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- PDB-6q2a: Trypanosoma brucei CLK1 kinase domain in complex with a covalent ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6q2a
タイトルTrypanosoma brucei CLK1 kinase domain in complex with a covalent aminobenzimidazole inhibitor AB1
要素Protein kinase, putative
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE Inhibitor / kinase / TRANSFERASE-TRANSFERASE Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの） / cell tip / chromosome segregation / kinetochore / mitotic cell cycle / protein phosphorylation / protein kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5XH / Protein kinase, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Ma, X. / Ornelas, E.
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2020
タイトル: Targeting the trypanosome kinetochore with CLK1 protein kinase inhibitors.
著者: Saldivia, M. / Fang, E. / Ma, X. / Myburgh, E. / Carnielli, J.B.T. / Bower-Lepts, C. / Brown, E. / Ritchie, R. / Lakshminarayana, S.B. / Chen, Y.L. / Patra, D. / Ornelas, E. / Koh, H.X.Y. / ...著者: Saldivia, M. / Fang, E. / Ma, X. / Myburgh, E. / Carnielli, J.B.T. / Bower-Lepts, C. / Brown, E. / Ritchie, R. / Lakshminarayana, S.B. / Chen, Y.L. / Patra, D. / Ornelas, E. / Koh, H.X.Y. / Williams, S.L. / Supek, F. / Paape, D. / McCulloch, R. / Kaiser, M. / Barrett, M.P. / Jiricek, J. / Diagana, T.T. / Mottram, J.C. / Rao, S.P.S.
履歴
登録2019年8月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年10月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Protein kinase, putative
B: Protein kinase, putative
C: Protein kinase, putative
D: Protein kinase, putative
E: Protein kinase, putative
F: Protein kinase, putative
G: Protein kinase, putative
H: Protein kinase, putative
I: Protein kinase, putative
J: Protein kinase, putative
K: Protein kinase, putative
L: Protein kinase, putative
M: Protein kinase, putative
N: Protein kinase, putative
O: Protein kinase, putative
P: Protein kinase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)668,67965
ポリマ－657,91516
非ポリマー10,76449
水9,206511
1
A: Protein kinase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,6903
ポリマ－41,1201
非ポリマー5712
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Protein kinase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8825
ポリマ－41,1201
非ポリマー7634
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Protein kinase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8825
ポリマ－41,1201
非ポリマー7634
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Protein kinase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,6903
ポリマ－41,1201
非ポリマー5712
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Protein kinase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8825
ポリマ－41,1201
非ポリマー7634
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Protein kinase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8825
ポリマ－41,1201
非ポリマー7634
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Protein kinase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,6903
ポリマ－41,1201
非ポリマー5712
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Protein kinase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,7864
ポリマ－41,1201
非ポリマー6673
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
I: Protein kinase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8825
ポリマ－41,1201
非ポリマー7634
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
10
J: Protein kinase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8825
ポリマ－41,1201
非ポリマー7634
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
11
K: Protein kinase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,7864
ポリマ－41,1201
非ポリマー6673
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
12
L: Protein kinase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,7864
ポリマ－41,1201
非ポリマー6673
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
13
M: Protein kinase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,6903
ポリマ－41,1201
非ポリマー5712
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
14
N: Protein kinase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,6903
ポリマ－41,1201
非ポリマー5712
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
15
O: Protein kinase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,7864
ポリマ－41,1201
非ポリマー6673
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
16
P: Protein kinase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,7864
ポリマ－41,1201
非ポリマー6673
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)147.150, 147.150, 264.800
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and resid 127 through 498)
21(chain B and resid 127 through 498)
31(chain C and resid 127 through 500)
41(chain D and resid 127 through 500)
51(chain E and resid 127 through 498)
61(chain F and resid 127 through 498)
71(chain G and resid 127 through 500)
81(chain H and resid 127 through 498)
91(chain I and resid 127 through 498)
101(chain J and resid 127 through 498)
111(chain K and resid 127 through 499)
121(chain L and resid 127 through 499)
131(chain M and resid 127 through 500)
141(chain N and resid 127 through 500)
151(chain O and resid 127 through 498)
161(chain P and resid 127 through 498)

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and resid 127 through 498)A127 - 498
211(chain B and resid 127 through 498)B127 - 498
311(chain C and resid 127 through 500)C127 - 500
411(chain D and resid 127 through 500)D127 - 500
511(chain E and resid 127 through 498)E127 - 498
611(chain F and resid 127 through 498)F127 - 498
711(chain G and resid 127 through 500)G127 - 500
811(chain H and resid 127 through 498)H127 - 498
911(chain I and resid 127 through 498)I127 - 498
1011(chain J and resid 127 through 498)J127 - 498
1111(chain K and resid 127 through 499)K127 - 499
1211(chain L and resid 127 through 499)L127 - 499
1311(chain M and resid 127 through 500)M127 - 500
1411(chain N and resid 127 through 500)N127 - 500
1511(chain O and resid 127 through 498)O127 - 498
1611(chain P and resid 127 through 498)P127 - 498

-
要素

#1: タンパク質
Protein kinase, putative


分子量: 41119.680 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (strain 927/4 GUTat10.1) (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTat10.1 / 遺伝子: Tb11.01.4230 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q382U0, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの）
#2: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-5XH / ~{N}-[1-[(3~{R})-1-[4-(dimethylamino)but-2-enoyl]azepan-3-yl]-7-methyl-benzimidazol-2-yl]-2-methyl-pyridine-4-carboxamide


分子量: 474.598 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H34N6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 511 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.11 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M Hepes pH 7.5, 1.6M Ammonium Sulfate, 2% w/v Peg 1000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月29日
放射モノクロメーター: Double-crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→47.39 Å / Num. obs: 194729 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 5.1 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.241 / Rpim(I) all: 0.119 / Rrim(I) all: 0.269 / Net I/σ(I): 5.5 / Num. measured all: 990145
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.6-2.644.91.6114778097430.4530.8141.807199.5
14.24-47.395.20.075567010820.9990.0370.08410.589.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
PHENIX1.15.2_3472精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
xia2データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6FT8

6ft8


解像度: 2.6→47.389 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 35.83
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3128 9696 5.06 %
Rwork0.2659 --
obs0.2683 194422 98.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 147.26 Å2 / Biso mean: 53.6949 Å2 / Biso min: 11.8 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→47.389 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数44352 0 725 511 45588
Biso mean--46.85 38.58 -
残基数----5424
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A16720X-RAY DIFFRACTION5.089TORSIONAL
12B16720X-RAY DIFFRACTION5.089TORSIONAL
13C16720X-RAY DIFFRACTION5.089TORSIONAL
14D16720X-RAY DIFFRACTION5.089TORSIONAL
15E16720X-RAY DIFFRACTION5.089TORSIONAL
16F16720X-RAY DIFFRACTION5.089TORSIONAL
17G16720X-RAY DIFFRACTION5.089TORSIONAL
18H16720X-RAY DIFFRACTION5.089TORSIONAL
19I16720X-RAY DIFFRACTION5.089TORSIONAL
110J16720X-RAY DIFFRACTION5.089TORSIONAL
111K16720X-RAY DIFFRACTION5.089TORSIONAL
112L16720X-RAY DIFFRACTION5.089TORSIONAL
113M16720X-RAY DIFFRACTION5.089TORSIONAL
114N16720X-RAY DIFFRACTION5.089TORSIONAL
115O16720X-RAY DIFFRACTION5.089TORSIONAL
116P16720X-RAY DIFFRACTION5.089TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.6-2.62960.40823780.36026240100
2.6296-2.66050.36753640.3554610799
2.6605-2.6930.36523230.3508622399
2.693-2.72710.44473370.3428617899
2.7271-2.76290.31993070.327622999
2.7629-2.80080.42662790.327624099
2.8008-2.84080.33052860.3188618599
2.8408-2.88320.34933240.3184626399
2.8832-2.92820.35313760.3132615099
2.9282-2.97620.38173900.2948610899
2.9762-3.02750.36433860.3024612599
3.0275-3.08260.36033060.2957625599
3.0826-3.14190.35693040.2962623499
3.1419-3.2060.33543120.283615999
3.206-3.27570.32313560.2654618899
3.2757-3.35190.37012940.276618799
3.3519-3.43570.28943040.2749614598
3.4357-3.52850.29623110.2574613998
3.5285-3.63230.30433250.2848587994
3.6323-3.74950.37133270.3355616498
3.7495-3.88350.31983150.2617611698
3.8835-4.03890.33360.2426599897
4.0389-4.22260.26093340.2033618599
4.2226-4.4450.2193200.1911623999
4.445-4.72330.20553080.1978616099
4.7233-5.08760.2713660.2213614199
5.0876-5.59890.30823630.2602616299
5.5989-6.40730.33552720.2678626399
6.4073-8.06610.27233190.2292620199
8.0661-47.3890.33313160.2514572192
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9191-0.18950.24870.05610.17860.32080.07360.0211-0.1266-0.0469-0.04550.07540.00250.0975-0.00050.2068-0.03260.09760.27890.00150.36517.897-26.86328.2899
20.43040.1683-0.18570.5858-0.03781.11250.00350.1326-0.02610.0442-0.0580.147-0.0505-0.0369-00.1796-0.00550.00370.2434-0.04140.15920.9542-3.625720.5692
31.1331-0.00570.33850.1120.08190.10510.0137-0.15-0.0837-0.14590.01170.021-0.02090.06270.00030.1556-0.0140.04240.2630.0180.2713-18.9317-90.501528.2575
40.44690.3578-0.1280.1537-0.12661.01110.02140.02690.04410.0705-0.03130.1002-0.0082-0.04080.00040.2245-0.0142-0.01510.2414-0.00430.2056-15.8649-67.317520.6293
51.34560.1932-0.03980.3044-0.13640.3128-0.0532-0.01990.1742-0.099-0.0417-0.0381-0.0502-0.00740.0010.19730.0002-0.01450.2406-0.04130.2829-52.8832-76.14928.4598
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34X-RAY DIFFRACTION34chain 'L' and (resid 164 through 278 )L164 - 278
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'L' and (resid 279 through 465 )L279 - 465
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'M' and (resid 127 through 278 )M127 - 278
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'M' and (resid 279 through 465 )M279 - 465
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'N' and (resid 127 through 276 )N127 - 276
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'N' and (resid 277 through 302 )N277 - 302
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'N' and (resid 303 through 465 )N303 - 465
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'O' and (resid 127 through 227 )O127 - 227
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'O' and (resid 228 through 465 )O228 - 465
43X-RAY DIFFRACTION43chain 'P' and (resid 127 through 163 )P127 - 163
44X-RAY DIFFRACTION44chain 'P' and (resid 164 through 183 )P164 - 183
45X-RAY DIFFRACTION45chain 'P' and (resid 184 through 247 )P184 - 247
46X-RAY DIFFRACTION46chain 'P' and (resid 248 through 278 )P248 - 278
47X-RAY DIFFRACTION47chain 'P' and (resid 279 through 436 )P279 - 436
48X-RAY DIFFRACTION48chain 'P' and (resid 437 through 465 )P437 - 465

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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