650.12871460.10652608X-RAY DIFFRACTION100
2.2765-2.60590.12081370.10752635X-RAY DIFFRACTION100
2.6059-3.28320.12561510.1042647X-RAY DIFFRACTION100
3.2832-72.75750.11481510.10932723X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 34.1141 Å / Origin y: 21.1181 Å / Origin z: 8.7019 Å
111213212223313233
T0.0511 Å2-0.0009 Å20.0015 Å2-0.0477 Å2-0.0006 Å2--0.0497 Å2
L0.0019 °20.0003 °20.0025 °2-0.0027 °20.0018 °2--0.0037 °2
S-0.0007 Å °-0.0018 Å °-0.0001 Å °0.0002 Å °-0.0041 Å °-0.0018 Å °-0 Å °0.0017 Å °-0.0005 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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