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- PDB-6q27: N-acetylmannosamine kinase with N-acetylmannosamine from Staphylo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6q27
タイトルN-acetylmannosamine kinase with N-acetylmannosamine from Staphylococcus aureus
要素Glucokinase
キーワードTRANSFERASE / ROK / Sugar Kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-glucoside kinase / beta-glucoside kinase activity / glucokinase / glucokinase activity
類似検索 - 分子機能
ROK family / ROK family / ATPase, nucleotide binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-mannopyranose / Glucokinase / ROK family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Coombes, D. / Horne, C.R. / Davies, J.S. / Dobson, R.C.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: The basis for non-canonical ROK family function in theN-acetylmannosamine kinase from the pathogenStaphylococcus aureus.
著者: Coombes, D. / Davies, J.S. / Newton-Vesty, M.C. / Horne, C.R. / Setty, T.G. / Subramanian, R. / Moir, J.W.B. / Friemann, R. / Panjikar, S. / Griffin, M.D.W. / North, R.A. / Dobson, R.C.J.
履歴
登録2019年8月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年3月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp / citation
Item: _chem_comp.type / _citation.journal_volume ..._chem_comp.type / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年3月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucokinase
B: Glucokinase
C: Glucokinase
D: Glucokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,2248
ポリマ－126,3394
非ポリマー8854
水1,60389
1
A: Glucokinase
B: Glucokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,6124
ポリマ－63,1702
非ポリマー4422
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4250 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area23290 Å2
手法PISA
2
C: Glucokinase
ヘテロ分子

D: Glucokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,6124
ポリマ－63,1702
非ポリマー4422
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
Buried area4270 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area23290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.236, 101.353, 133.222
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.150, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 2 through 53 or resid 55...
21(chain B and (resid 2 through 53 or resid 55...
31(chain C and (resid 2 through 53 or resid 55...
41(chain D and (resid 2 through 53 or resid 55...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 2 through 53 or resid 55...A2 - 53
121(chain A and (resid 2 through 53 or resid 55...A55
131(chain A and (resid 2 through 53 or resid 55...A57 - 72
141(chain A and (resid 2 through 53 or resid 55...A74 - 93
151(chain A and (resid 2 through 53 or resid 55...A147 - 18189
161(chain A and (resid 2 through 53 or resid 55...A191 - 243
171(chain A and (resid 2 through 53 or resid 55...A245 - 286
181(chain A and (resid 2 through 53 or resid 55...A301
211(chain B and (resid 2 through 53 or resid 55...B2 - 53
221(chain B and (resid 2 through 53 or resid 55...B55
231(chain B and (resid 2 through 53 or resid 55...B57
241(chain B and (resid 2 through 53 or resid 55...B147 - 183
251(chain B and (resid 2 through 53 or resid 55...B191 - 243
261(chain B and (resid 2 through 53 or resid 55...B245 - 286
271(chain B and (resid 2 through 53 or resid 55...B301
311(chain C and (resid 2 through 53 or resid 55...C2 - 53
321(chain C and (resid 2 through 53 or resid 55...C55
331(chain C and (resid 2 through 53 or resid 55...C57
341(chain C and (resid 2 through 53 or resid 55...C147 - 181
351(chain C and (resid 2 through 53 or resid 55...C191 - 243
361(chain C and (resid 2 through 53 or resid 55...C2 - 286
371(chain C and (resid 2 through 53 or resid 55...C191 - 243
381(chain C and (resid 2 through 53 or resid 55...C245 - 286
391(chain C and (resid 2 through 53 or resid 55...C301
411(chain D and (resid 2 through 53 or resid 55...D2 - 53
421(chain D and (resid 2 through 53 or resid 55...D55
431(chain D and (resid 2 through 53 or resid 55...D57
441(chain D and (resid 2 through 53 or resid 55...D147 - 181
451(chain D and (resid 2 through 53 or resid 55...D191 - 243
461(chain D and (resid 2 through 53 or resid 55...D2 - 286
471(chain D and (resid 2 through 53 or resid 55...D191 - 243
481(chain D and (resid 2 through 53 or resid 55...D245 - 286
491(chain D and (resid 2 through 53 or resid 55...D301

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要素

#1: タンパク質
Glucokinase / N-acetylmannosamine kinase / ROK family protein


分子量: 31584.852 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: bglK, EP54_02970, EQ90_08795, NCTC10654_00349, NCTC10702_00557, RK64_02145
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A266CX40, UniProt: Q2G159*PLUS, glucokinase, beta-glucoside kinase
#2: 糖
ChemComp-BM3 / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-mannopyranose / N-acetyl-alpha-D-mannosamine / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-mannose / 2-acetamido-2-deoxy-D-mannose / 2-acetamido-2-deoxy-mannose / 2-(ACETYLAMINO)-2-DEOXY-ALPHA-D-MANNOPYRANOSE / 2-(アセチルアミノ)-2-デオキシ-α-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DManpNAcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-mannopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.2 M L-arginine, 0.1 M sodium acetate, pH 5.0 in 8% w/v poly-gamma-glutamic acid

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.954 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→44.556 Å / Num. obs: 124343 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.988 / Net I/σ(I): 4.9
反射 シェル解像度: 2.2→2.279 Å / Num. unique obs: 6331 / CC1/2: 0.704

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→44.556 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 24.87 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2317 6340 9.95 %
Rwork0.1939 --
obs0.1977 63747 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 141.48 Å2 / Biso mean: 52.1422 Å2 / Biso min: 25.5 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→44.556 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8840 0 120 89 9049
Biso mean--76.84 55.57 -
残基数----1140
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A5205X-RAY DIFFRACTION6.025TORSIONAL
12B5205X-RAY DIFFRACTION6.025TORSIONAL
13C5205X-RAY DIFFRACTION6.025TORSIONAL
14D5205X-RAY DIFFRACTION6.025TORSIONAL
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.38020.54632.35552.3396-2.73785.6527-0.20780.2268-0.0923-0.07260.28720.2523-0.0713-0.2138-0.09130.424-0.0024-0.00180.5185-0.06930.332717.51563.493141.7557
23.94690.2314-0.90650.6417-0.19611.83810.01140.06490.1018-0.02470.00960.0464-0.17480.057-0.040.322-0.0313-0.02380.3764-0.03330.332516.95545.482652.5933
32.0752-0.6378-0.12311.33460.1141.6252-0.06130.4055-0.3688-0.1543-0.02450.01990.1614-0.03450.06020.3519-0.00940.03790.488-0.10770.4339-2.3059-5.948653.7691
48.1291-0.32542.41083.1466-0.30736.93310.1558-0.1082-0.31130.7474-0.13330.21630.0630.367-0.0790.4449-0.02880.06230.39790.0270.3188-7.675311.649995.4934
51.2227-0.8691-0.29533.8152.0432.4883-0.06920.13140.00150.1066-0.07810.0527-0.08910.14260.14490.3073-0.0188-0.01730.34090.01920.2948-5.65413.23384.7186
62.48850.697-0.28682.0928-0.37942.50750.1167-0.4284-0.6370.4323-0.167-0.07830.41350.03880.04570.5486-0.00810.00550.51630.1070.4791-0.0285-10.462982.5752
77.6703-6.2286-6.58968.10236.88787.9384-0.1688-0.3769-0.20790.4410.198-0.02320.16570.5621-0.00790.3418-0.0273-0.05660.4930.09250.32997.83531.853983.2703
85.20492.0968-2.0565.2525-0.62678.299-0.0123-0.2680.56230.1302-0.04990.0115-0.04420.12660.0740.34370.0707-0.02780.27050.01760.344514.4318-5.429828.8765
93.1629-0.60470.55023.7339-2.83835.7277-0.11310.05840.0723-0.1807-0.2042-0.350.45540.14570.30950.38290.01880.03490.3011-0.0270.325317.4604-9.652120.8564
104.50470.2155-0.78673.865-0.86394.1468-0.073-0.25870.16450.03560.01050.2087-0.0985-0.16810.06680.35410.0635-0.03920.4050.00090.26366.6113.54619.0873
114.08020.46560.33774.00081.62384.4372-0.141-0.90331.26830.5563-0.19880.1965-0.7073-0.17420.23860.68080.0457-0.10780.5123-0.20010.7128.271619.604419.2361
123.63432.0817-1.02365.75241.16213.30570.039-0.88140.8160.55290.07090.1921-0.2769-0.3539-0.07190.43980.1224-0.06850.6189-0.21630.5095-0.769613.172316.6989
138.3354-6.51556.62758.8987-6.81035.9707-0.0446-0.63280.06920.05950.12260.20420.1103-0.77650.0590.46120.05180.05090.6216-0.13750.3783-0.77694.084216.6328
143.7552-0.4063-3.30324.00583.86829.4034-0.14560.43840.00060.00060.1336-0.36830.37050.0547-0.09480.3927-0.06030.0130.42270.06260.4362-10.84812.6972108.3018
155.0965-0.17921.21470.27680.51851.3883-0.08590.0131-0.145-0.06280.0890.00370.2196-0.1442-0.01440.4225-0.07030.01430.39420.08070.3739-10.25010.6856119.2278
162.2493-0.1940.15871.41590.06752.1388-0.18310.34550.4365-0.20550.0467-0.0095-0.27440.10610.15040.4464-0.0366-0.09270.46040.13470.50149.035212.229120.541
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 39 )A2 - 39
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 40 through 151 )A40 - 151
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 152 through 286 )A152 - 286
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 2 through 39 )B2 - 39
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 40 through 151 )B40 - 151
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 152 through 260 )B152 - 260
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 261 through 286 )B261 - 286
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 2 through 39 )C2 - 39
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 40 through 119 )C40 - 119
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 120 through 170 )C120 - 170
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 171 through 231 )C171 - 231
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 232 through 260 )C232 - 260
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 261 through 286 )C261 - 286
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 2 through 39 )D2 - 39
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 40 through 151 )D40 - 151
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 152 through 286 )D152 - 286

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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