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- PDB-6q10: Crystal structure of the soluble domain (residues 71-217) of a co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6q10
タイトルCrystal structure of the soluble domain (residues 71-217) of a conserved hypothetical secreted protein (Rv2700 ortholog) from Mycobacterium marinum
要素MymaA.19257.a.B3
キーワードUNKNOWN FUNCTION / SSGCID / Mycobacerium marinum / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / secreted protein / Rv2700 ortholog
機能・相同性LytR/CpsA/Psr regulator, C-terminal domain / LytR cell envelope-related transcriptional attenuator / membrane / Conserved hypothetical secreted protein
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium marinum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: SSGCID, Mycobacerium marinum, Structural Genomics, Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease, secreted protein, Rv2700 ortholog
著者: Phan, J.N. / Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2019年8月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MymaA.19257.a.B3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4633
ポリマ－16,3391
非ポリマー1242
水2,198122
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.310, 46.570, 69.570
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 MymaA.19257.a.B3


分子量: 16339.134 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium marinum (strain ATCC BAA-535 / M) (バクテリア)
株: ATCC BAA-535 / M / 遺伝子: MMAR_2014
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B2HM00
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.5 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Hampton Research Index screen, condition H1 (305884h1): 100mM Citric acid pH 3.5, 2000mM Ammonium sulfate: MymaA.19257.a.B3.PS38530 at 22.5mg/ml cryo: 25% EG: tray 305841 H1: puck bqx9-4. For ...詳細: Hampton Research Index screen, condition H1 (305884h1): 100mM Citric acid pH 3.5, 2000mM Ammonium sulfate: MymaA.19257.a.B3.PS38530 at 22.5mg/ml cryo: 25% EG: tray 305841 H1: puck bqx9-4. For experimental phasing, a crystal from the same condition, Index H1 (305884h1), was soaked for 15 seconds each in a mix of 87.5% reservoir / 12.5% 2.5M sodium iodide in ethylene glycol, followed by a soak in 75% reservoir / 25% 2.5M sodium iodide in ethylene glycol, vitrified in liquid nitrogen for in-house data collection at Cu-Kalpha wavelength: puck vgz4-3

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
11001N
21001N
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 21-ID-F10.97872
回転陽極RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT21.5418
検出器
タイプID検出器日付
RAYONIX MX-3001CCD2019年4月11日
RIGAKU SATURN 944+2CCD2019年4月18日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1C(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2RIGAKU VARIMAXSINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978721
21.54181
反射解像度: 1.6→38.7 Å / Num. obs: 18638 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.683 % / Biso Wilson estimate: 31.596 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.029 / Rrim(I) all: 0.031 / Χ2: 1.03 / Net I/σ(I): 31.67 / Num. measured all: 124550 / Scaling rejects: 2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.6-1.644.3440.3483.455417135812470.9010.39591.8
1.64-1.695.0430.3034.556546132912980.9250.33897.7
1.69-1.746.360.2496.788363131513150.9690.271100
1.74-1.797.2460.18310.239007124512430.9860.19799.8
1.79-1.857.2730.14312.938873122112200.9920.15499.9
1.85-1.917.2740.10916.518576117911790.9950.117100
1.91-1.987.260.07722.588255113711370.9980.083100
1.98-2.077.2440.06228.057860108610850.9980.06799.9
2.07-2.167.1920.04934.497739107810760.9990.05299.8
2.16-2.267.1740.04238.917310101910190.9990.046100
2.26-2.397.1660.03843.7169519739700.9990.04199.7
2.39-2.537.0950.03347.6265279229200.9990.03699.8
2.53-2.77.0360.02953.0260658628620.9990.032100
2.7-2.926.990.02756.7557048178160.9990.02999.9
2.92-3.26.8870.02560.64513174574510.027100
3.2-3.586.7570.02265.77466269169010.02499.9
3.58-4.136.7350.02168.3411561161110.023100
4.13-5.066.5770.0269.3834795295290.9990.022100
5.06-7.166.3270.01966.24268942642510.02199.8
7.16-38.75.1040.02259.9312812632510.9990.02495.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIXdev_3500精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
PARROT位相決定
ARP/wARPモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.6→38.7 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.25
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2033 1866 10.04 %0
Rwork0.17 ---
obs0.1731 18589 99.11 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 78.09 Å2 / Biso mean: 31.2634 Å2 / Biso min: 15.62 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→38.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1058 0 8 125 1191
Biso mean--44.14 43.48 -
残基数----148
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081101
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0271510
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.71672
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063182
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007206
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.6001-1.64330.26341420.2286117292
1.6433-1.69170.26941330.2115124598
1.6917-1.74630.25121530.19011263100
1.7463-1.80870.19391220.18381284100
1.8087-1.88110.22791400.18151291100
1.8811-1.96670.18621600.16971264100
1.9667-2.07040.20711490.16841265100
2.0704-2.20010.2121380.16941298100
2.2001-2.36990.19211310.17391312100
2.3699-2.60840.20241540.17341294100
2.6084-2.98570.21741540.18171294100
2.9857-3.76120.18311300.16551346100
3.7612-38.70.19751600.1561139599
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.0226-2.46433.27462.1463-1.93194.318-0.2242-0.62160.15330.31930.23840.0655-0.4629-0.5479-0.06960.25250.03110.01910.22470.01490.184910.49552.168612.8222
26.0330.7092-0.40732.73330.14312.38350.0646-0.322-0.22940.01180.30360.3061-0.1608-0.6148-0.24080.24020.023-0.0490.27320.1180.27368.182755.18643.5794
35.3441-5.90845.32986.895-5.4145.99570.35470.38060.4601-0.16-0.466-0.5404-0.10060.3038-0.00360.3107-0.00840.06470.27350.06850.312824.685350.6310.5608
44.5029-1.53533.06182.7487-1.85954.57110.0198-0.4631-0.4120.19440.20750.19250.1222-0.4029-0.21020.1783-0.01970.0110.21040.05630.201214.481640.512413.776
54.3728-1.5415-0.48454.1556-0.78562.6663-0.0229-0.07910.03220.0671-0.0392-0.41550.01210.21120.06280.1322-0.0012-0.00080.11870.02550.171623.187844.12168.2873
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 177 through 196 )A177 - 196
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 197 through 217 )A197 - 217
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 70 through 83 )A70 - 83
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 84 through 125 )A84 - 125
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 126 through 176 )A126 - 176

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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