PDB-6q2p: Crystal structure of mouse viperin bound to cytidine triphosphate...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6q2p

タイトル

Crystal structure of mouse viperin bound to cytidine triphosphate and S-adenosylhomocysteine

要素

Radical S-adenosyl methionine domain-containing protein 2

キーワード

IMMUNE SYSTEM / interferon stimulated gene / radical S-adenosylmethionine enzyme / iron sulfur cluster

機能・相同性

機能・相同性情報

付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類 / CD4-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of toll-like receptor 7 signaling pathway / positive regulation of toll-like receptor 9 signaling pathway / positive regulation of T-helper 2 cell cytokine production / CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / negative regulation of viral genome replication / negative regulation of protein secretion / lipid droplet / response to virus ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.452 Å

データ登録者

Fenwick, M.K. / Dong, M. / Lin, H. / Ealick, S.E.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2020
タイトル: Structural Basis of the Substrate Selectivity of Viperin.
著者: Fenwick, M.K. / Su, D. / Dong, M. / Lin, H. / Ealick, S.E.

履歴

登録	2019年8月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2020年2月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6q2p.cif.gz	291 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6q2p.ent.gz	229.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6q2p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6q2p_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6q2p_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	6q2p_validation.xml.gz	33.9 KB	表示
CIF形式データ	6q2p_validation.cif.gz	54 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q2/6q2p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q2/6q2p	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6q2qC 5vslS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6bxs-2 1aod-d 5i79-2 1bf6-2 2gu5-1 6mw5-d 2q17-4 5i78-2 2xly-d 6uba-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Radical S-adenosyl methionine domain-containing protein 2

B: Radical S-adenosyl methionine domain-containing protein 2

ヘテロ分子

76.2 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Radical S-adenosyl methionine domain-containing protein 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Radical S-adenosyl methionine domain-containing protein 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.2 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	36.483, 142.588, 143.732
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Radical S-adenosyl methionine domain-containing protein 2 / Viperin / Virus inhibitory protein / endoplasmic reticulum-associated / interferon-inducible 分子量: 36694.699 Da / 分子数: 2 / 変異: E261A, E266A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Rsad2, Vig1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8CBB9

#1: タンパク質

Radical S-adenosyl methionine domain-containing protein 2 / Viperin / Virus inhibitory protein / endoplasmic reticulum-associated / interferon-inducible

分子量: 36694.699 Da / 分子数: 2 / 変異: E261A, E266A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Rsad2, Vig1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8CBB9

-
非ポリマー , 6種, 969分子

#2: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄
#3: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
#4: 化合物	ChemComp-CTP / CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / CTP 分子量: 483.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₆N₃O₁₄P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物	ChemComp-B3P / 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / 2,2′-(トリメチレンビスイミノ)ビス[2-(ヒドロキシメチル)プロパン-1,3-ジオ-ル] 分子量: 282.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₂₆N₂O₆ / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 959 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.59 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 100 mM Bis-tris propane, pH 6.2-6.8, 200 mM NaCl, 19-22% (w/v) polyethylene glycol 4000 or 6000, 6 mM S-adenosylhomocysteine, and 10 mM CTP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→50 Å / Num. obs: 131974 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 8.6
反射シェル	解像度: 1.45→1.5 Å / R_merge(I) obs: 0.563 / Num. unique obs: 13005

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5VSL

5vsl

解像度: 1.452→39.766 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 14.04

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1595	6699	5.08 %
R_work	0.1405	-	-
obs	0.1415	131887	98.7 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 69.2 Å² / B_iso mean: 14.3472 Å² / B_iso min: 2.89 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.452→39.766 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4707	0	148	959	5814
B_iso mean	-	-	9.66	27.7	-
残基数	-	-	-	-	584

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	5276
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.772	7164
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.081	747
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	920
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.731	1992

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.452-1.4683	0.2168	177	0.2166	3834	X-RAY DIFFRACTION	91
1.4683-1.4856	0.2243	240	0.2117	4095	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4856-1.5037	0.2305	207	0.208	4148	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5037-1.5227	0.2353	213	0.2001	4149	X-RAY DIFFRACTION	97
1.5227-1.5427	0.2197	216	0.1871	4090	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5427-1.5639	0.2143	205	0.1841	4138	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5639-1.5862	0.1996	192	0.1815	4127	X-RAY DIFFRACTION	96
1.5862-1.6099	0.1971	205	0.1799	4090	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6099-1.6351	0.1749	228	0.1615	4188	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6351-1.6619	0.1847	252	0.163	4156	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6619-1.6905	0.179	194	0.1545	4151	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6905-1.7213	0.161	234	0.1485	4192	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7213-1.7544	0.1696	250	0.1453	4139	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7544-1.7902	0.1691	222	0.1408	4159	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7902-1.8291	0.1795	201	0.1396	4251	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8291-1.8716	0.1696	205	0.1371	4054	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8716-1.9185	0.1607	232	0.1394	4168	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9185-1.9703	0.1686	266	0.1402	4096	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9703-2.0283	0.1537	238	0.1314	4253	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0283-2.0938	0.1432	246	0.1289	4124	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0938-2.1686	0.1248	234	0.13	4234	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1686-2.2554	0.1497	230	0.1241	4195	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2554-2.358	0.1448	225	0.127	4130	X-RAY DIFFRACTION	98
2.358-2.4823	0.1407	219	0.1307	4168	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4823-2.6378	0.1426	220	0.1338	4274	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6378-2.8415	0.1482	213	0.1326	4293	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8415-3.1273	0.1656	233	0.1321	4239	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1273-3.5796	0.1275	240	0.1178	4194	X-RAY DIFFRACTION	97
3.5796-4.5089	0.124	222	0.108	4382	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5089-39.766	0.171	240	0.14	4477	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2335	-0.3903	-0.2067	1.8608	-0.2871	0.4682	0.003	0.0751	-0.0435	-0.0275	0.0031	-0.0175	0.0007	0.0098	-0.0089	0.0409	-0.0029	-0.0036	0.0384	-0.0193	0.0241	14.6487	17.0084	51.6548
2	1.9877	-0.7556	0.4079	2.3023	-0.8099	1.5536	-0.0143	0.1046	0.2077	-0.0844	0.0082	-0.1178	-0.1045	0.0752	0.0029	0.0648	-0.0001	0.0054	0.0339	-0.0174	0.0495	12.3485	30.2755	50.8585
3	2.9083	-0.232	-0.3025	3.8926	-0.0616	2.314	-0.0566	-0.0539	0.1232	0.2216	0.0439	-0.2316	-0.085	0.1456	0.0207	0.0547	-0.006	-0.0228	0.0571	-0.0258	0.0393	16.4083	28.2949	60.8838
4	0.962	-0.4838	0.4686	2.0867	-0.8005	2.136	-0.0423	-0.0494	0.0623	0.169	0.0291	-0.0741	-0.1566	0.1248	0.026	0.0513	0.0003	-0.0044	0.0498	-0.0161	0.0462	11.2003	26.8135	64.9618
5	0.3343	0.1944	-0.1396	0.8072	0.2794	1.011	-0.014	-0.122	-0.0945	0.1786	0.0239	-0.1374	0.1747	0.0765	-0.0084	0.112	0.0149	-0.0252	0.0847	0.01	0.0889	7.5477	11.3465	69.2643
6	0.9825	0.166	0.0891	1.5507	0.7113	1.0555	0.0006	-0.0692	-0.0846	0.1379	-0.0601	0.0757	0.0656	-0.1026	0.0659	0.0767	-0.0076	0.0103	0.0567	-0.0043	0.0414	-1.0579	10.3658	63.6527
7	2.5618	0.0334	0.1793	2.4282	0.4626	1.2176	0.043	0.1288	-0.0478	-0.0967	0.054	-0.118	-0.0317	0.0621	-0.0545	0.064	0.0028	0.0011	0.0519	-0.0413	0.058	10.9396	2.3966	47.7498
8	1.7366	0.7633	-0.8152	0.7325	-0.5495	0.6112	-0.0275	0.0512	-0.0473	-0.0362	0.0268	0.0136	0.047	-0.0403	-0.0036	0.0526	-0.001	-0.0039	0.0524	-0.0211	0.0406	-0.0352	11.7117	50.8137
9	2.3386	1.3093	-0.551	2.1715	-0.124	1.3389	0.0064	0.2376	0.1238	-0.1897	0.0405	-0.0179	-0.0595	0.0042	-0.0511	0.0867	0.0079	-0.0015	0.0887	0.0078	0.0334	7.1292	22.4267	39.2782
10	2.8653	-0.1266	0.6445	5.7175	1.5059	1.0806	-0.0546	-0.3781	0.0793	0.2198	-0.164	0.2628	-0.0617	-0.3681	0.1982	0.0551	0.0115	0.0096	0.1007	-0.0058	0.0648	-4.2975	26.7911	58.7152
11	0.628	-0.1913	-0.0028	0.6386	0.1566	0.9088	-0.0082	0.0381	-0.0054	-0.0243	-0.021	0.0282	0.0056	-0.0362	0.0206	0.0446	-0.0142	0.0047	0.0418	-0.0198	0.0577	-1.8742	-13.2016	20.82
12	0.573	-0.6373	-0.0071	2.13	1.2451	4.1443	0.0367	-0.0816	-0.2098	0.2818	-0.0377	0.0792	0.4686	-0.1795	0.047	0.1231	-0.0557	-0.0023	0.0949	0.0027	0.1459	1.6393	-27.3885	29.9723
13	0.7524	-0.0391	0.0527	0.4677	0.1982	0.9017	-0.0086	-0.0483	-0.0087	0.0286	0.0071	-0.0245	0.0543	0.0438	-0.0065	0.0675	-0	-0.0059	0.0451	-0.0225	0.0682	10.5553	-12.7032	36.636
14	1.7197	0.0325	-0.1032	0.8307	0.6082	1.4368	-0.0506	0.0123	0.1325	-0.008	0.0573	-0.0379	-0.0747	0.0583	0.0079	0.0547	-0.0141	0.0033	0.0313	0.0062	0.0621	6.0163	-1.7438	21.5818

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 70 through 102 )	A	70 - 102
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 103 through 127 )	A	103 - 127
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 128 through 146 )	A	128 - 146
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 147 through 173 )	A	147 - 173
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 174 through 214 )	A	174 - 214
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 215 through 250 )	A	215 - 250
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 251 through 273 )	A	251 - 273
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 274 through 315 )	A	274 - 315
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 316 through 346 )	A	316 - 346
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 347 through 360 )	A	347 - 360
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 70 through 192 )	B	70 - 192
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 193 through 215 )	B	193 - 215
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 216 through 298 )	B	216 - 298
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 299 through 362 )	B	299 - 362

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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