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- PDB-6q0x: The cryo-EM structure of the SNX-BAR Mvp1 tetramer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6q0x
タイトルThe cryo-EM structure of the SNX-BAR Mvp1 tetramer
要素Sorting nexin MVP1
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / Mvp1 / sorting nexin / SNX / PX / BAR / SNX-BAR
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma membrane tubulation / protein targeting to vacuole / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / retrograde transport, endosome to Golgi / endosome / identical protein binding / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Sorting nexin 8/Mvp1 BAR domain / Sorting nexin-8/Mvp1 / SNX8/Mvp1, PX domain / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / PX domain profile. / PX domain / Phox homology / PX domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Sorting nexin MVP1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Sun, D. / Ford, M.G.J. / Zhang, P.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM120102 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U24GM116790 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: The cryo-EM structure of the SNX-BAR Mvp1 tetramer.
著者: Dapeng Sun / Natalia V Varlakhanova / Bryan A Tornabene / Rajesh Ramachandran / Peijun Zhang / Marijn G J Ford /
要旨: Sorting nexins (SNX) are a family of PX domain-containing proteins with pivotal roles in trafficking and signaling. SNX-BARs, which also have a curvature-generating Bin/Amphiphysin/Rvs (BAR) domain, ...Sorting nexins (SNX) are a family of PX domain-containing proteins with pivotal roles in trafficking and signaling. SNX-BARs, which also have a curvature-generating Bin/Amphiphysin/Rvs (BAR) domain, have membrane-remodeling functions, particularly at the endosome. The minimal PX-BAR module is a dimer mediated by BAR-BAR interactions. Many SNX-BAR proteins, however, additionally have low-complexity N-terminal regions of unknown function. Here, we present the cryo-EM structure of the full-length SNX-BAR Mvp1, which is an autoinhibited tetramer. The tetramer is a dimer of dimers, wherein the membrane-interacting BAR surfaces are sequestered and the PX lipid-binding sites are occluded. The N-terminal low-complexity region of Mvp1 is essential for tetramerization. Mvp1 lacking its N-terminus is dimeric and exhibits enhanced membrane association. Membrane binding and remodeling by Mvp1 therefore requires unmasking of the PX and BAR domain lipid-interacting surfaces. This work reveals a tetrameric configuration of a SNX-BAR protein that provides critical insight into SNX-BAR function and regulation.
履歴
登録2019年8月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-20555
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sorting nexin MVP1
B: Sorting nexin MVP1
C: Sorting nexin MVP1
D: Sorting nexin MVP1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)247,6114
ポリマ－247,6114
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: light scattering, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Sorting nexin MVP1


分子量: 61902.852 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
遺伝子: MVP1, YMR004W, YM8270.06 / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): CODON PLUS / 参照: UniProt: P40959

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Mvp1 tetramer / タイプ: COMPLEX / 詳細: recombinant purified Mvp1 / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.242362 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: W303 / 細胞内の位置: Cytosol / endosome
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21DE3 CODON PLUS / プラスミド: pET-15b
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 0.32 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: unspecified
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 58 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
phenix.real_space_refine1.16rc1_3531精密化
PHENIX1.16rc1_3531精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2RELION粒子像選択
8Coot0.9モデルフィッティング
9UCSF Chimeraモデルフィッティング
15PHENIX1.16モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: D2 (2回x2回 2面回転対称)
3次元再構成解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 49000 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 88.91 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL / Target criteria: Overall correlation coefficients
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

IDPDB-IDPDB chain-IDAccession codeInitial refinement model-ID
13DYT

3dyt

A3DYT1
23DYT

3dyt

B3DYT1
36H7W

6h7w

A6H7W2
46H7W

6h7w

B6H7W2
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 88.91 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.007612724
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.01817152
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0481916
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00912168
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.86827852

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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