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万見
- PDB-6q1r: A hypothetical aminotransferase from Mycobacterium tuberculosis, ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6q1r
タイトルA hypothetical aminotransferase from Mycobacterium tuberculosis, PLP-bound form
要素Probable amino acid aminotransferase
キーワードTRANSFERASE / Mycobacterium / aminotransferase / hypothetical protein / PLP-dependent enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


aminodeoxychorismate lyase / 4-amino-4-deoxychorismate lyase activity / D-amino-acid transaminase / carboxylic acid metabolic process / folic acid biosynthetic process / transaminase activity / peptidoglycan biosynthetic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / regulation of cell shape ...aminodeoxychorismate lyase / 4-amino-4-deoxychorismate lyase activity / D-amino-acid transaminase / carboxylic acid metabolic process / folic acid biosynthetic process / transaminase activity / peptidoglycan biosynthetic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / regulation of cell shape / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aminodeoxychorismate lyase, class IV / : / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, N-terminal / Aminotransferase class IV / Aminotransferase-like, PLP-dependent enzymes / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, C-terminal / Amino-transferase class IV
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Bifunctional aminodeoxychorismate lyase / D-amino acid transaminase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.702 Å
データ登録者Duan, L. / Sacchettini, J.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: A hypothetical aminotransferase from Mycobacterium tuberculosis
著者: Duan, L. / Sacchettini, J.
履歴
登録2019年8月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable amino acid aminotransferase
B: Probable amino acid aminotransferase
C: Probable amino acid aminotransferase
D: Probable amino acid aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,83211
ポリマ－125,3674
非ポリマー1,4657
水1,45981
1
A: Probable amino acid aminotransferase
B: Probable amino acid aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,4626
ポリマ－62,6842
非ポリマー7794
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5420 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area22560 Å2
手法PISA
2
C: Probable amino acid aminotransferase
D: Probable amino acid aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,3705
ポリマ－62,6842
非ポリマー6863
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5330 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area23150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.431, 203.248, 48.112
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 89.960, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 0 through 39 or (resid 40...
21(chain B and (resid 0 through 66 or (resid 67...
31(chain C and (resid 0 through 39 or (resid 40...
41(chain D and (resid 0 through 39 or (resid 40...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 0 through 39 or (resid 40...A0 - 39
121(chain A and (resid 0 through 39 or (resid 40...A40 - 41
131(chain A and (resid 0 through 39 or (resid 40...A0 - 289
141(chain A and (resid 0 through 39 or (resid 40...A0 - 289
151(chain A and (resid 0 through 39 or (resid 40...A0 - 289
161(chain A and (resid 0 through 39 or (resid 40...A0 - 289
211(chain B and (resid 0 through 66 or (resid 67...B0 - 66
221(chain B and (resid 0 through 66 or (resid 67...B67
231(chain B and (resid 0 through 66 or (resid 67...B-1 - 289
241(chain B and (resid 0 through 66 or (resid 67...B-1 - 289
251(chain B and (resid 0 through 66 or (resid 67...B-1 - 289
261(chain B and (resid 0 through 66 or (resid 67...B-1 - 289
311(chain C and (resid 0 through 39 or (resid 40...C0 - 39
321(chain C and (resid 0 through 39 or (resid 40...C40 - 41
331(chain C and (resid 0 through 39 or (resid 40...C0 - 289
341(chain C and (resid 0 through 39 or (resid 40...C0 - 289
351(chain C and (resid 0 through 39 or (resid 40...C0 - 289
361(chain C and (resid 0 through 39 or (resid 40...C0 - 289
411(chain D and (resid 0 through 39 or (resid 40...D0 - 39
421(chain D and (resid 0 through 39 or (resid 40...D40 - 41
431(chain D and (resid 0 through 39 or (resid 40...D-1 - 290
441(chain D and (resid 0 through 39 or (resid 40...D-1 - 290
451(chain D and (resid 0 through 39 or (resid 40...D-1 - 290
461(chain D and (resid 0 through 39 or (resid 40...D-1 - 290

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要素

#1: タンパク質
Probable amino acid aminotransferase


分子量: 31341.764 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: Rv0812 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q79FW0
#2: 化合物
ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.52 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: sodium citrate, sodium cacodylate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 34287 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 44.19 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.528 / Rpim(I) all: 0.279 / Rrim(I) all: 0.6 / Χ2: 1.004 / Net I/σ(I): 2 / Num. measured all: 145983
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.7-2.753.32.97916680.1211.8343.5160.50697.3
2.75-2.83.52.59717210.2071.5413.0350.49798.3
2.8-2.853.72.37916950.0231.3862.7670.52198.7
2.85-2.913.92.33916990.2281.3292.7030.54398.7
2.91-2.973.92.04716800.3231.1452.3560.56498.5
2.97-3.043.71.87417070.321.082.1730.58597.9
3.04-3.123.91.63516840.3640.9131.8820.55198.4
3.12-3.24.61.43817590.580.7231.6150.63499.9
3.2-3.34.51.15816980.6090.5911.3050.689100
3.3-3.44.60.97117280.720.4911.0930.72699.9
3.4-3.524.60.88517230.7540.4460.9950.78399.7
3.52-3.664.60.68617320.7940.3460.7710.89999.7
3.66-3.834.50.56616940.8440.2880.6380.97499.5
3.83-4.034.60.48317490.860.2420.5421.15699.7
4.03-4.294.40.38117090.8870.20.4331.1699.3
4.29-4.624.10.28916830.9210.1570.3311.44798.1
4.62-5.084.80.25817510.9440.1280.2891.30499.9
5.08-5.814.80.26917220.950.1320.3010.99999.7
5.81-7.324.60.22617360.9520.1140.2541.04999.5
7.32-504.50.17417490.9620.0890.1963.72598.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6Q1Q

6q1q


解像度: 2.702→43.485 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.68
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2558 1743 5.19 %
Rwork0.2169 --
obs0.219 33555 96.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 110.04 Å2 / Biso mean: 50.4739 Å2 / Biso min: 15.19 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.702→43.485 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8592 0 92 81 8765
Biso mean--53.15 31.05 -
残基数----1134
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0048853
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.75412085
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0461401
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051570
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.9165315
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A5236X-RAY DIFFRACTION12.765TORSIONAL
12B5236X-RAY DIFFRACTION12.765TORSIONAL
13C5236X-RAY DIFFRACTION12.765TORSIONAL
14D5236X-RAY DIFFRACTION12.765TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7021-2.78160.36071000.3082154225477
2.7816-2.87130.33751560.30912449260590
2.8713-2.97390.35841440.30032632277696
2.9739-3.0930.31731440.29082626277096
3.093-3.23370.31471450.268127582903100
3.2337-3.40410.30421470.240127562903100
3.4041-3.61730.2681500.229227332883100
3.6173-3.89640.2841610.210927522913100
3.8964-4.28820.21521250.18392743286899
4.2882-4.9080.19651400.16512723286399
4.908-6.18080.22561490.19627522901100
6.1808-43.49050.20261820.17492734291699
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8868-0.17260.48192.22211.44013.5438-0.03890.0591-0.0455-0.07250.0693-0.0346-0.09960.0351-0.0540.1646-0.02590.04050.32810.06690.196322.3851-5.84773.124
24.3071-0.05811.43983.1942-0.36623.10580.0946-0.2236-0.35490.14330.0593-0.17710.53250.0629-0.14810.38750.06820.04780.33840.06360.307431.4612-35.60518.4741
31.18530.0930.09912.35950.71264.19320.01270.04070.07680.0370.0365-0.0162-0.01250.0236-0.02450.13620.0087-0.01250.35710.02670.1903-10.84084.9081-13.1098
43.90640.318-0.3253.4986-0.32172.3388-0.08060.43140.6248-0.53490.1832-0.1373-0.68960.0966-0.10490.6019-0.0509-0.01860.35730.05770.3941-1.421534.7223-17.9861
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 0 through 289)A0 - 289
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid -1 through 289)B-1 - 289
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 0 through 289)C0 - 289
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid -1 through 289)D-1 - 289

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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