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Yorodumi- PDB-6q1q: A hypothetical aminotransferase from Mycobacterium tuberculosis, ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6q1q | ||||||
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Title | A hypothetical aminotransferase from Mycobacterium tuberculosis, apo form | ||||||
Components | Probable amino acid aminotransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Mycobacterium / aminotransferase / hypothetical protein / PLP-dependent enzyme | ||||||
Function / homology | Function and homology information aminodeoxychorismate lyase / 4-amino-4-deoxychorismate lyase activity / D-amino-acid transaminase / aspartate biosynthetic process / branched-chain-amino-acid transaminase activity / L-leucine biosynthetic process / folic acid biosynthetic process / carboxylic acid metabolic process / valine biosynthetic process / peptidoglycan biosynthetic process ...aminodeoxychorismate lyase / 4-amino-4-deoxychorismate lyase activity / D-amino-acid transaminase / aspartate biosynthetic process / branched-chain-amino-acid transaminase activity / L-leucine biosynthetic process / folic acid biosynthetic process / carboxylic acid metabolic process / valine biosynthetic process / peptidoglycan biosynthetic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / regulation of cell shape / plasma membrane / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mycobacterium tuberculosis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.4 Å | ||||||
Authors | Duan, L. / Sacchettini, J. | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: A hypothetical aminotransferase from Mycobacterium tuberculosis Authors: Duan, L. / Sacchettini, J. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6q1q.cif.gz | 230.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6q1q.ent.gz | 183.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6q1q.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6q1q_validation.pdf.gz | 461.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6q1q_full_validation.pdf.gz | 467.5 KB | Display | |
Data in XML | 6q1q_validation.xml.gz | 23.7 KB | Display | |
Data in CIF | 6q1q_validation.cif.gz | 32.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/6q1q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/6q1q | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6q1rC 6q1sC 5k3wS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Ens-ID: 1
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-Components
#1: Protein | Mass: 31341.764 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (bacteria) Strain: ATCC 25618 / H37Rv / Gene: Rv0812 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q79FW0 #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.5 Å3/Da / Density % sol: 50.84 % |
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Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 / Details: sodium citrate, sodium cacodylate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-D / Wavelength: 1.0332 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 25, 2017 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0332 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.4→50 Å / Num. obs: 24452 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 35.24 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.134 / Rpim(I) all: 0.08 / Rrim(I) all: 0.157 / Χ2: 1.758 / Net I/σ(I): 5.4 / Num. measured all: 89973 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5K3W Resolution: 2.4→48.755 Å / SU ML: 0.26 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / Phase error: 25.67
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 118.72 Å2 / Biso mean: 48.6238 Å2 / Biso min: 16.37 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.4→48.755 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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