PDB-6q2f: Structure of Rhamnosidase from Novosphingobium sp. PP1Y

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6q2f

タイトル

Structure of Rhamnosidase from Novosphingobium sp. PP1Y

要素

Glycoside hydrolase family protein

キーワード

HYDROLASE / rhamnosidase / RHA-P / glycosyl hydrolase

機能・相同性

: / alpha-L-rhamnosidase / Glycosyl hydrolase 2 galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily / hydrolase activity / Glycoside hydrolase family protein

機能・相同性情報

生物種

Novosphingobium sp. PP1Y (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.20000074944 Å

データ登録者

Terry, B. / Ha, J. / Izzo, V. / Sazinsky, M.H.

引用

ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2019
タイトル: The crystal structure and insight into the substrate specificity of the alpha-L rhamnosidase RHA-P from Novosphingobium sp. PP1Y.
著者: Terry, B. / Ha, J. / De Lise, F. / Mensitieri, F. / Izzo, V. / Sazinsky, M.H.

履歴

登録	2019年8月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年11月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6q2f.cif.gz	530.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6q2f.ent.gz	366 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6q2f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q2/6q2f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q2/6q2f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1rvf-d 4js5-d 1jvg-d 5kd4-d 6kx8-d 4ia6-d 2pkf-d 5ls6-4 6ubf-d 5dfm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glycoside hydrolase family protein

ヘテロ分子

126 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.809, 114.570, 158.797
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁
Space group name Hall	P22ab(z,x,y)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x,-y+1/2,z+1/2

#1: タンパク質	Glycoside hydrolase family protein 分子量: 126012.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Novosphingobium sp. PP1Y (バクテリア) 遺伝子: PP1Y_Mpl10172 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F6IEX3
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 732 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.12 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M MES, pH 6.8, 6-7% Tascimate pH 5.0, 2-10 mM Tris, pH 7.5, 10 % w/w PEG 20K, 6-10% glycerol, and 0.01% NaN3

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.20000074944→39.7 Å / Num. obs: 144262 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 30.4712029358 Å² / R_sym value: 0.092 / Net I/σ(I): 14.2
反射シェル	解像度: 2.20000074944→2.25 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique obs: 29836 / R_sym value: 0.462

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10_2155	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.20000074944→39.69925 Å / SU ML: 0.18921853219 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.89205264243 / 位相誤差: 18.4318606734
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.177046121509	6975	4.83495307149 %
R_work	0.162851787376	137287	-
obs	0.163541015328	144262	99.7986897539 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.4570003117 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.20000074944→39.69925 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8079	0	1	732	8812

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00994388297688	8282
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.02650879138	11294
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0687153025182	1242
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00599732907706	1483
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.3245778265	2972

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.20000074944-2.225	0.264876215664	242	0.228822679771	4536	X-RAY DIFFRACTION	99.1080688654
2.225-2.2512	0.218993370695	226	0.217019159786	4588	X-RAY DIFFRACTION	99.813394153
2.2512-2.2786	0.236447599855	223	0.21199192367	4520	X-RAY DIFFRACTION	99.9157362545
2.2786-2.3075	0.261026551665	229	0.213319635466	4670	X-RAY DIFFRACTION	99.8369675973
2.3075-2.3378	0.221382168653	217	0.204986399161	4566	X-RAY DIFFRACTION	99.6873697374
2.3378-2.3698	0.224314806652	244	0.202736976706	4527	X-RAY DIFFRACTION	99.8743981578
2.3698-2.4037	0.208334143611	200	0.193244476194	4597	X-RAY DIFFRACTION	99.6468633153
2.4037-2.4396	0.231254285889	254	0.197511128815	4609	X-RAY DIFFRACTION	99.815270936
2.4396-2.4777	0.227978441761	257	0.192032205733	4499	X-RAY DIFFRACTION	99.7692469058
2.4777-2.5183	0.208256117209	264	0.187461985485	4542	X-RAY DIFFRACTION	99.4413407821
2.5183-2.5617	0.221008384195	225	0.177244002959	4576	X-RAY DIFFRACTION	99.93755204
2.5617-2.6083	0.203406391299	244	0.172894055732	4620	X-RAY DIFFRACTION	99.9178307313
2.6083-2.6584	0.217505329404	247	0.172862986794	4513	X-RAY DIFFRACTION	99.7903563941
2.6584-2.7127	0.165030179544	229	0.165418312756	4609	X-RAY DIFFRACTION	99.9173895085
2.7127-2.7717	0.187002509443	220	0.169677460156	4563	X-RAY DIFFRACTION	99.895572264
2.7717-2.8361	0.179605413262	225	0.169785531217	4593	X-RAY DIFFRACTION	99.9170468685
2.8361-2.907	0.213876657774	266	0.173429724468	4566	X-RAY DIFFRACTION	99.7111019397
2.907-2.9856	0.180627193864	203	0.169238279642	4627	X-RAY DIFFRACTION	99.8552821997
2.9856-3.0734	0.207301257956	207	0.16380524802	4571	X-RAY DIFFRACTION	99.5624088352
3.0734-3.1726	0.15116232759	242	0.165488015905	4555	X-RAY DIFFRACTION	99.9166840242
3.1726-3.2859	0.174605366117	240	0.165039248843	4573	X-RAY DIFFRACTION	99.896222499
3.2859-3.4174	0.156861635993	216	0.165491000859	4626	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4174-3.5729	0.163693645887	213	0.162200234481	4584	X-RAY DIFFRACTION	99.9375
3.5729-3.7611	0.157965577716	262	0.158602722229	4535	X-RAY DIFFRACTION	99.895876718
3.7611-3.9965	0.160907382292	235	0.141462896679	4611	X-RAY DIFFRACTION	99.7940691928
3.9965-4.3048	0.157977731281	239	0.128103675637	4568	X-RAY DIFFRACTION	99.9584113121
4.3048-4.7373	0.126129779958	266	0.1199579006	4553	X-RAY DIFFRACTION	99.9377851514
4.7373-5.4214	0.131774846302	215	0.135052312348	4610	X-RAY DIFFRACTION	99.9585663973
5.4214-6.8247	0.163850634475	222	0.166055929355	4583	X-RAY DIFFRACTION	99.896049896
6.8247-39.69925	0.190688343185	203	0.164459755646	4597	X-RAY DIFFRACTION	99.3994615862

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 17.8974766958 Å / Origin y: 84.3774061966 Å / Origin z: 40.635997745 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.16789562596 Å²	-0.0373769558086 Å²	0.0432800514563 Å²	-	0.23909939371 Å²	0.0190179729423 Å²	-	-	0.247619772596 Å²
L	0.367933493793 °²	-0.101185137944 °²	0.120449879495 °²	-	0.783316649126 °²	-0.0384502686008 °²	-	-	0.948479878961 °²
S	0.0249456678424 Å °	0.0280912430705 Å °	0.0416993100021 Å °	-0.0920339620328 Å °	-0.0374674081492 Å °	-0.155073865972 Å °	-0.0564770351081 Å °	0.24263730953 Å °	0.00184813531781 Å °

精密化 TLSグループ

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