PDB-6q2t: Human sterol 14a-demethylase (CYP51) in complex with the function...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6q2t

タイトル

Human sterol 14a-demethylase (CYP51) in complex with the functionally irreversible inhibitor (R)-N-(1-(3-chloro-4'-fluoro-[1,1'-biphenyl]-4-yl)-2-(1H-imidazol-1-yl)ethyl)-4-(5-(3-fluoro-5-(5-fluoropyrimidin-4-yl)phenyl)-1,3,4-oxadiazol-2-yl)benzamide

要素

Lanosterol 14-alpha demethylase

キーワード

OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / monooxygenase / sterol biosynthesis / cytochrome P450 / structure-based drug design / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

sterol 14alpha-demethylase / sterol 14-demethylase activity / steroid 7-alpha-hydroxylase activity / oxysterol 7-alpha-hydroxylase activity / negative regulation of amyloid-beta clearance / sterol metabolic process / bile acid biosynthetic process / Cholesterol biosynthesis / EGR2 and SOX10-mediated initiation of Schwann cell myelination / steroid biosynthetic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Friggeri, L. / Hargrove, T.Y. / Wawrzak, Z. / Lepesheva, G.I.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Validation of Human Sterol 14 alpha-Demethylase (CYP51) Druggability: Structure-Guided Design, Synthesis, and Evaluation of Stoichiometric, Functionally Irreversible Inhibitors.
著者: Friggeri, L. / Hargrove, T.Y. / Wawrzak, Z. / Guengerich, F.P. / Lepesheva, G.I.

履歴

登録	2019年8月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年11月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.2	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6q2t.cif.gz	209.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6q2t.ent.gz	162.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6q2t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6q2t_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6q2t_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	6q2t_validation.xml.gz	7.3 KB	表示
CIF形式データ	6q2t_validation.cif.gz	16.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q2/6q2t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q2/6q2t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4uhiS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2wmg-d 6ii6-2 2b7b-d 2i6e-3 1f60-d 1ijf-d 6ii6-1 6ekk-2 1g7c-d 2wmi-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (3) #96 - 2007年12月酸化スクアレン環化酵素 (Oxidosqualene Cyclase) 類似性 (2) #247 - 2020年7月ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein) 類似性 (1) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#82 - 2006年10月
シトクロムp450 (Cytochrome p450)
類似性 (3)
#96 - 2007年12月
酸化スクアレン環化酵素 (Oxidosqualene Cyclase)
類似性 (2)
#247 - 2020年7月
ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein)
類似性 (1)
#155 - 2012年11月
ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor)
類似性 (1)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Lanosterol 14-alpha demethylase

B: Lanosterol 14-alpha demethylase

ヘテロ分子

109 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Lanosterol 14-alpha demethylase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, This is a membrane-bound protein, it is knowm to function as a monomer. Please do not change to "dimer"
56.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Lanosterol 14-alpha demethylase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
52.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	117.664, 117.664, 157.842
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	79
Space group name H-M	I4

#1: タンパク質	Lanosterol 14-alpha demethylase / LDM / CYPLI / Cytochrome P450 51A1 / Cytochrome P450-14DM / Cytochrome P45014DM / Cytochrome P450LI ...LDM / CYPLI / Cytochrome P450 51A1 / Cytochrome P450-14DM / Cytochrome P45014DM / Cytochrome P450LI / Sterol 14-alpha demethylase 分子量: 51052.539 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 61-503 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYP51A1, CYP51 / プラスミド: pCW / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HMS174 参照: UniProt: Q16850, sterol 14alpha-demethylase, sterol 14alpha-demethylase
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-PJM / N-[(1R)-1-(3-chloro-4'-fluoro[1,1'-biphenyl]-4-yl)-2-(1H-imidazol-1-yl)ethyl]-4-{5-[3-fluoro-5-(5-fluoropyrimidin-4-yl)phenyl]-1,3,4-oxadiazol-2-yl}benzamide 分子量: 678.062 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₆H₂₃ClF₃N₇O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-DXC / (3ALPHA,5BETA,12ALPHA)-3,12-DIHYDROXYCHOLAN-24-OIC ACID / DEOXYCHOLIC ACID / デオキシコ-ル酸分子量: 392.572 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₄₀O₄ / コメント: 可溶化剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.02 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 15 mM sodium cholate, 8% PEG3350, 0.2 M potassium formate, pH 7.4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年3月19日
放射	モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→94.35 Å / Num. obs: 26405 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.6 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 12.3
反射シェル	解像度: 2.8→2.87 Å / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.996 / Num. unique obs: 1871 / CC_1/2: 0.853 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 4UHI

4uhi

解像度: 2.8→28.098 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 23.112 / SU ML: 0.417 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.403 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2559	1258	4.785 %
R_work	0.2268	-	-
all	0.228	-	-
obs	-	26289	99.561 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.581 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.581 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-3.162 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→28.098 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7172	0	457	29	7658

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.014	7871
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.018	7284
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.166	1.741	10757
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.134	1.676	16933
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.165	5	887
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.611	21.744	390
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.007	15	1280
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.019	15	50
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.041	0.2	1023
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	1.232	0.2	107
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	8483
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	1699
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.239	0.2	1933
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.258	0.2	7508
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	3861
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	3133
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.176	0.2	200
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.083	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.298	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.351	0.2	112
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.275	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	7.348	10.068	3554
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	7.342	10.067	3553
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	11.129	15.09	4439
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	11.129	15.092	4440
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.923	10.414	4316
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.922	10.413	4317
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	10.792	15.366	6318
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	10.791	15.365	6319
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	15.389	117.991	9179
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	15.388	117.985	9180

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8-2.873	0.387	77	0.374	1871	X-RAY DIFFRACTION	99.9487
2.873-2.952	0.365	84	0.375	1811	X-RAY DIFFRACTION	99.8946
2.952-3.037	0.38	83	0.355	1737	X-RAY DIFFRACTION	99.8902
3.037-3.13	0.392	94	0.341	1695	X-RAY DIFFRACTION	99.9441
3.13-3.233	0.323	79	0.322	1657	X-RAY DIFFRACTION	99.9424
3.233-3.346	0.345	72	0.297	1604	X-RAY DIFFRACTION	99.9404
3.346-3.472	0.328	68	0.277	1586	X-RAY DIFFRACTION	99.819
3.472-3.614	0.32	55	0.262	1481	X-RAY DIFFRACTION	99.7403
3.614-3.774	0.314	84	0.263	1381	X-RAY DIFFRACTION	99.6599
3.774-3.958	0.306	84	0.245	1387	X-RAY DIFFRACTION	99.6612
3.958-4.172	0.24	92	0.224	1238	X-RAY DIFFRACTION	99.5509
4.172-4.425	0.219	74	0.21	1213	X-RAY DIFFRACTION	99.536
4.425-4.729	0.258	61	0.188	1147	X-RAY DIFFRACTION	99.67
4.729-5.107	0.264	40	0.195	1087	X-RAY DIFFRACTION	99.4704
5.107-5.593	0.237	65	0.193	978	X-RAY DIFFRACTION	99.618
5.593-6.251	0.23	45	0.204	887	X-RAY DIFFRACTION	99.3603
6.251-7.212	0.176	37	0.194	802	X-RAY DIFFRACTION	99.1726
7.212-8.82	0.128	39	0.156	675	X-RAY DIFFRACTION	99.1667
8.82-12.42	0.165	18	0.143	521	X-RAY DIFFRACTION	98.7179
12.42-28	0.29	7	0.231	273	X-RAY DIFFRACTION	87.7743

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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