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万見
- PDB-3qh7: 2.5 A resolution structure of Se-Met labeled CT296 from Chlamydia... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qh7
タイトル2.5 A resolution structure of Se-Met labeled CT296 from Chlamydia trachomatis
要素CT296
キーワードUNKNOWN FUNCTION / CT296 / Iron / modeling / Chlamydia
機能・相同性Domain of unknown function (DUF5070) / Protein of unknown function DUF5070 / Domain of unknown function (DUF5070) / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / Roll / Alpha Beta / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Chlamydia trachomatis (トラコーマクラミジア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.497 Å
データ登録者Kemege, K. / Hickey, J. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Zhang, Y. / Hefty, P.S.
引用ジャーナル: J. Bacteriol. / 年: 2011
タイトル: Ab initio structural modeling of and experimental validation for Chlamydia trachomatis protein CT296 reveal structural similarity to Fe(II) 2-oxoglutarate-dependent enzymes.
著者: Kemege, K.E. / Hickey, J.M. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Zhang, Y. / Hefty, P.S.
履歴
登録2011年1月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月10日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / entity
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _entity.formula_weight
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CT296


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2461
ポリマ－18,2461
非ポリマー00
水36020
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: CT296

A: CT296


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4912
ポリマ－36,4912
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area1730 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area13800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.827, 63.663, 46.320
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 CT296


分子量: 18245.701 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydia trachomatis (トラコーマクラミジア)
株: L2/434/Bu / 遺伝子: CTL0548 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B0B7L2, UniProt: A0A0H3MBY2*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.11 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 0.1 M HEPES, 15 % PEG 20000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.497→63.663 Å / Num. all: 5585 / Num. obs: 5585 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.8 % / Rsym value: 0.118 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.5-2.6312.30.481.398488030.4899.8
2.63-2.7911.80.3361.487287380.33699.6
2.79-2.9812.20.2582.485787040.25899.9
2.98-3.2212.70.1753.884546680.17599.9
3.22-3.5312.20.1235.475196180.123100
3.53-3.9511.30.0966.562445550.09699.9
3.95-4.5611.40.0757.857315040.075100
4.56-5.5811.80.0678.950814320.067100
5.58-7.910.60.0679.337093510.067100
7.9-63.6639.80.04611.520772120.04699.4

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.16data processing
PHENIX1.7_648精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.497→39.721 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.79 / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.46 / 位相誤差: 28.36 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2584 250 4.49 %RANDOM
Rwork0.2033 ---
obs0.2059 5564 99.73 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.65 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 20 Å2 / ksol: 0.382 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 68.97 Å2 / Biso mean: 34.0823 Å2 / Biso min: 16.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--14.6228 Å2-0 Å20 Å2
2---3.9483 Å2-0 Å2
3---23.4126 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.497→39.721 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1123 0 0 20 1143
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071147
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9331548
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05171
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003198
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.005412

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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